data_5X5Q
#
_model_server_result.job_id            pNMCZ5f1LG42T7qxKJRQfA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 19:39:46' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5x5q 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    5X5Q 
#
_exptl.entry_id    5X5Q 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              458.488 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            TOMUDEX 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5X5Q 
_cell.length_a            107.835 
_cell.length_b            107.835 
_cell.length_c            314.951 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5X5Q 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,G,H,M,N,S,V 1 1 
B,E,I,J,O,P,T 2 1 
C,F,K,L,Q,R,U,W 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 L N N 
? 3 N N N 
? 3 P N N 
? 3 R N N 
#
_chem_comp.formula           'C21 H22 N4 O6 S' 
_chem_comp.formula_weight    458.488 
_chem_comp.id                D16 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              TOMUDEX 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ZD1694;Raltitrexed 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 D16 sing 83 n n 
N1 C8A D16 sing 84 n n 
N1 HN1 D16 sing 85 n n 
C2 CM2 D16 sing 86 n n 
C2 N3 D16 doub 87 n n 
CM2 HM21 D16 sing 88 n n 
CM2 HM22 D16 sing 89 n n 
CM2 HM23 D16 sing 90 n n 
N3 C4 D16 sing 91 n n 
C4 O4 D16 doub 92 n n 
C4 C4A D16 sing 93 n n 
C4A C5 D16 doub 94 n y 
C4A C8A D16 sing 95 n y 
C5 C6 D16 sing 96 n y 
C5 H5 D16 sing 97 n n 
C6 C7 D16 doub 98 n y 
C6 C9 D16 sing 99 n n 
C7 C8 D16 sing 100 n y 
C7 H7 D16 sing 101 n n 
C8 C8A D16 doub 102 n y 
C8 H8 D16 sing 103 n n 
C9 N10 D16 sing 104 n n 
C9 H91 D16 sing 105 n n 
C9 H92 D16 sing 106 n n 
N10 C14 D16 sing 107 n n 
N10 CP1 D16 sing 108 n n 
C11 S13 D16 sing 109 n y 
C11 C16 D16 doub 110 n y 
C11 C D16 sing 111 n n 
S13 C14 D16 sing 112 n y 
C14 C15 D16 doub 113 n y 
C15 C16 D16 sing 114 n y 
C15 H15 D16 sing 115 n n 
C16 H16 D16 sing 116 n n 
C O D16 doub 117 n n 
C N D16 sing 118 n n 
N CA D16 sing 119 n n 
N HN D16 sing 120 n n 
CA CB D16 sing 121 n n 
CA CT D16 sing 122 n n 
CA HA D16 sing 123 n n 
CB CG D16 sing 124 n n 
CB HB1 D16 sing 125 n n 
CB HB2 D16 sing 126 n n 
CG CD D16 sing 127 n n 
CG HG1 D16 sing 128 n n 
CG HG2 D16 sing 129 n n 
CD OE1 D16 doub 130 n n 
CD OE2 D16 sing 131 n n 
OE2 HOE2 D16 sing 132 n n 
CT O1 D16 doub 133 n n 
CT O2 D16 sing 134 n n 
O2 HO2 D16 sing 135 n n 
CP1 HP11 D16 sing 136 n n 
CP1 HP12 D16 sing 137 n n 
CP1 HP13 D16 sing 138 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5X5Q 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009273 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009273 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003175 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 UMP A 1 401 1 UMP UMP . 
H 3 D16 A 1 402 1 D16 RTX . 
I 2 UMP B 1 401 2 UMP UMP . 
J 3 D16 B 1 402 2 D16 RTX . 
K 2 UMP C 1 401 3 UMP UMP . 
L 3 D16 C 1 402 3 D16 RTX . 
M 2 UMP D 1 401 4 UMP UMP . 
N 3 D16 D 1 402 4 D16 RTX . 
O 2 UMP E 1 401 5 UMP UMP . 
P 3 D16 E 1 402 5 D16 RTX . 
Q 2 UMP F 1 401 6 UMP UMP . 
R 3 D16 F 1 402 6 D16 RTX . 
S 4 HOH A 1 501 1 HOH HOH . 
S 4 HOH A 2 502 9 HOH HOH . 
T 4 HOH B 1 501 5 HOH HOH . 
T 4 HOH B 2 502 8 HOH HOH . 
T 4 HOH B 3 503 2 HOH HOH . 
T 4 HOH B 4 504 4 HOH HOH . 
U 4 HOH C 1 501 3 HOH HOH . 
V 4 HOH D 1 501 7 HOH HOH . 
V 4 HOH D 2 502 10 HOH HOH . 
W 4 HOH F 1 501 6 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 D16 . . . P 3 95.896 14.694 -2.026 1 58.91 ? N1 D16 402 E 1 
HETATM 2 C C2 D16 . . . P 3 97.213 15.096 -1.586 1 61.12 ? C2 D16 402 E 1 
HETATM 3 C CM2 D16 . . . P 3 98.207 15.703 -2.517 1 67.28 ? CM2 D16 402 E 1 
HETATM 4 N N3 D16 . . . P 3 97.646 14.932 -0.245 1 58.19 ? N3 D16 402 E 1 
HETATM 5 C C4 D16 . . . P 3 96.795 14.363 0.676 1 61.68 ? C4 D16 402 E 1 
HETATM 6 O O4 D16 . . . P 3 97.178 14.229 1.793 1 72.7 ? O4 D16 402 E 1 
HETATM 7 C C4A D16 . . . P 3 95.428 13.924 0.303 1 60.29 ? C4A D16 402 E 1 
HETATM 8 C C5 D16 . . . P 3 94.585 13.343 1.285 1 57.48 ? C5 D16 402 E 1 
HETATM 9 C C6 D16 . . . P 3 93.301 12.965 0.886 1 62.4 ? C6 D16 402 E 1 
HETATM 10 C C7 D16 . . . P 3 92.903 13.145 -0.462 1 63.87 ? C7 D16 402 E 1 
HETATM 11 C C8 D16 . . . P 3 93.75 13.705 -1.425 1 60.44 ? C8 D16 402 E 1 
HETATM 12 C C8A D16 . . . P 3 95.021 14.107 -1.025 1 61.03 ? C8A D16 402 E 1 
HETATM 13 C C9 D16 . . . P 3 92.319 12.313 1.87 1 58.04 ? C9 D16 402 E 1 
HETATM 14 N N10 D16 . . . P 3 91.558 11.276 1.144 1 58.72 ? N10 D16 402 E 1 
HETATM 15 C C11 D16 . . . P 3 93.156 8.273 -0.957 1 59.77 ? C11 D16 402 E 1 
HETATM 16 S S13 D16 . . . P 3 91.646 9.133 -0.776 1 61.22 ? S13 D16 402 E 1 
HETATM 17 C C14 D16 . . . P 3 92.248 10.219 0.437 1 55.28 ? C14 D16 402 E 1 
HETATM 18 C C15 D16 . . . P 3 93.573 9.919 0.643 1 52.06 ? C15 D16 402 E 1 
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