data_5XNO
#
_model_server_result.job_id            qjGXXGZxHxW0KsC3MiMM8g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-03 04:44:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5xno 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"JB","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    5XNO 
#
_exptl.entry_id    5XNO 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              907.472 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CHLOROPHYLL B' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    23 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5XNO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 E N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 X N N 
? 4 BA N N 
? 4 CA N N 
? 4 DA N N 
? 4 EA N N 
? 4 FA N N 
? 4 QA N N 
? 4 UA N N 
? 4 VA N N 
? 4 WA N N 
? 4 XA N N 
? 4 YA N N 
? 4 JB N N 
? 4 NB N N 
? 4 OB N N 
? 4 PB N N 
? 4 QB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TYR 24 1 TYR 24 1_555 E MG CHL . 1 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 65 1 GLU 65 1_555 F MG CLA . 1 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 68 1 HIS 68 1_555 G MG CLA . 1 CLA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc4 A O VAL 119 1 VAL 119 1_555 I MG CHL . 1 CHL 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 139 1 GLU 139 1_555 M MG CHL . 1 CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 180 1 GLU 180 1_555 N MG CLA . 1 CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 183 1 ASN 183 1_555 P MG CLA . 1 CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLN 197 1 GLN 197 1_555 Q MG CLA . 1 CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 212 1 HIS 212 1_555 R MG CLA . 1 CLA 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc10 O MG CLA . 1 CLA 611 1_555 W O4 LHG . 1 LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc11 B O TYR 24 2 TYR 24 1_555 X MG CHL . 2 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc12 B OE2 GLU 65 2 GLU 65 1_555 Y MG CLA . 2 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc13 B NE2 HIS 68 2 HIS 68 1_555 Z MG CLA . 2 CLA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc14 B O VAL 119 2 VAL 119 1_555 BA MG CHL . 2 CHL 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 139 2 GLU 139 1_555 FA MG CHL . 2 CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 180 2 GLU 180 1_555 GA MG CLA . 2 CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? 
metalc ? metalc17 B OD1 ASN 183 2 ASN 183 1_555 IA MG CLA . 2 CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc18 B OE1 GLN 197 2 GLN 197 1_555 JA MG CLA . 2 CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc19 B NE2 HIS 212 2 HIS 212 1_555 KA MG CLA . 2 CLA 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc20 HA MG CLA . 2 CLA 611 1_555 PA O4 LHG . 2 LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc21 C O TYR 33 3 TYR 33 1_555 QA MG CHL . 3 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc22 C OE2 GLU 74 3 GLU 74 1_555 RA MG CLA . 3 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? 
metalc ? metalc23 C NE2 HIS 77 3 HIS 77 1_555 SA MG CLA . 3 CLA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc24 C O VAL 129 3 VAL 129 1_555 UA MG CHL . 3 CHL 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLU 149 3 GLU 149 1_555 YA MG CHL . 3 CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 191 3 GLU 191 1_555 ZA MG CLA . 3 CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASN 194 3 ASN 194 1_555 BB MG CLA . 3 CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc28 C OE1 GLN 208 3 GLN 208 1_555 CB MG CLA . 3 CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc29 C NE2 HIS 223 3 HIS 223 1_555 DB MG CLA . 3 CLA 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc30 AB MG CLA . 3 CLA 611 1_555 IB O4 LHG . 3 LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc31 D O TRP 9 4 TRP 9 1_555 JB MG CHL . 4 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc32 D OE2 GLU 54 4 GLU 54 1_555 KB MG CLA . 4 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc33 D NE2 HIS 57 4 HIS 57 1_555 LB MG CLA . 4 CLA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc34 D OE1 GLU 109 4 GLU 109 1_555 QB MG CHL . 4 CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc35 D OE2 GLU 180 4 GLU 180 1_555 RB MG CLA . 4 CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc36 D NE2 HIS 183 4 HIS 183 1_555 TB MG CLA . 4 CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc37 SB MG CLA . 4 CLA 611 1_555 XB O4 LHG . 4 LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
#
_chem_comp.formula           'C55 H70 Mg N4 O6 2' 
_chem_comp.formula_weight    907.472 
_chem_comp.id                CHL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CHLOROPHYLL B' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
MG NA CHL sing 167 n n 
MG NB CHL sing 168 n n 
MG NC CHL sing 169 n n 
MG ND CHL sing 170 n n 
CHA C1A CHL sing 171 n n 
CHA C4D CHL doub 172 n n 
CHA CBD CHL sing 173 n n 
CHB C4A CHL doub 174 n n 
CHB C1B CHL sing 175 n n 
CHC C4B CHL sing 176 n n 
CHC C1C CHL doub 177 n n 
CHD C4C CHL sing 178 n n 
CHD C1D CHL doub 179 n n 
NA C1A CHL doub 180 n n 
NA C4A CHL sing 181 n n 
C1A C2A CHL sing 182 n n 
C2A C3A CHL sing 183 n n 
C2A CAA CHL sing 184 n n 
C3A C4A CHL sing 185 n n 
C3A CMA CHL sing 186 n n 
CAA CBA CHL sing 187 n n 
CBA CGA CHL sing 188 n n 
CGA O1A CHL doub 189 n n 
CGA O2A CHL sing 190 n n 
O2A C1 CHL sing 191 n n 
NB C1B CHL sing 192 n y 
NB C4B CHL sing 193 n y 
C1B C2B CHL doub 194 n y 
C2B C3B CHL sing 195 n y 
C2B CMB CHL sing 196 n n 
C3B C4B CHL doub 197 n y 
C3B CAB CHL sing 198 n n 
CAB CBB CHL doub 199 n n 
NC C1C CHL sing 200 n n 
NC C4C CHL doub 201 n n 
C1C C2C CHL sing 202 n n 
C2C C3C CHL doub 203 n n 
C2C CMC CHL sing 204 n n 
C3C C4C CHL sing 205 n n 
C3C CAC CHL sing 206 n n 
CMC OMC CHL doub 207 n n 
CAC CBC CHL sing 208 n n 
ND C1D CHL sing 209 n n 
ND C4D CHL sing 210 n n 
C1D C2D CHL sing 211 n n 
C2D C3D CHL doub 212 n n 
C2D CMD CHL sing 213 n n 
C3D C4D CHL sing 214 n n 
C3D CAD CHL sing 215 n n 
CAD OBD CHL doub 216 n n 
CAD CBD CHL sing 217 n n 
CBD CGD CHL sing 218 n n 
CGD O1D CHL doub 219 n n 
CGD O2D CHL sing 220 n n 
O2D CED CHL sing 221 n n 
C1 C2 CHL sing 222 n n 
C2 C3 CHL doub 223 e n 
C3 C4 CHL sing 224 n n 
C3 C5 CHL sing 225 n n 
C5 C6 CHL sing 226 n n 
C6 C7 CHL sing 227 n n 
C7 C8 CHL sing 228 n n 
C8 C9 CHL sing 229 n n 
C8 C10 CHL sing 230 n n 
C10 C11 CHL sing 231 n n 
C11 C12 CHL sing 232 n n 
C12 C13 CHL sing 233 n n 
C13 C14 CHL sing 234 n n 
C13 C15 CHL sing 235 n n 
C15 C16 CHL sing 236 n n 
C16 C17 CHL sing 237 n n 
C17 C18 CHL sing 238 n n 
C18 C19 CHL sing 239 n n 
C18 C20 CHL sing 240 n n 
CHB H1 CHL sing 241 n n 
CHC H2 CHL sing 242 n n 
CHD H3 CHL sing 243 n n 
CMA H4 CHL sing 244 n n 
CMA H5 CHL sing 245 n n 
CMA H6 CHL sing 246 n n 
CAA H7 CHL sing 247 n n 
CAA H8 CHL sing 248 n n 
CBA H9 CHL sing 249 n n 
CBA H10 CHL sing 250 n n 
CMB H11 CHL sing 251 n n 
CMB H12 CHL sing 252 n n 
CMB H13 CHL sing 253 n n 
CAB H14 CHL sing 254 n n 
CBB H15 CHL sing 255 n n 
CBB H16 CHL sing 256 n n 
CMC H17 CHL sing 257 n n 
CAC H18 CHL sing 258 n n 
CAC H19 CHL sing 259 n n 
CBC H20 CHL sing 260 n n 
CBC H21 CHL sing 261 n n 
CBC H22 CHL sing 262 n n 
CMD H23 CHL sing 263 n n 
CMD H24 CHL sing 264 n n 
CMD H25 CHL sing 265 n n 
CBD H26 CHL sing 266 n n 
CED H27 CHL sing 267 n n 
CED H28 CHL sing 268 n n 
CED H29 CHL sing 269 n n 
C1 H30 CHL sing 270 n n 
C1 H31 CHL sing 271 n n 
C2 H32 CHL sing 272 n n 
C4 H33 CHL sing 273 n n 
C4 H34 CHL sing 274 n n 
C4 H35 CHL sing 275 n n 
C5 H36 CHL sing 276 n n 
C5 H37 CHL sing 277 n n 
C6 H38 CHL sing 278 n n 
C6 H39 CHL sing 279 n n 
C7 H40 CHL sing 280 n n 
C7 H41 CHL sing 281 n n 
C8 H42 CHL sing 282 n n 
C9 H43 CHL sing 283 n n 
C9 H44 CHL sing 284 n n 
C9 H45 CHL sing 285 n n 
C10 H46 CHL sing 286 n n 
C10 H47 CHL sing 287 n n 
C11 H48 CHL sing 288 n n 
C11 H49 CHL sing 289 n n 
C12 H50 CHL sing 290 n n 
C12 H51 CHL sing 291 n n 
C13 H52 CHL sing 292 n n 
C14 H53 CHL sing 293 n n 
C14 H54 CHL sing 294 n n 
C14 H55 CHL sing 295 n n 
C15 H56 CHL sing 296 n n 
C16 H57 CHL sing 297 n n 
C17 H58 CHL sing 298 n n 
C17 H59 CHL sing 299 n n 
C18 H60 CHL sing 300 n n 
C19 H61 CHL sing 301 n n 
C19 H62 CHL sing 302 n n 
C19 H63 CHL sing 303 n n 
C20 H64 CHL sing 304 n n 
C20 H65 CHL sing 305 n n 
C20 H66 CHL sing 306 n n 
C2A H67 CHL sing 307 n n 
C3A H68 CHL sing 308 n n 
C15 H69 CHL sing 309 n n 
C16 H70 CHL sing 310 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5XNO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00641 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00641 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00641 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
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H 5 CLA 1 1 604 604 CLA CLA . 
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J 4 CHL 1 1 606 606 CHL CHL . 
K 4 CHL 1 1 607 607 CHL CHL . 
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N 5 CLA 1 1 610 610 CLA CLA . 
O 5 CLA 1 1 611 611 CLA CLA . 
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FA 4 CHL 2 1 609 609 CHL CHL . 
GA 5 CLA 2 1 610 610 CLA CLA . 
HA 5 CLA 2 1 611 611 CLA CLA . 
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HB 8 NEX 3 1 1623 1623 NEX NEX . 
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