data_5YJY
#
_model_server_result.job_id            OA52XShSVTc6t5yCD6jjCA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-18 04:41:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5yjy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":607}' 
#
_entry.id    5YJY 
#
_exptl.entry_id    5YJY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              195.237 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5YJY 
_cell.length_a            69.854 
_cell.length_b            115.795 
_cell.length_c            166.499 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5YJY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 I N N 
? 6 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O LEU 61 A LEU 89 1_555 F MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? 
metalc ? metalc2 A O ALA 147 A ALA 175 1_555 E MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 353 A ILE 381 1_555 D MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? 
metalc ? metalc4 C O2P FAD . A FAD 601 1_555 D MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc5 C O1P FAD . A FAD 601 1_555 E MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc6 C O2A FAD . A FAD 601 1_555 G MG MG . A MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc7 C O3P FAD . A FAD 601 1_555 G MG MG . A MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc8 B O ALA 148 B ALA 175 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc9 J O2P FAD . B FAD 601 1_555 K MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc10 J O3P FAD . B FAD 601 1_555 K MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? 
metalc ? metalc11 J O5B FAD . B FAD 601 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc12 J O1P FAD . B FAD 601 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc13 J O1A FAD . B FAD 601 1_555 M MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc14 J O2A FAD . B FAD 601 1_555 N MG MG . B MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc15 J O3P FAD . B FAD 601 1_555 N MG MG . B MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H13 N O4 S' 
_chem_comp.formula_weight    195.237 
_chem_comp.id                MES 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1 C2 MES sing 350 n n 
O1 C6 MES sing 351 n n 
C2 C3 MES sing 352 n n 
C2 H21 MES sing 353 n n 
C2 H22 MES sing 354 n n 
C3 N4 MES sing 355 n n 
C3 H31 MES sing 356 n n 
C3 H32 MES sing 357 n n 
N4 C5 MES sing 358 n n 
N4 C7 MES sing 359 n n 
N4 HN4 MES sing 360 n n 
C5 C6 MES sing 361 n n 
C5 H51 MES sing 362 n n 
C5 H52 MES sing 363 n n 
C6 H61 MES sing 364 n n 
C6 H62 MES sing 365 n n 
C7 C8 MES sing 366 n n 
C7 H71 MES sing 367 n n 
C7 H72 MES sing 368 n n 
C8 S MES sing 369 n n 
C8 H81 MES sing 370 n n 
C8 H82 MES sing 371 n n 
S O1S MES doub 372 n n 
S O2S MES doub 373 n n 
S O3S MES sing 374 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5YJY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014316 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008636 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006006 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 FAD A 1 601 601 FAD FAD . 
D 4 MG A 1 602 602 MG MG . 
E 4 MG A 1 603 603 MG MG . 
F 4 MG A 1 604 604 MG MG . 
G 4 MG A 1 605 605 MG MG . 
H 5 8WF A 1 606 701 8WF DRG . 
I 6 MES A 1 607 802 MES MES . 
J 3 FAD B 1 601 601 FAD FAD . 
K 4 MG B 1 602 602 MG MG . 
L 4 MG B 1 603 603 MG MG . 
M 4 MG B 1 604 604 MG MG . 
N 4 MG B 1 605 605 MG MG . 
O 5 8WF B 1 606 701 8WF DRG . 
P 6 MES B 1 607 801 MES MES . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O1 MES . . . P 6 22.019 26.446 20.468 1 76.86 ? O1 MES 607 B 1 
HETATM 2 C C2 MES . . . P 6 20.956 26.545 21.428 1 77.01 ? C2 MES 607 B 1 
HETATM 3 C C3 MES . . . P 6 19.713 27.262 20.878 1 77.26 ? C3 MES 607 B 1 
HETATM 4 N N4 MES . . . P 6 19.884 27.589 19.451 1 81.64 ? N4 MES 607 B 1 
HETATM 5 C C5 MES . . . P 6 20.25 26.348 18.739 1 80.15 ? C5 MES 607 B 1 
HETATM 6 C C6 MES . . . P 6 21.626 25.87 19.214 1 78.66 ? C6 MES 607 B 1 
HETATM 7 C C7 MES . . . P 6 18.685 28.273 18.904 1 86.84 ? C7 MES 607 B 1 
HETATM 8 C C8 MES . . . P 6 17.503 27.333 18.654 1 96.97 ? C8 MES 607 B 1 
HETATM 9 S S MES . . . P 6 16.169 28.153 18.083 1 108.06 ? S MES 607 B 1 
HETATM 10 O O1S MES . . . P 6 14.955 27.282 18.138 1 100.02 ? O1S MES 607 B 1 
HETATM 11 O O2S MES . . . P 6 16.415 28.539 16.677 1 107.32 ? O2S MES 607 B 1 
HETATM 12 O O3S MES . . . P 6 15.999 29.394 18.876 1 106.37 ? O3S MES 607 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           30 
_model_server_stats.create_model_time_ms    19 
_model_server_stats.query_time_ms           334 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           12 
#