data_5XTH # _model_server_result.job_id cz7-u-axc4K_ZAQvZgNeSQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 21:40:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5xth # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KC","auth_seq_id":801}' # _entry.id 5XTH # _exptl.entry_id 5XTH _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 69 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5XTH _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5XTH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 80-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 80 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 69 CC N N ? 69 EC N N ? 69 FC N N ? 69 HC N N ? 69 KC N N ? 69 LC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf2 AA SG CYS 111 c CYS 144 1_555 JA SG CYS 279 l CYS 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 149 d CYS 149 1_555 CA SG CYS 88 e CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf6 QA SG CYS 75 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 107 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? disulf ? disulf7 RA SG CYS 67 v CYS 69 1_555 RA SG CYS 78 v CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? disulf ? disulf8 AB SG CYS 19 4 CYS 29 1_555 AB SG CYS 54 4 CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? disulf ? disulf9 AB SG CYS 29 4 CYS 39 1_555 AB SG CYS 43 4 CYS 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? disulf ? disulf10 IB SG CYS 144 AC CYS 222 1_555 IB SG CYS 160 AC CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 TB SG CYS 144 AP CYS 222 1_555 TB SG CYS 160 AP CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc1 A NE2 GLN 355 A GLN 381 1_555 CC FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc2 B N CYS 80 B CYS 114 1_555 EC FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc3 B N GLY 120 B GLY 154 1_555 FC FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc4 C SG CYS 32 C CYS 89 1_555 HC FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc5 L NE2 HIS 95 M HIS 124 1_555 KC FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc6 L SG CYS 108 M CYS 137 1_555 KC FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc7 L SG CYS 147 M CYS 176 1_555 LC FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? covale ? covale1 L SG CYS 147 M CYS 176 1_555 LC S3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc8 L O CYS 150 M CYS 179 1_555 LC FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc9 N SG CYS 141 O CYS 176 1_555 NC FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc10 N SG CYS 145 O CYS 180 1_555 NC FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc11 TA NE2 HIS 61 x HIS 61 1_555 ID FE HEA . x HEA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.835 ? metalc ? metalc12 TA ND1 HIS 240 x HIS 240 1_555 GD CU CU . x CU 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.848 ? metalc ? metalc13 TA NE2 HIS 290 x HIS 290 1_555 GD CU CU . x CU 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc14 TA NE2 HIS 291 x HIS 291 1_555 GD CU CU . x CU 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc15 TA OD2 ASP 369 x ASP 369 1_555 HD MG MG . x MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc16 TA NE2 HIS 376 x HIS 376 1_555 JD FE HEA . x HEA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? metalc ? metalc17 TA NE2 HIS 378 x HIS 378 1_555 ID FE HEA . x HEA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? metalc ? metalc18 UA ND1 HIS 161 y HIS 161 1_555 KD CU CU . y CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.89 ? metalc ? metalc19 UA SG CYS 196 y CYS 196 1_555 KD CU CU . y CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc20 UA SG CYS 196 y CYS 196 1_555 LD CU CU . y CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc21 UA O GLU 198 y GLU 198 1_555 LD CU CU . y CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc22 UA OE1 GLU 198 y GLU 198 1_555 HD MG MG . x MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc23 UA SG CYS 200 y CYS 200 1_555 KD CU CU . y CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc24 UA SG CYS 200 y CYS 200 1_555 LD CU CU . y CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc25 UA ND1 HIS 204 y HIS 204 1_555 LD CU CU . y CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc26 UA SD MET 207 y MET 207 1_555 KD CU CU . y CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc27 YA SG CYS 60 2 CYS 60 1_555 MD ZN ZN . 2 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc28 YA SG CYS 62 2 CYS 62 1_555 MD ZN ZN . 2 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc29 YA SG CYS 82 2 CYS 82 1_555 MD ZN ZN . 2 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc30 YA SG CYS 85 2 CYS 85 1_555 MD ZN ZN . 2 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc31 IB ND1 HIS 141 AC HIS 219 1_555 OD FE2 FES . AC FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc32 IB ND1 HIS 161 AC HIS 239 1_555 OD FE2 FES . AC FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc33 NB NE2 HIS 41 AH HIS 125 1_555 RD FE HEC . AH HEC 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc34 OB NE2 HIS 82 AJ HIS 83 1_555 TD FE HEM . AJ HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc35 OB NE2 HIS 96 AJ HIS 97 1_555 UD FE HEM . AJ HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc36 OB NE2 HIS 181 AJ HIS 182 1_555 TD FE HEM . AJ HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc37 OB NE2 HIS 195 AJ HIS 196 1_555 UD FE HEM . AJ HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc38 TB ND1 HIS 161 AP HIS 239 1_555 CE FE2 FES . AP FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc39 YB NE2 HIS 41 AU HIS 125 1_555 GE FE HEC . AU HEC 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc40 ZB NE2 HIS 82 AV HIS 83 1_555 IE FE HEM . AV HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc41 ZB NE2 HIS 96 AV HIS 97 1_555 JE FE HEM . AV HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc42 ZB NE2 HIS 181 AV HIS 182 1_555 IE FE HEM . AV HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc43 ZB NE2 HIS 195 AV HIS 196 1_555 JE FE HEM . AV HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc44 KD CU CU . y CU 301 1_555 LD CU CU . y CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5XTH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CC 69 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . DC 70 FMN A 1 502 502 FMN FMN . EC 69 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . FC 69 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . GC 71 PLX B 1 303 401 PLX PLX . HC 69 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . IC 72 8Q1 E 1 201 201 8Q1 8Q1 . JC 73 NDP J 1 401 401 NDP NDP . KC 69 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . LC 69 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . MC 74 FES M 1 803 803 FES FES . NC 74 FES O 1 301 301 FES FES . OC 71 PLX U 1 101 101 PLX PLX . PC 75 CDL V 1 201 201 CDL CDL . QC 76 PEE V 1 202 202 PEE PEE . RC 71 PLX V 1 203 203 PLX PLX . SC 76 PEE W 1 201 201 PEE PEE . TC 71 PLX b 1 201 201 PLX PLX . UC 71 PLX g 1 201 201 PLX PLX . VC 71 PLX g 1 202 202 PLX PLX . WC 71 PLX g 1 203 203 PLX PLX . XC 75 CDL i 1 401 401 CDL CDL . YC 76 PEE l 1 701 701 PEE PEE . ZC 76 PEE l 1 702 702 PEE PEE . AD 75 CDL l 1 703 703 CDL CDL . BD 75 CDL l 1 704 704 CDL CDL . CD 75 CDL n 1 101 101 CDL CDL . DD 72 8Q1 p 1 201 201 8Q1 8Q1 . ED 71 PLX r 1 501 501 PLX PLX . FD 71 PLX r 1 502 502 PLX PLX . GD 77 CU x 1 601 517 CU CU . HD 78 MG x 1 602 518 MG MG . ID 79 HEA x 1 603 515 HEA HEA . JD 79 HEA x 1 604 516 HEA HEA . KD 77 CU y 1 301 228 CU CU . LD 77 CU y 1 302 229 CU CU . MD 80 ZN 2 1 101 99 ZN ZN . ND 75 CDL AA 1 101 101 CDL CDL . OD 74 FES AC 1 301 301 FES FES . PD 75 CDL AG 1 101 101 CDL CDL . QD 76 PEE AH 1 401 401 PEE PEE . RD 81 HEC AH 1 402 402 HEC HEC . SD 75 CDL AH 1 403 403 CDL CDL . TD 82 HEM AJ 1 401 401 HEM HEM . UD 82 HEM AJ 1 402 402 HEM HEM . VD 76 PEE AJ 1 403 403 PEE PEE . WD 75 CDL AJ 1 404 404 CDL CDL . XD 75 CDL AJ 1 405 405 CDL CDL . YD 71 PLX AL 1 501 501 PLX PLX . ZD 75 CDL AL 1 502 502 CDL CDL . AE 76 PEE AL 1 503 503 PEE PEE . BE 75 CDL AN 1 101 101 CDL CDL . CE 74 FES AP 1 301 301 FES FES . DE 71 PLX AQ 1 101 101 PLX PLX . EE 71 PLX AT 1 101 101 PLX PLX . FE 76 PEE AU 1 401 401 PEE PEE . GE 81 HEC AU 1 402 402 HEC HEC . HE 75 CDL AU 1 403 403 CDL CDL . IE 82 HEM AV 1 401 401 HEM HEM . JE 82 HEM AV 1 402 402 HEM HEM . KE 76 PEE AV 1 403 403 PEE PEE . LE 75 CDL AY 1 501 501 CDL CDL . ME 76 PEE AY 1 502 502 PEE PEE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . KC 69 201.863 160.493 330.534 1 30 ? FE1 SF4 801 M 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . KC 69 203.915 158.761 329.162 1 30 ? FE2 SF4 801 M 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . KC 69 202.935 158.051 331.854 1 30 ? FE3 SF4 801 M 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . KC 69 204.692 160.467 331.579 1 30 ? FE4 SF4 801 M 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . KC 69 204.849 158.427 331.037 1 30 ? S1 SF4 801 M 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . KC 69 202.781 160.091 332.403 1 30 ? S2 SF4 801 M 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . KC 69 203.784 160.81 329.704 1 30 ? S3 SF4 801 M 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . KC 69 201.994 158.443 330.001 1 30 ? S4 SF4 801 M 1 # _model_server_stats.io_time_ms 47 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 444 _model_server_stats.query_time_ms 255 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 8 #