data_5XYA # _model_server_result.job_id 8PMb3T6wR5skNd5R-yFPMQ _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 16:01:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5xya # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1708}' # _entry.id 5XYA # _exptl.entry_id 5XYA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5XYA _cell.length_a 190.53 _cell.length_b 190.53 _cell.length_c 248.668 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5XYA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 180 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 62 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C SER 43 A SER 160 1_555 A N MSE 44 A MSE 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale2 A C MSE 44 A MSE 161 1_555 A N ARG 45 A ARG 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale3 A C ASP 59 A ASP 176 1_555 A N MSE 60 A MSE 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale4 A C MSE 60 A MSE 177 1_555 A N LEU 61 A LEU 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale5 A C GLY 163 A GLY 280 1_555 A N MSE 164 A MSE 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 A C MSE 164 A MSE 281 1_555 A N HIS 165 A HIS 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale7 A C VAL 193 A VAL 310 1_555 A N MSE 194 A MSE 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale8 A C MSE 194 A MSE 311 1_555 A N PHE 195 A PHE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale9 A C PHE 195 A PHE 312 1_555 A N MSE 196 A MSE 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale10 A C MSE 196 A MSE 313 1_555 A N ARG 197 A ARG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale11 A C VAL 203 A VAL 320 1_555 A N MSE 204 A MSE 321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale12 A C MSE 204 A MSE 321 1_555 A N GLY 205 A GLY 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale13 A C LEU 244 A LEU 361 1_555 A N MSE 245 A MSE 362 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale14 A C MSE 245 A MSE 362 1_555 A N GLU 246 A GLU 363 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale15 A C LEU 309 A LEU 426 1_555 A N MSE 310 A MSE 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale16 A C MSE 310 A MSE 427 1_555 A N THR 311 A THR 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale17 A C GLU 382 A GLU 499 1_555 A N MSE 383 A MSE 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale18 A C MSE 383 A MSE 500 1_555 A N ILE 384 A ILE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale19 A C ALA 430 A ALA 547 1_555 A N MSE 431 A MSE 548 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale20 A C MSE 431 A MSE 548 1_555 A N SER 432 A SER 549 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale21 A C GLU 458 A GLU 575 1_555 A N MSE 459 A MSE 576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale22 A C MSE 459 A MSE 576 1_555 A N ASN 460 A ASN 577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale23 A C SER 500 A SER 617 1_555 A N MSE 501 A MSE 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale24 A OG SER 500 A SER 617 1_555 B S AES . A AES 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale25 A C MSE 501 A MSE 618 1_555 A N ALA 502 A ALA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale26 A C LEU 537 A LEU 654 1_555 A N MSE 538 A MSE 655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale27 A C MSE 538 A MSE 655 1_555 A N SER 539 A SER 656 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale28 A C THR 592 A THR 709 1_555 A N MSE 593 A MSE 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale29 A C MSE 593 A MSE 710 1_555 A N THR 594 A THR 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale30 A C THR 655 A THR 772 1_555 A N MSE 656 A MSE 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale31 A C MSE 656 A MSE 773 1_555 A N ASP 657 A ASP 774 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale32 A C GLN 668 A GLN 785 1_555 A N MSE 669 A MSE 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale33 A C MSE 669 A MSE 786 1_555 A N PRO 670 A PRO 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale34 A C GLU 892 A GLU 1009 1_555 A N MSE 893 A MSE 1010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? covale ? covale35 A C MSE 893 A MSE 1010 1_555 A N THR 894 A THR 1011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale36 A C ASP 896 A ASP 1013 1_555 A N MSE 897 A MSE 1014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? covale ? covale37 A C MSE 897 A MSE 1014 1_555 A N ILE 898 A ILE 1015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale38 A C TYR 989 A TYR 1106 1_555 A N MSE 990 A MSE 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale39 A C MSE 990 A MSE 1107 1_555 A N VAL 991 A VAL 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale40 A C GLU 1036 A GLU 1153 1_555 A N MSE 1037 A MSE 1154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale41 A C MSE 1037 A MSE 1154 1_555 A N THR 1038 A THR 1155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale42 A C LYS 1065 A LYS 1182 1_555 A N MSE 1066 A MSE 1183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale43 A C MSE 1066 A MSE 1183 1_555 A N ASN 1067 A ASN 1184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale44 A C VAL 1139 A VAL 1256 1_555 A N MSE 1140 A MSE 1257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale45 A C MSE 1140 A MSE 1257 1_555 A N PRO 1141 A PRO 1258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale46 A C PRO 1171 A PRO 1288 1_555 A N MSE 1172 A MSE 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale47 A C MSE 1172 A MSE 1289 1_555 A N ILE 1173 A ILE 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale48 A C LYS 1369 A LYS 1486 1_555 A N MSE 1370 A MSE 1487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale49 A C MSE 1370 A MSE 1487 1_555 A N THR 1371 A THR 1488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale50 A C THR 1371 A THR 1488 1_555 A N MSE 1372 A MSE 1489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale51 A C MSE 1372 A MSE 1489 1_555 A N LEU 1373 A LEU 1490 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? metalc ? metalc1 A O SER 791 A SER 908 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc2 A OG SER 791 A SER 908 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 793 A ASN 910 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 795 A ASP 912 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 795 A ASP 912 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc6 A O ASN 797 A ASN 914 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 799 A ASP 916 1_555 H CA CA . A CA 1707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc8 A O HIS 820 A HIS 937 1_555 I CA CA . A CA 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.06 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 823 A ASP 940 1_555 I CA CA . A CA 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 900 A ASP 1017 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 900 A ASP 1017 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc12 A O GLN 902 A GLN 1019 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 925 A ASP 1042 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 925 A ASP 1042 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc15 A O ARG 926 A ARG 1043 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 993 A ASP 1110 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 993 A ASP 1110 1_555 G CA CA . A CA 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc18 A O SER 1073 A SER 1190 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc19 A OG SER 1073 A SER 1190 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASN 1075 A ASN 1192 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 1077 A ASP 1194 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc22 A OD2 ASP 1077 A ASP 1194 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc23 A O ASN 1079 A ASN 1196 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 1081 A ASP 1198 1_555 F CA CA . A CA 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5XYA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005249 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.00303 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00606 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004021 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 AES A 1 1701 1701 AES AES . C 3 SO4 A 1 1702 1702 SO4 SO4 . D 3 SO4 A 1 1703 1703 SO4 SO4 . E 3 SO4 A 1 1704 1704 SO4 SO4 . F 4 CA A 1 1705 1705 CA CA . G 4 CA A 1 1706 1706 CA CA . H 4 CA A 1 1707 1707 CA CA . I 4 CA A 1 1708 1708 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -42.91 _atom_site.Cartn_y -22.979 _atom_site.Cartn_z 31.945 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 57.73 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1708 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 352 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #