data_5Y4H # _model_server_result.job_id pS7wGvji0sxwJ1NroF_T8A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 07:18:24' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5y4h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 5Y4H # _exptl.entry_id 5Y4H _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 674.884 _entity.id 4 _entity.src_method nat _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '[(2~{S},3~{S},5~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{R},17~{R})-17-[(2~{R})-6,6-dimethylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-disulfooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-6-yl] hydrogen sulfate' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5Y4H _cell.length_a 127.84 _cell.length_b 127.84 _cell.length_c 127.84 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5Y4H _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 207 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 4 3 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B C GLY 4 B GLY 4 1_555 B N ALY 5 B ALY 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale2 B C ALY 5 B ALY 5 1_555 B N VAL 6 B VAL 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 142 A CYS 256 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 145 A CYS 259 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 166 A CYS 280 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 169 A CYS 283 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? # _chem_comp.formula 'C28 H50 O12 S3' _chem_comp.formula_weight 674.884 _chem_comp.id 8QF _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '[(2~{S},3~{S},5~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{R},17~{R})-17-[(2~{R})-6,6-dimethylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-disulfooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-6-yl] hydrogen sulfate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O5 S1 8QF doub 1 n n O7 S1 8QF doub 2 n n S1 O6 8QF sing 3 n n S1 O4 8QF sing 4 n n O4 C18 8QF sing 5 n n C18 C17 8QF sing 6 n n C18 C19 8QF sing 7 n n C16 C15 8QF sing 8 n n O10 S2 8QF doub 9 n n C17 C15 8QF sing 10 n n C19 C20 8QF sing 11 n n C19 O8 8QF sing 12 n n C20 C14 8QF sing 13 n n C15 C14 8QF sing 14 n n C15 C10 8QF sing 15 n n O8 S2 8QF sing 16 n n C9 C10 8QF sing 17 n n C9 C8 8QF sing 18 n n S2 O11 8QF doub 19 n n S2 O9 8QF sing 20 n n C14 C13 8QF sing 21 n n O3 S 8QF doub 22 n n C10 C11 8QF sing 23 n n C7 C6 8QF sing 24 n n C13 O 8QF sing 25 n n C13 C12 8QF sing 26 n n C8 C6 8QF sing 27 n n C11 C12 8QF sing 28 n n C11 C5 8QF sing 29 n n C6 C5 8QF sing 30 n n C6 C2 8QF sing 31 n n S O 8QF sing 32 n n S O2 8QF doub 33 n n S O1 8QF sing 34 n n C5 C4 8QF sing 35 n n C C1 8QF sing 36 n n C1 C2 8QF sing 37 n n C1 C21 8QF sing 38 n n C2 C3 8QF sing 39 n n C4 C3 8QF sing 40 n n C21 C22 8QF sing 41 n n C22 C23 8QF sing 42 n n C26 C24 8QF sing 43 n n C25 C24 8QF sing 44 n n C23 C24 8QF sing 45 n n C24 C27 8QF sing 46 n n C1 H1 8QF sing 47 n n C2 H2 8QF sing 48 n n C3 H3 8QF sing 49 n n C3 H4 8QF sing 50 n n C4 H5 8QF sing 51 n n C4 H6 8QF sing 52 n n C5 H7 8QF sing 53 n n C7 H8 8QF sing 54 n n C7 H9 8QF sing 55 n n C7 H10 8QF sing 56 n n C8 H11 8QF sing 57 n n C8 H12 8QF sing 58 n n C9 H13 8QF sing 59 n n C9 H14 8QF sing 60 n n C10 H15 8QF sing 61 n n C11 H16 8QF sing 62 n n C19 H17 8QF sing 63 n n C20 H18 8QF sing 64 n n C20 H19 8QF sing 65 n n C14 H20 8QF sing 66 n n C13 H21 8QF sing 67 n n C12 H22 8QF sing 68 n n C12 H23 8QF sing 69 n n C18 H24 8QF sing 70 n n C17 H25 8QF sing 71 n n C17 H26 8QF sing 72 n n C16 H27 8QF sing 73 n n C16 H28 8QF sing 74 n n C16 H29 8QF sing 75 n n C H30 8QF sing 76 n n C H31 8QF sing 77 n n C H32 8QF sing 78 n n C21 H33 8QF sing 79 n n C21 H34 8QF sing 80 n n C22 H35 8QF sing 81 n n C22 H36 8QF sing 82 n n C23 H37 8QF sing 83 n n C23 H38 8QF sing 84 n n C27 H39 8QF sing 85 n n C27 H40 8QF sing 86 n n C27 H41 8QF sing 87 n n C26 H42 8QF sing 88 n n C26 H43 8QF sing 89 n n C26 H44 8QF sing 90 n n C25 H45 8QF sing 91 n n C25 H46 8QF sing 92 n n C25 H47 8QF sing 93 n n O1 H48 8QF sing 94 n n O9 H49 8QF sing 95 n n O6 H50 8QF sing 96 n n # _atom_sites.entry_id 5Y4H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007822 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007822 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007822 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 ZN A 1 501 501 ZN ZN . D 4 8QF A 1 502 1 8QF HAL . E 5 HOH A 1 601 5 HOH HOH . E 5 HOH A 2 602 1 HOH HOH . E 5 HOH A 3 603 3 HOH HOH . E 5 HOH A 4 604 4 HOH HOH . E 5 HOH A 5 605 2 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 8QF . . . D 4 56.111 52.474 0.257 1 42.76 ? C1 8QF 502 A 1 HETATM 2 C C2 8QF . . . D 4 55.348 51.122 0.363 1 41.97 ? C2 8QF 502 A 1 HETATM 3 C C3 8QF . . . D 4 54.212 51.056 1.391 1 40.46 ? C3 8QF 502 A 1 HETATM 4 O O1 8QF . . . D 4 48.99 46.194 -0.108 1 42.76 ? O1 8QF 502 A 1 HETATM 5 C C4 8QF . . . D 4 53.399 49.818 1.005 1 40 ? C4 8QF 502 A 1 HETATM 6 O O2 8QF . . . D 4 49.107 43.723 -0.284 1 43.92 ? O2 8QF 502 A 1 HETATM 7 O O3 8QF . . . D 4 49.131 45.312 -2.27 1 45.08 ? O3 8QF 502 A 1 HETATM 8 O O4 8QF . . . D 4 54.175 44.887 -5.828 1 53.53 ? O4 8QF 502 A 1 HETATM 9 C C5 8QF . . . D 4 53.503 49.726 -0.523 1 40.34 ? C5 8QF 502 A 1 HETATM 10 C C6 8QF . . . D 4 54.779 50.486 -0.93 1 41.26 ? C6 8QF 502 A 1 HETATM 11 C C7 8QF . . . D 4 54.358 51.496 -2.008 1 39.55 ? C7 8QF 502 A 1 HETATM 12 O O5 8QF . . . D 4 53.916 44.434 -8.202 1 54.31 ? O5 8QF 502 A 1 HETATM 13 C C8 8QF . . . D 4 55.88 49.536 -1.446 1 40.78 ? C8 8QF 502 A 1 HETATM 14 C C9 8QF . . . D 4 55.448 48.565 -2.531 1 39.25 ? C9 8QF 502 A 1 HETATM 15 C C10 8QF . . . D 4 54.34 47.641 -2.018 1 40.28 ? C10 8QF 502 A 1 HETATM 16 C C11 8QF . . . D 4 53.189 48.377 -1.266 1 41.35 ? C11 8QF 502 A 1 HETATM 17 O O6 8QF . . . D 4 54.037 42.452 -6.682 1 49.99 ? O6 8QF 502 A 1 HETATM 18 O O7 8QF . . . D 4 55.969 43.983 -7.196 1 51.01 ? O7 8QF 502 A 1 HETATM 19 O O11 8QF . . . D 4 53.382 41.029 -2.017 1 48.75 ? O11 8QF 502 A 1 HETATM 20 S S2 8QF . . . D 4 54.623 41.62 -2.434 1 50.9 ? S2 8QF 502 A 1 HETATM 21 O O9 8QF . . . D 4 55.609 41.413 -1.414 1 52.49 ? O9 8QF 502 A 1 HETATM 22 O O10 8QF . . . D 4 55.15 40.895 -3.796 1 58.17 ? O10 8QF 502 A 1 HETATM 23 O O8 8QF . . . D 4 54.46 43.125 -2.666 1 49.55 ? O8 8QF 502 A 1 HETATM 24 C C19 8QF . . . D 4 53.698 43.687 -3.731 1 46.53 ? C19 8QF 502 A 1 HETATM 25 C C20 8QF . . . D 4 52.471 44.429 -3.182 1 44.61 ? C20 8QF 502 A 1 HETATM 26 C C14 8QF . . . D 4 52.902 45.655 -2.349 1 42.6 ? C14 8QF 502 A 1 HETATM 27 C C13 8QF . . . D 4 51.764 46.298 -1.539 1 42.32 ? C13 8QF 502 A 1 HETATM 28 O O 8QF . . . D 4 51.09 45.238 -0.87 1 42.95 ? O 8QF 502 A 1 HETATM 29 S S 8QF . . . D 4 49.571 45.155 -0.909 1 43.4 ? S 8QF 502 A 1 HETATM 30 C C12 8QF . . . D 4 52.287 47.356 -0.539 1 41.11 ? C12 8QF 502 A 1 HETATM 31 C C18 8QF . . . D 4 54.649 44.619 -4.501 1 48.96 ? C18 8QF 502 A 1 HETATM 32 S S1 8QF . . . D 4 54.551 43.959 -7.005 1 52.43 ? S1 8QF 502 A 1 HETATM 33 C C17 8QF . . . D 4 54.962 45.941 -3.771 1 44.05 ? C17 8QF 502 A 1 HETATM 34 C C15 8QF . . . D 4 53.776 46.686 -3.106 1 42.54 ? C15 8QF 502 A 1 HETATM 35 C C16 8QF . . . D 4 52.99 47.431 -4.201 1 39.57 ? C16 8QF 502 A 1 HETATM 36 C C 8QF . . . D 4 57.429 52.359 -0.517 1 41.65 ? C 8QF 502 A 1 HETATM 37 C C21 8QF . . . D 4 56.443 53.095 1.605 1 44.91 ? C21 8QF 502 A 1 HETATM 38 C C22 8QF . . . D 4 56.083 54.574 1.646 1 46.58 ? C22 8QF 502 A 1 HETATM 39 C C23 8QF . . . D 4 56.359 55.141 3.046 1 47.91 ? C23 8QF 502 A 1 HETATM 40 C C24 8QF . . . D 4 57.023 56.524 3.097 1 48.43 ? C24 8QF 502 A 1 HETATM 41 C C27 8QF . . . D 4 57.592 56.732 4.496 1 46.23 ? C27 8QF 502 A 1 HETATM 42 C C26 8QF . . . D 4 58.207 56.678 2.137 1 45.75 ? C26 8QF 502 A 1 HETATM 43 C C25 8QF . . . D 4 55.949 57.583 2.828 1 45.77 ? C25 8QF 502 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 47 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 43 #