data_5XIW
#
_model_server_result.job_id            DJpa9syqlKWg8W2iT0M4Rg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 21:53:19' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5xiw 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    5XIW 
#
_exptl.entry_id    5XIW 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5XIW 
_cell.length_a            105.491 
_cell.length_b            159.148 
_cell.length_c            181.702 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5XIW 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 O N N 
? 5 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc9 G O2B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 U O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 U O HOH . A HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 U O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . B HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 177 B ASP 177 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? 
metalc ? metalc16 K O2A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . B MG 502 1_555 V O HOH . B HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 502 1_555 V O HOH . B HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 502 1_555 V O HOH . B HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . C HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc21 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc22 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? 
metalc ? metalc23 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc24 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc25 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.17 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc28 O O3G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc29 O O2B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc30 P MG MG . C MG 502 1_555 W O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc31 P MG MG . C MG 502 1_555 W O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc32 P MG MG . C MG 502 1_555 W O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc33 P MG MG . C MG 502 1_555 W O HOH . C HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc34 S MG MG . D MG 502 1_555 X O HOH . D HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc35 S MG MG . D MG 502 1_555 X O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 187 n n 
PG O2G GTP sing 188 n n 
PG O3G GTP sing 189 n n 
PG O3B GTP sing 190 n n 
O2G HOG2 GTP sing 191 n n 
O3G HOG3 GTP sing 192 n n 
O3B PB GTP sing 193 n n 
PB O1B GTP doub 194 n n 
PB O2B GTP sing 195 n n 
PB O3A GTP sing 196 n n 
O2B HOB2 GTP sing 197 n n 
O3A PA GTP sing 198 n n 
PA O1A GTP doub 199 n n 
PA O2A GTP sing 200 n n 
PA O5' GTP sing 201 n n 
O2A HOA2 GTP sing 202 n n 
O5' C5' GTP sing 203 n n 
C5' C4' GTP sing 204 n n 
C5' H5' GTP sing 205 n n 
C5' "H5''" GTP sing 206 n n 
C4' O4' GTP sing 207 n n 
C4' C3' GTP sing 208 n n 
C4' H4' GTP sing 209 n n 
O4' C1' GTP sing 210 n n 
C3' O3' GTP sing 211 n n 
C3' C2' GTP sing 212 n n 
C3' H3' GTP sing 213 n n 
O3' HO3' GTP sing 214 n n 
C2' O2' GTP sing 215 n n 
C2' C1' GTP sing 216 n n 
C2' H2' GTP sing 217 n n 
O2' HO2' GTP sing 218 n n 
C1' N9 GTP sing 219 n n 
C1' H1' GTP sing 220 n n 
N9 C8 GTP sing 221 n y 
N9 C4 GTP sing 222 n y 
C8 N7 GTP doub 223 n y 
C8 H8 GTP sing 224 n n 
N7 C5 GTP sing 225 n y 
C5 C6 GTP sing 226 n n 
C5 C4 GTP doub 227 n y 
C6 O6 GTP doub 228 n n 
C6 N1 GTP sing 229 n n 
N1 C2 GTP sing 230 n n 
N1 HN1 GTP sing 231 n n 
C2 N2 GTP sing 232 n n 
C2 N3 GTP doub 233 n n 
N2 HN21 GTP sing 234 n n 
N2 HN22 GTP sing 235 n n 
N3 C4 GTP sing 236 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5XIW 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009479 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006283 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005504 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GOL A 1 504 601 GOL GOL . 
K 9 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 10 MES B 1 503 505 MES MES . 
N 11 LOC B 1 504 1 LOC LOC . 
O 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
P 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
Q 7 CA C 1 503 504 CA CA . 
R 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
S 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
T 11 LOC D 1 503 2 LOC LOC . 
U 12 HOH A 1 601 6 HOH HOH . 
U 12 HOH A 2 602 7 HOH HOH . 
U 12 HOH A 3 603 12 HOH HOH . 
U 12 HOH A 4 604 11 HOH HOH . 
U 12 HOH A 5 605 8 HOH HOH . 
U 12 HOH A 6 606 9 HOH HOH . 
U 12 HOH A 7 607 1 HOH HOH . 
V 12 HOH B 1 601 31 HOH HOH . 
V 12 HOH B 2 602 24 HOH HOH . 
V 12 HOH B 3 603 28 HOH HOH . 
V 12 HOH B 4 604 27 HOH HOH . 
V 12 HOH B 5 605 32 HOH HOH . 
V 12 HOH B 6 606 10 HOH HOH . 
V 12 HOH B 7 607 21 HOH HOH . 
V 12 HOH B 8 608 29 HOH HOH . 
V 12 HOH B 9 609 25 HOH HOH . 
V 12 HOH B 10 610 26 HOH HOH . 
W 12 HOH C 1 601 13 HOH HOH . 
W 12 HOH C 2 602 15 HOH HOH . 
W 12 HOH C 3 603 14 HOH HOH . 
W 12 HOH C 4 604 16 HOH HOH . 
W 12 HOH C 5 605 17 HOH HOH . 
W 12 HOH C 6 606 18 HOH HOH . 
W 12 HOH C 7 607 22 HOH HOH . 
W 12 HOH C 8 608 23 HOH HOH . 
W 12 HOH C 9 609 30 HOH HOH . 
X 12 HOH D 1 601 20 HOH HOH . 
X 12 HOH D 2 602 19 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . R 5 -27.031 -10.771 45.29 1 120.07 ? PG GTP 501 D 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . R 5 -28.188 -11.692 44.988 1 119.31 ? O1G GTP 501 D 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . R 5 -25.775 -11.501 45.707 1 116.91 ? O2G GTP 501 D 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . R 5 -27.384 -9.59 46.167 1 118.01 ? O3G GTP 501 D 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . R 5 -26.696 -10.111 43.853 1 111.41 ? O3B GTP 501 D 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . R 5 -25.322 -9.318 43.559 1 104.05 ? PB GTP 501 D 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . R 5 -25.507 -8.512 42.294 1 111.07 ? O1B GTP 501 D 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . R 5 -24.868 -8.627 44.821 1 100.69 ? O2B GTP 501 D 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . R 5 -24.314 -10.536 43.245 1 100.07 ? O3A GTP 501 D 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . R 5 -22.736 -10.333 42.982 1 95.52 ? PA GTP 501 D 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . R 5 -22.48 -8.877 42.671 1 98.37 ? O1A GTP 501 D 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . R 5 -21.971 -10.979 44.115 1 97.81 ? O2A GTP 501 D 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . R 5 -22.537 -11.188 41.626 1 94.83 ? O5' GTP 501 D 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . R 5 -21.907 -12.473 41.578 1 91.3 ? C5' GTP 501 D 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . R 5 -20.908 -12.509 40.421 1 88.84 ? C4' GTP 501 D 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . R 5 -20.135 -11.31 40.405 1 87.76 ? O4' GTP 501 D 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . R 5 -19.916 -13.656 40.522 1 89.64 ? C3' GTP 501 D 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . R 5 -19.807 -14.289 39.241 1 89.65 ? O3' GTP 501 D 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . R 5 -18.587 -13.043 40.923 1 89.77 ? C2' GTP 501 D 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . R 5 -17.489 -13.626 40.208 1 95.32 ? O2' GTP 501 D 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . R 5 -18.74 -11.575 40.564 1 85.75 ? C1' GTP 501 D 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . R 5 -18.216 -10.665 41.609 1 80.8 ? N9 GTP 501 D 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . R 5 -18.706 -10.495 42.853 1 80.06 ? C8 GTP 501 D 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . R 5 -17.987 -9.567 43.537 1 78.45 ? N7 GTP 501 D 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . R 5 -17.02 -9.12 42.719 1 74.69 ? C5 GTP 501 D 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . R 5 -15.916 -8.13 42.803 1 74.26 ? C6 GTP 501 D 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . R 5 -15.712 -7.473 43.847 1 72.36 ? O6 GTP 501 D 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . R 5 -15.137 -7.97 41.718 1 75.35 ? N1 GTP 501 D 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . R 5 -15.325 -8.663 40.569 1 76.38 ? C2 GTP 501 D 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . R 5 -14.49 -8.438 39.526 1 76.2 ? N2 GTP 501 D 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . R 5 -16.32 -9.582 40.422 1 75.7 ? N3 GTP 501 D 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . R 5 -17.178 -9.846 41.444 1 77.08 ? C4 GTP 501 D 1 
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