data_5XTB # _model_server_result.job_id j0TiEfW89GQEbQ_RPNSjeg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 06:22:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5xtb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":201}' # _entry.id 5XTB # _exptl.entry_id 5XTB _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 540.651 _entity.id 21 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5XTB _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5XTB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 21 _struct_asym.id X _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 GLN 355 A GLN 381 1_555 S FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc2 B N CYS 80 B CYS 114 1_555 U FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc3 B N GLY 120 B GLY 154 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc4 C SG CYS 32 C CYS 89 1_555 W FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc5 L NE2 HIS 95 M HIS 124 1_555 Z FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc6 L SG CYS 108 M CYS 137 1_555 Z FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc7 L SG CYS 147 M CYS 176 1_555 AA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? covale ? covale1 L SG CYS 147 M CYS 176 1_555 AA S3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc8 L O CYS 150 M CYS 179 1_555 AA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc9 N SG CYS 141 O CYS 176 1_555 CA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc10 N SG CYS 145 O CYS 180 1_555 CA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? # _chem_comp.formula 'C23 H45 N2 O8 P S' _chem_comp.formula_weight 540.651 _chem_comp.id 8Q1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms "S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine" # _atom_sites.entry_id 5XTB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 19 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . T 20 FMN A 1 502 502 FMN FMN . U 19 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . V 19 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . W 19 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . X 21 8Q1 E 1 201 201 8Q1 8Q1 . Y 22 NDP J 1 401 401 NDP NDP . Z 19 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . AA 19 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . BA 23 FES M 1 803 803 FES FES . CA 23 FES O 1 301 301 FES FES . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O4 8Q1 . . . X 21 234.442 201.337 305.267 1 20 ? O4 8Q1 201 E 1 HETATM 2 C C16 8Q1 . . . X 21 228.759 202.521 293.058 1 20 ? C16 8Q1 201 E 1 HETATM 3 O O3 8Q1 . . . X 21 241.62 211.892 308.868 1 20 ? O3 8Q1 201 E 1 HETATM 4 C C15 8Q1 . . . X 21 229.601 202.61 294.327 1 20 ? C15 8Q1 201 E 1 HETATM 5 C C14 8Q1 . . . X 21 229.237 201.544 295.358 1 20 ? C14 8Q1 201 E 1 HETATM 6 C C13 8Q1 . . . X 21 229.593 201.955 296.786 1 20 ? C13 8Q1 201 E 1 HETATM 7 O O2 8Q1 . . . X 21 240.66 212.687 306.732 1 20 ? O2 8Q1 201 E 1 HETATM 8 C C12 8Q1 . . . X 21 230.54 200.967 297.46 1 20 ? C12 8Q1 201 E 1 HETATM 9 C C11 8Q1 . . . X 21 231.023 201.445 298.822 1 20 ? C11 8Q1 201 E 1 HETATM 10 C C10 8Q1 . . . X 21 232.281 200.706 299.26 1 20 ? C10 8Q1 201 E 1 HETATM 11 C C9 8Q1 . . . X 21 232.834 201.229 300.581 1 20 ? C9 8Q1 201 E 1 HETATM 12 C C8 8Q1 . . . X 21 233.879 200.296 301.184 1 20 ? C8 8Q1 201 E 1 HETATM 13 C C7 8Q1 . . . X 21 233.771 200.253 302.704 1 20 ? C7 8Q1 201 E 1 HETATM 14 C C6 8Q1 . . . X 21 235.118 200.06 303.392 1 20 ? C6 8Q1 201 E 1 HETATM 15 C C1 8Q1 . . . X 21 235.343 201.002 304.573 1 20 ? C1 8Q1 201 E 1 HETATM 16 C C28 8Q1 . . . X 21 238.469 210.164 307.958 1 20 ? C28 8Q1 201 E 1 HETATM 17 C C29 8Q1 . . . X 21 238.336 208.788 308.612 1 20 ? C29 8Q1 201 E 1 HETATM 18 C C30 8Q1 . . . X 21 239.258 207.809 307.892 1 20 ? C30 8Q1 201 E 1 HETATM 19 C C31 8Q1 . . . X 21 236.89 208.319 308.481 1 20 ? C31 8Q1 201 E 1 HETATM 20 C C32 8Q1 . . . X 21 238.71 208.873 310.092 1 20 ? C32 8Q1 201 E 1 HETATM 21 C C34 8Q1 . . . X 21 238.904 207.493 310.718 1 20 ? C34 8Q1 201 E 1 HETATM 22 C C37 8Q1 . . . X 21 238.742 205.014 310.7 1 20 ? C37 8Q1 201 E 1 HETATM 23 C C38 8Q1 . . . X 21 238.436 203.859 309.756 1 20 ? C38 8Q1 201 E 1 HETATM 24 C C39 8Q1 . . . X 21 237.094 204.033 309.061 1 20 ? C39 8Q1 201 E 1 HETATM 25 C C42 8Q1 . . . X 21 237.974 202.678 307.183 1 20 ? C42 8Q1 201 E 1 HETATM 26 C C43 8Q1 . . . X 21 237.453 201.358 306.641 1 20 ? C43 8Q1 201 E 1 HETATM 27 N N36 8Q1 . . . X 21 238.525 206.279 310.03 1 20 ? N36 8Q1 201 E 1 HETATM 28 N N41 8Q1 . . . X 21 236.889 203.429 307.768 1 20 ? N41 8Q1 201 E 1 HETATM 29 O O27 8Q1 . . . X 21 239.821 210.442 307.719 1 20 ? O27 8Q1 201 E 1 HETATM 30 O O33 8Q1 . . . X 21 237.693 209.526 310.794 1 20 ? O33 8Q1 201 E 1 HETATM 31 O O35 8Q1 . . . X 21 239.37 207.405 311.799 1 20 ? O35 8Q1 201 E 1 HETATM 32 O O40 8Q1 . . . X 21 236.23 204.653 309.574 1 20 ? O40 8Q1 201 E 1 HETATM 33 P P24 8Q1 . . . X 21 240.369 211.965 308.029 1 20 ? P24 8Q1 201 E 1 HETATM 34 S S44 8Q1 . . . X 21 237.023 201.6 304.903 1 20 ? S44 8Q1 201 E 1 HETATM 35 O O1 8Q1 . . . X 21 239.308 212.702 308.804 1 20 ? O1 8Q1 201 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 34 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 35 #