data_5YLJ
#
_model_server_result.job_id            fC2MsMzXREjCd-oGyaShpg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 23:33:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5ylj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    5YLJ 
#
_exptl.entry_id    5YLJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5YLJ 
_cell.length_a            105.231 
_cell.length_b            157.367 
_cell.length_c            182.684 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5YLJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 O N N 
? 5 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.013 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? 
metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc15 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc20 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? 
metalc ? metalc21 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? 
metalc ? metalc22 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc23 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc24 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? 
metalc ? metalc27 O O1G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc28 O O1B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc29 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc30 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc31 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc32 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc33 R O1G GTP . D GTP 501 1_555 S MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc34 S MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc35 S MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? 
metalc ? metalc36 S MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 288 n n 
PG O2G GTP sing 289 n n 
PG O3G GTP sing 290 n n 
PG O3B GTP sing 291 n n 
O2G HOG2 GTP sing 292 n n 
O3G HOG3 GTP sing 293 n n 
O3B PB GTP sing 294 n n 
PB O1B GTP doub 295 n n 
PB O2B GTP sing 296 n n 
PB O3A GTP sing 297 n n 
O2B HOB2 GTP sing 298 n n 
O3A PA GTP sing 299 n n 
PA O1A GTP doub 300 n n 
PA O2A GTP sing 301 n n 
PA O5' GTP sing 302 n n 
O2A HOA2 GTP sing 303 n n 
O5' C5' GTP sing 304 n n 
C5' C4' GTP sing 305 n n 
C5' H5' GTP sing 306 n n 
C5' "H5''" GTP sing 307 n n 
C4' O4' GTP sing 308 n n 
C4' C3' GTP sing 309 n n 
C4' H4' GTP sing 310 n n 
O4' C1' GTP sing 311 n n 
C3' O3' GTP sing 312 n n 
C3' C2' GTP sing 313 n n 
C3' H3' GTP sing 314 n n 
O3' HO3' GTP sing 315 n n 
C2' O2' GTP sing 316 n n 
C2' C1' GTP sing 317 n n 
C2' H2' GTP sing 318 n n 
O2' HO2' GTP sing 319 n n 
C1' N9 GTP sing 320 n n 
C1' H1' GTP sing 321 n n 
N9 C8 GTP sing 322 n y 
N9 C4 GTP sing 323 n y 
C8 N7 GTP doub 324 n y 
C8 H8 GTP sing 325 n n 
N7 C5 GTP sing 326 n y 
C5 C6 GTP sing 327 n n 
C5 C4 GTP doub 328 n y 
C6 O6 GTP doub 329 n n 
C6 N1 GTP sing 330 n n 
N1 C2 GTP sing 331 n n 
N1 HN1 GTP sing 332 n n 
C2 N2 GTP sing 333 n n 
C2 N3 GTP doub 334 n n 
N2 HN21 GTP sing 335 n n 
N2 HN22 GTP sing 336 n n 
N3 C4 GTP sing 337 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5YLJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009503 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006355 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005474 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GOL A 1 504 601 GOL GOL . 
K 9 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 10 MES B 1 503 505 MES MES . 
N 11 8X0 B 1 504 1 8X0 MIL . 
O 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
P 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
Q 7 CA C 1 503 504 CA CA . 
R 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
S 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
T 11 8X0 D 1 503 2 8X0 MIL . 
U 12 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
V 13 HOH A 1 601 3 HOH HOH . 
V 13 HOH A 2 602 1 HOH HOH . 
V 13 HOH A 3 603 4 HOH HOH . 
V 13 HOH A 4 604 5 HOH HOH . 
W 13 HOH B 1 601 9 HOH HOH . 
W 13 HOH B 2 602 11 HOH HOH . 
W 13 HOH B 3 603 10 HOH HOH . 
W 13 HOH B 4 604 2 HOH HOH . 
W 13 HOH B 5 605 7 HOH HOH . 
W 13 HOH B 6 606 8 HOH HOH . 
W 13 HOH B 7 607 6 HOH HOH . 
W 13 HOH B 8 608 14 HOH HOH . 
W 13 HOH B 9 609 16 HOH HOH . 
W 13 HOH B 10 610 12 HOH HOH . 
W 13 HOH B 11 611 13 HOH HOH . 
X 13 HOH C 1 601 22 HOH HOH . 
X 13 HOH C 2 602 18 HOH HOH . 
X 13 HOH C 3 603 21 HOH HOH . 
X 13 HOH C 4 604 17 HOH HOH . 
X 13 HOH C 5 605 19 HOH HOH . 
X 13 HOH C 6 606 20 HOH HOH . 
X 13 HOH C 7 607 15 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 1 601 27 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 2 602 23 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 3 603 25 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 4 604 26 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 5 605 24 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . R 5 27.043 145.022 -44.639 1 90.84 ? PG GTP 501 D 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . R 5 25.747 144.917 -45.41 1 86.19 ? O1G GTP 501 D 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . R 5 27.62 143.694 -44.209 1 88.16 ? O2G GTP 501 D 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . R 5 28.052 145.944 -45.284 1 88.11 ? O3G GTP 501 D 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . R 5 26.695 145.733 -43.227 1 87.73 ? O3B GTP 501 D 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . R 5 25.347 146.568 -42.925 1 86.99 ? PB GTP 501 D 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . R 5 25.037 147.48 -44.088 1 81.64 ? O1B GTP 501 D 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . R 5 25.475 147.149 -41.536 1 92.7 ? O2B GTP 501 D 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . R 5 24.223 145.415 -42.875 1 84.24 ? O3A GTP 501 D 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . R 5 22.677 145.733 -42.546 1 81.27 ? PA GTP 501 D 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . R 5 21.832 145.087 -43.616 1 84.79 ? O1A GTP 501 D 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . R 5 22.496 147.216 -42.309 1 79.65 ? O2A GTP 501 D 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . R 5 22.497 144.936 -41.148 1 79.76 ? O5' GTP 501 D 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . R 5 21.903 143.636 -41.048 1 75.85 ? C5' GTP 501 D 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . R 5 20.861 143.609 -39.929 1 73.25 ? C4' GTP 501 D 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . R 5 20.077 144.802 -39.951 1 72.71 ? O4' GTP 501 D 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . R 5 19.88 142.456 -40.07 1 73.43 ? C3' GTP 501 D 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . R 5 19.748 141.824 -38.793 1 73.43 ? O3' GTP 501 D 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . R 5 18.564 143.063 -40.525 1 72.46 ? C2' GTP 501 D 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . R 5 17.429 142.469 -39.886 1 74.54 ? O2' GTP 501 D 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . R 5 18.686 144.525 -40.138 1 70.73 ? C1' GTP 501 D 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . R 5 18.16 145.436 -41.183 1 69.02 ? N9 GTP 501 D 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . R 5 18.689 145.652 -42.405 1 68.22 ? C8 GTP 501 D 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . R 5 17.963 146.564 -43.1 1 67.31 ? N7 GTP 501 D 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . R 5 16.946 146.953 -42.311 1 67.97 ? C5 GTP 501 D 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . R 5 15.8 147.894 -42.419 1 69.59 ? C6 GTP 501 D 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . R 5 15.604 148.565 -43.455 1 70.5 ? O6 GTP 501 D 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . R 5 14.974 148.002 -41.366 1 71.01 ? N1 GTP 501 D 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . R 5 15.141 147.297 -40.223 1 70.9 ? C2 GTP 501 D 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . R 5 14.25 147.479 -39.219 1 70.87 ? N2 GTP 501 D 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . R 5 16.169 146.415 -40.052 1 68.9 ? N3 GTP 501 D 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . R 5 17.082 146.208 -41.042 1 68.56 ? C4 GTP 501 D 1 
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