data_5XMJ
#
_model_server_result.job_id            JpJVh1QTTZM8-ID9wLsXeA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-27 22:30:00' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5xmj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    5XMJ 
#
_exptl.entry_id    5XMJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              116.072 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FUMARIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          94.22 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5XMJ 
_cell.length_a            112.136 
_cell.length_b            131.772 
_cell.length_c            195.428 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5XMJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA 1 1 
D,E,F,G,H,I,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 N N N 
? 5 W N N 
? 5 DA N N 
? 5 KA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 65 B CYS 65 1_555 B SG CYS 77 B CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? 
disulf ? disulf2 K SG CYS 65 N CYS 65 1_555 K SG CYS 77 N CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? 
covale ? covale1 A CE1 HIS 43 A HIS 43 1_555 M C8M FAD . A FAD 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.299 ? 
covale ? covale2 D CE1 HIS 43 E HIS 43 1_555 V C8M FAD . E FAD 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.162 ? 
covale ? covale3 E SG CYS 65 F CYS 65 1_555 Z S2 FES . F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
covale ? covale4 G C PRO 608 I PRO 608 1_555 G CE1 PHE 612 I PHE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? 
covale ? covale5 G O PRO 608 I PRO 608 1_555 G CD1 PHE 612 I PHE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.24 ? 
covale ? covale6 G O PRO 608 I PRO 608 1_555 G CE1 PHE 612 I PHE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? 
covale ? covale7 G CB PRO 608 I PRO 608 1_555 G CZ PHE 612 I PHE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.648 ? 
covale ? covale8 H SG CYS 65 J CYS 65 1_555 GA S2 FES . J FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? 
covale ? covale9 H SG CYS 214 J CYS 214 1_555 EA S2 F3S . J F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
covale ? covale10 K SG CYS 65 N CYS 65 1_555 NA S2 FES . N FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 57 B CYS 57 1_555 Q FE2 FES . B FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 62 B CYS 62 1_555 Q FE2 FES . B FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 65 B CYS 65 1_555 Q FE1 FES . B FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 77 B CYS 77 1_555 Q FE1 FES . B FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 151 B CYS 151 1_555 P FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 154 B CYS 154 1_555 P FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 157 B CYS 157 1_555 P FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 161 B CYS 161 1_555 O FE1 F3S . B F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 208 B CYS 208 1_555 O FE3 F3S . B F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 214 B CYS 214 1_555 O FE4 F3S . B F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 218 B CYS 218 1_555 P FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc12 C NE2 HIS 38 C HIS 38 1_555 R FE HEM . C HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 79 C HIS 79 1_555 S FE HEM . C HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? 
metalc ? metalc14 C NE2 HIS 129 C HIS 129 1_555 R FE HEM . C HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc15 C NE2 HIS 166 C HIS 166 1_555 S FE HEM . C HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc16 E SG CYS 57 F CYS 57 1_555 Z FE2 FES . F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc17 E SG CYS 62 F CYS 62 1_555 Z FE2 FES . F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc18 E SG CYS 65 F CYS 65 1_555 Z FE1 FES . F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc19 E SG CYS 77 F CYS 77 1_555 Z FE1 FES . F FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc20 E SG CYS 151 F CYS 151 1_555 Y FE3 SF4 . F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc21 E SG CYS 154 F CYS 154 1_555 Y FE4 SF4 . F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc22 E SG CYS 157 F CYS 157 1_555 Y FE1 SF4 . F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc23 E SG CYS 161 F CYS 161 1_555 X FE1 F3S . F F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc24 E SG CYS 208 F CYS 208 1_555 X FE3 F3S . F F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc25 E SG CYS 214 F CYS 214 1_555 X FE4 F3S . F F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc26 E SG CYS 218 F CYS 218 1_555 Y FE2 SF4 . F SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc27 F NE2 HIS 38 G HIS 38 1_555 AA FE HEM . G HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? 
metalc ? metalc28 F NE2 HIS 79 G HIS 79 1_555 BA FE HEM . G HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? 
metalc ? metalc29 F NE2 HIS 129 G HIS 129 1_555 AA FE HEM . G HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc30 F NE2 HIS 166 G HIS 166 1_555 BA FE HEM . G HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc31 H SG CYS 57 J CYS 57 1_555 GA FE2 FES . J FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc32 H SG CYS 62 J CYS 62 1_555 GA FE2 FES . J FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc33 H SG CYS 65 J CYS 65 1_555 GA FE1 FES . J FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc34 H SG CYS 77 J CYS 77 1_555 GA FE1 FES . J FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc35 H SG CYS 151 J CYS 151 1_555 FA FE3 SF4 . J SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc36 H SG CYS 154 J CYS 154 1_555 FA FE4 SF4 . J SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc37 H SG CYS 157 J CYS 157 1_555 FA FE1 SF4 . J SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc38 H SG CYS 161 J CYS 161 1_555 EA FE1 F3S . J F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc39 H SG CYS 208 J CYS 208 1_555 EA FE3 F3S . J F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc40 H SG CYS 214 J CYS 214 1_555 EA FE4 F3S . J F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc41 H SG CYS 218 J CYS 218 1_555 FA FE2 SF4 . J SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc42 I NE2 HIS 38 K HIS 38 1_555 HA FE HEM . K HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc43 I NE2 HIS 79 K HIS 79 1_555 IA FE HEM . K HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc44 I NE2 HIS 166 K HIS 166 1_555 IA FE HEM . K HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc45 K SG CYS 57 N CYS 57 1_555 NA FE2 FES . N FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc46 K SG CYS 62 N CYS 62 1_555 NA FE2 FES . N FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc47 K SG CYS 65 N CYS 65 1_555 NA FE1 FES . N FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc48 K SG CYS 77 N CYS 77 1_555 NA FE1 FES . N FES 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc49 K SG CYS 151 N CYS 151 1_555 MA FE3 SF4 . N SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc50 K SG CYS 154 N CYS 154 1_555 MA FE4 SF4 . N SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc51 K SG CYS 157 N CYS 157 1_555 MA FE1 SF4 . N SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc52 K SG CYS 161 N CYS 161 1_555 LA FE1 F3S . N F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc53 K SG CYS 208 N CYS 208 1_555 LA FE3 F3S . N F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc54 K SG CYS 214 N CYS 214 1_555 LA FE4 F3S . N F3S 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc55 K SG CYS 218 N CYS 218 1_555 MA FE2 SF4 . N SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc56 L NE2 HIS 38 O HIS 38 1_555 PA FE HEM . O HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc57 L NE2 HIS 79 O HIS 79 1_555 QA FE HEM . O HEM 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc58 L NE2 HIS 129 O HIS 129 1_555 PA FE HEM . O HEM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? 
metalc ? metalc59 L NE2 HIS 166 O HIS 166 1_555 QA FE HEM . O HEM 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H4 O4' 
_chem_comp.formula_weight    116.072 
_chem_comp.id                FUM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FUMARIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
OXT C FUM sing 187 n n 
OXT HXT FUM sing 188 n n 
C O FUM doub 189 n n 
C C4 FUM sing 190 n n 
C4 C5 FUM doub 191 e n 
C4 H4 FUM sing 192 n n 
C5 C6 FUM sing 193 n n 
C5 H5 FUM sing 194 n n 
C6 O7 FUM doub 195 n n 
C6 O8 FUM sing 196 n n 
O8 HO8 FUM sing 197 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5XMJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008918 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000657 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007589 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005131 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 4 FAD A 1 701 1656 FAD FAD . 
N 5 FUM A 1 702 1657 FUM FUM . 
O 6 F3S B 1 301 1241 F3S F3S . 
P 7 SF4 B 1 302 1242 SF4 SF4 . 
Q 8 FES B 1 303 1240 FES FES . 
R 9 HEM C 1 301 1255 HEM HEM . 
S 9 HEM C 1 302 1256 HEM HEM . 
T 10 LMT C 1 303 1257 LMT LMT . 
U 11 MQ7 C 1 304 800 MQ7 MQ7 . 
V 4 FAD E 1 701 1656 FAD FAD . 
W 5 FUM E 1 702 1657 FUM FUM . 
X 6 F3S F 1 301 1241 F3S F3S . 
Y 7 SF4 F 1 302 1242 SF4 SF4 . 
Z 8 FES F 1 303 1240 FES FES . 
AA 9 HEM G 1 301 1255 HEM HEM . 
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CA 4 FAD I 1 701 1656 FAD FAD . 
DA 5 FUM I 1 702 1657 FUM FUM . 
EA 6 F3S J 1 301 1241 F3S F3S . 
FA 7 SF4 J 1 302 1242 SF4 SF4 . 
GA 8 FES J 1 303 1240 FES FES . 
HA 9 HEM K 1 301 1255 HEM HEM . 
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OA 10 LMT O 1 301 1257 LMT LMT . 
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