data_5Y31 # _model_server_result.job_id QO7QdG2c1RaweLLsI3imkQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 20:39:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5y31 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":604}' # _entry.id 5Y31 # _exptl.entry_id 5Y31 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 104.8 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5Y31 _cell.length_a 105.143 _cell.length_b 124.324 _cell.length_c 164.663 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5Y31 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M 1 1 C,D,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 M N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 T N N ? 4 U N N ? 4 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 117 A CYS 349 1_555 A SG CYS 201 A CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 160 A CYS 392 1_555 A SG CYS 185 A CYS 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 162 A CYS 394 1_555 A SG CYS 169 A CYS 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 215 A CYS 447 1_555 A SG CYS 245 A CYS 477 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 226 A CYS 458 1_555 A SG CYS 242 A CYS 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 228 A CYS 460 1_555 A SG CYS 234 A CYS 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 241 A CYS 473 1_555 A SG CYS 262 A CYS 494 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 253 A CYS 485 1_555 A SG CYS 259 A CYS 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 258 A CYS 490 1_555 A SG CYS 284 A CYS 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 271 A CYS 503 1_555 A SG CYS 291 A CYS 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 278 A CYS 510 1_555 A SG CYS 310 A CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 303 A CYS 535 1_555 A SG CYS 315 A CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf13 A SG CYS 322 A CYS 554 1_555 A SG CYS 373 A CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf14 A SG CYS 337 A CYS 569 1_555 A SG CYS 403 A CYS 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf15 A SG CYS 351 A CYS 583 1_555 A SG CYS 361 A CYS 593 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf16 A SG CYS 368 A CYS 600 1_555 A SG CYS 431 A CYS 663 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 A SG CYS 425 A CYS 657 1_555 A SG CYS 436 A CYS 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf18 A SG CYS 447 A CYS 679 1_555 A SG CYS 462 A CYS 694 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf19 A SG CYS 456 A CYS 688 1_555 A SG CYS 468 A CYS 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf20 A SG CYS 470 A CYS 702 1_555 A SG CYS 479 A CYS 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 22 B CYS 42 1_555 B SG CYS 28 B CYS 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 26 B CYS 46 1_555 B SG CYS 35 B CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 157 B CYS 177 1_555 B SG CYS 180 B CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 159 B CYS 179 1_555 B SG CYS 201 B CYS 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 240 B CYS 260 1_555 B SG CYS 266 B CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf26 C SG CYS 117 C CYS 349 1_555 C SG CYS 201 C CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf27 C SG CYS 160 C CYS 392 1_555 C SG CYS 185 C CYS 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf28 C SG CYS 162 C CYS 394 1_555 C SG CYS 169 C CYS 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf29 C SG CYS 215 C CYS 447 1_555 C SG CYS 245 C CYS 477 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf30 C SG CYS 226 C CYS 458 1_555 C SG CYS 242 C CYS 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf31 C SG CYS 228 C CYS 460 1_555 C SG CYS 234 C CYS 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf32 C SG CYS 241 C CYS 473 1_555 C SG CYS 262 C CYS 494 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf33 C SG CYS 253 C CYS 485 1_555 C SG CYS 259 C CYS 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf34 C SG CYS 258 C CYS 490 1_555 C SG CYS 284 C CYS 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf35 C SG CYS 271 C CYS 503 1_555 C SG CYS 291 C CYS 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf36 C SG CYS 278 C CYS 510 1_555 C SG CYS 310 C CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf37 C SG CYS 303 C CYS 535 1_555 C SG CYS 315 C CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf38 C SG CYS 322 C CYS 554 1_555 C SG CYS 373 C CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf39 C SG CYS 337 C CYS 569 1_555 C SG CYS 403 C CYS 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf40 C SG CYS 351 C CYS 583 1_555 C SG CYS 361 C CYS 593 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf41 C SG CYS 368 C CYS 600 1_555 C SG CYS 431 C CYS 663 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf42 C SG CYS 425 C CYS 657 1_555 C SG CYS 436 C CYS 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf43 C SG CYS 447 C CYS 679 1_555 C SG CYS 462 C CYS 694 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf44 C SG CYS 456 C CYS 688 1_555 C SG CYS 468 C CYS 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf45 C SG CYS 470 C CYS 702 1_555 C SG CYS 479 C CYS 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf46 D SG CYS 22 D CYS 42 1_555 D SG CYS 28 D CYS 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf47 D SG CYS 26 D CYS 46 1_555 D SG CYS 35 D CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf48 D SG CYS 157 D CYS 177 1_555 D SG CYS 180 D CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf49 D SG CYS 159 D CYS 179 1_555 D SG CYS 201 D CYS 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf50 D SG CYS 240 D CYS 260 1_555 D SG CYS 266 D CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 287 A ASN 519 1_555 H C1 NAG . A NAG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 443 A ASN 675 1_555 I C1 NAG . A NAG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 172 B ASN 192 1_555 K C1 NAG . B NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 257 B ASN 277 1_555 L C1 NAG . B NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 402 B ASN 422 1_555 M C1 NAG . B NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale6 C ND2 ASN 287 C ASN 519 1_555 Q C1 NAG . C NAG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale7 C ND2 ASN 443 C ASN 675 1_555 R C1 NAG . C NAG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale8 D ND2 ASN 172 D ASN 192 1_555 T C1 NAG . D NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale9 D NZ LYS 239 D LYS 259 1_555 U O6 NAG . D NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.296 ? covale ? covale10 D ND2 ASN 257 D ASN 277 1_555 U C1 NAG . D NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale11 D ND2 ASN 402 D ASN 422 1_555 V C1 NAG . D NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 10 A GLU 242 1_555 E CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 93 A ASP 325 1_555 E CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 93 A ASP 325 1_555 E CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc4 A O CYS 201 A CYS 433 1_555 E CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASN 204 A ASN 436 1_555 E CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc6 A O GLU 214 A GLU 446 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 217 A ASN 449 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc8 A O PHE 219 A PHE 451 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 221 A GLU 453 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 224 A GLU 456 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 224 A GLU 456 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 227 A ASP 459 1_555 F CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 279 A ASP 511 1_555 G CA CA . A CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 279 A ASP 511 1_555 G CA CA . A CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc15 A O ILE 280 A ILE 512 1_555 G CA CA . A CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc16 A OE2 GLU 282 A GLU 514 1_555 G CA CA . A CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASN 294 A ASN 526 1_555 G CA CA . A CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc18 A O ILE 295 A ILE 527 1_555 G CA CA . A CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 314 B ASP 334 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 314 B ASP 334 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc21 B OE1 GLU 316 B GLU 336 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 361 B ASP 381 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 361 B ASP 381 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc24 B O VAL 362 B VAL 382 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 10 C GLU 242 1_555 N CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 93 C ASP 325 1_555 N CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 93 C ASP 325 1_555 N CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc28 C O CYS 201 C CYS 433 1_555 N CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASN 204 C ASN 436 1_555 N CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc30 C O GLU 214 C GLU 446 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc31 C OD1 ASN 217 C ASN 449 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc32 C O PHE 219 C PHE 451 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc33 C OE1 GLU 221 C GLU 453 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc34 C OE1 GLU 224 C GLU 456 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc35 C OE2 GLU 224 C GLU 456 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc36 C OD2 ASP 227 C ASP 459 1_555 O CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc37 C OD1 ASP 279 C ASP 511 1_555 P CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc38 C OD2 ASP 279 C ASP 511 1_555 P CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc39 C O ILE 280 C ILE 512 1_555 P CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc40 C OE2 GLU 282 C GLU 514 1_555 P CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc41 C OD1 ASN 294 C ASN 526 1_555 P CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc42 C O ILE 295 C ILE 527 1_555 P CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc43 D OD1 ASP 314 D ASP 334 1_555 S CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc44 D OD2 ASP 314 D ASP 334 1_555 S CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc45 D OE1 GLU 316 D GLU 336 1_555 S CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc46 D OD1 ASP 361 D ASP 381 1_555 S CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc47 D OD2 ASP 361 D ASP 381 1_555 S CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc48 D O VAL 362 D VAL 382 1_555 S CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 235 n n C1 O1 NAG sing 236 n n C1 O5 NAG sing 237 n n C1 H1 NAG sing 238 n n C2 C3 NAG sing 239 n n C2 N2 NAG sing 240 n n C2 H2 NAG sing 241 n n C3 C4 NAG sing 242 n n C3 O3 NAG sing 243 n n C3 H3 NAG sing 244 n n C4 C5 NAG sing 245 n n C4 O4 NAG sing 246 n n C4 H4 NAG sing 247 n n C5 C6 NAG sing 248 n n C5 O5 NAG sing 249 n n C5 H5 NAG sing 250 n n C6 O6 NAG sing 251 n n C6 H61 NAG sing 252 n n C6 H62 NAG sing 253 n n C7 C8 NAG sing 254 n n C7 N2 NAG sing 255 n n C7 O7 NAG doub 256 n n C8 H81 NAG sing 257 n n C8 H82 NAG sing 258 n n C8 H83 NAG sing 259 n n N2 HN2 NAG sing 260 n n O1 HO1 NAG sing 261 n n O3 HO3 NAG sing 262 n n O4 HO4 NAG sing 263 n n O6 HO6 NAG sing 264 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 5Y31 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009511 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002513 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008043 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006281 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 801 801 CA CA . F 3 CA A 1 802 802 CA CA . G 3 CA A 1 803 803 CA CA . H 4 NAG A 1 804 1519 NAG NAG . I 4 NAG A 1 805 1675 NAG NAG . J 3 CA B 1 601 1000 CA CA . K 4 NAG B 1 602 1192 NAG NAG . L 4 NAG B 1 603 1277 NAG NAG . M 4 NAG B 1 604 1422 NAG NAG . N 3 CA C 1 801 801 CA CA . O 3 CA C 1 802 802 CA CA . P 3 CA C 1 803 803 CA CA . Q 4 NAG C 1 804 1519 NAG NAG . R 4 NAG C 1 805 1675 NAG NAG . S 3 CA D 1 601 1000 CA CA . T 4 NAG D 1 602 1192 NAG NAG . U 4 NAG D 1 603 1277 NAG NAG . V 4 NAG D 1 604 1422 NAG NAG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . V 4 -24.448 20.587 9.268 1 453.53 ? C1 NAG 604 D 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . V 4 -23.173 21.432 9.332 1 452.97 ? C2 NAG 604 D 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . V 4 -23.262 22.605 8.365 1 454.12 ? C3 NAG 604 D 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . V 4 -23.572 22.108 6.956 1 456.03 ? C4 NAG 604 D 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . V 4 -24.843 21.268 6.974 1 456.51 ? C5 NAG 604 D 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . V 4 -25.165 20.654 5.63 1 458.42 ? C6 NAG 604 D 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . V 4 -22.369 21.174 11.647 1 449.95 ? C7 NAG 604 D 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . V 4 -22.189 21.846 12.974 1 448.29 ? C8 NAG 604 D 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . V 4 -22.933 21.917 10.691 1 451.2 ? N2 NAG 604 D 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . V 4 -22.031 23.312 8.35 1 453.69 ? O3 NAG 604 D 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . V 4 -23.754 23.213 6.08 1 457.15 ? O4 NAG 604 D 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . V 4 -24.682 20.183 7.895 1 455.37 ? O5 NAG 604 D 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . V 4 -26.567 20.581 5.414 1 459.23 ? O6 NAG 604 D 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . V 4 -22.02 20.013 11.453 1 450.17 ? O7 NAG 604 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 39 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 309 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 14 #