data_5YLS
#
_model_server_result.job_id            9md4Q_Ui8B1Ucm0lkQS3dg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 07:59:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5yls 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    5YLS 
#
_exptl.entry_id    5YLS 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5YLS 
_cell.length_a            105.767 
_cell.length_b            159.054 
_cell.length_c            183.151 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5YLS 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 O N N 
? 5 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.15 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc7 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc8 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc13 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc14 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc15 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc19 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? 
metalc ? metalc20 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc21 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc22 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc23 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? 
metalc ? metalc26 O O1G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc27 O O1B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc28 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
metalc ? metalc29 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc30 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc31 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 238 n n 
PG O2G GTP sing 239 n n 
PG O3G GTP sing 240 n n 
PG O3B GTP sing 241 n n 
O2G HOG2 GTP sing 242 n n 
O3G HOG3 GTP sing 243 n n 
O3B PB GTP sing 244 n n 
PB O1B GTP doub 245 n n 
PB O2B GTP sing 246 n n 
PB O3A GTP sing 247 n n 
O2B HOB2 GTP sing 248 n n 
O3A PA GTP sing 249 n n 
PA O1A GTP doub 250 n n 
PA O2A GTP sing 251 n n 
PA O5' GTP sing 252 n n 
O2A HOA2 GTP sing 253 n n 
O5' C5' GTP sing 254 n n 
C5' C4' GTP sing 255 n n 
C5' H5' GTP sing 256 n n 
C5' "H5''" GTP sing 257 n n 
C4' O4' GTP sing 258 n n 
C4' C3' GTP sing 259 n n 
C4' H4' GTP sing 260 n n 
O4' C1' GTP sing 261 n n 
C3' O3' GTP sing 262 n n 
C3' C2' GTP sing 263 n n 
C3' H3' GTP sing 264 n n 
O3' HO3' GTP sing 265 n n 
C2' O2' GTP sing 266 n n 
C2' C1' GTP sing 267 n n 
C2' H2' GTP sing 268 n n 
O2' HO2' GTP sing 269 n n 
C1' N9 GTP sing 270 n n 
C1' H1' GTP sing 271 n n 
N9 C8 GTP sing 272 n y 
N9 C4 GTP sing 273 n y 
C8 N7 GTP doub 274 n y 
C8 H8 GTP sing 275 n n 
N7 C5 GTP sing 276 n y 
C5 C6 GTP sing 277 n n 
C5 C4 GTP doub 278 n y 
C6 O6 GTP doub 279 n n 
C6 N1 GTP sing 280 n n 
N1 C2 GTP sing 281 n n 
N1 HN1 GTP sing 282 n n 
C2 N2 GTP sing 283 n n 
C2 N3 GTP doub 284 n n 
N2 HN21 GTP sing 285 n n 
N2 HN22 GTP sing 286 n n 
N3 C4 GTP sing 287 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5YLS 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009455 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006287 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00546 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GOL A 1 504 601 GOL GOL . 
K 9 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 10 MES B 1 503 505 MES MES . 
N 11 Y50 B 1 504 1 Y50 Y50 . 
O 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
P 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
Q 7 CA C 1 503 504 CA CA . 
R 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
S 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
T 11 Y50 D 1 503 2 Y50 Y50 . 
U 12 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
V 13 HOH A 1 601 11 HOH HOH . 
V 13 HOH A 2 602 2 HOH HOH . 
V 13 HOH A 3 603 1 HOH HOH . 
V 13 HOH A 4 604 3 HOH HOH . 
V 13 HOH A 5 605 4 HOH HOH . 
W 13 HOH B 1 601 17 HOH HOH . 
W 13 HOH B 2 602 18 HOH HOH . 
W 13 HOH B 3 603 10 HOH HOH . 
W 13 HOH B 4 604 12 HOH HOH . 
W 13 HOH B 5 605 15 HOH HOH . 
W 13 HOH B 6 606 16 HOH HOH . 
W 13 HOH B 7 607 13 HOH HOH . 
X 13 HOH C 1 601 5 HOH HOH . 
X 13 HOH C 2 602 6 HOH HOH . 
X 13 HOH C 3 603 7 HOH HOH . 
X 13 HOH C 4 604 8 HOH HOH . 
X 13 HOH C 5 605 14 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 1 601 9 HOH HOH . 
Y 13 HOH D 2 602 19 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . O 5 20.124 177.945 -16.69 1 39.67 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . O 5 18.895 177.958 -17.565 1 39.08 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . O 5 21.372 178.556 -17.276 1 40.47 ? O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . O 5 20.388 176.584 -16.095 1 37.63 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . O 5 19.829 178.972 -15.466 1 42.26 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . O 5 18.586 180.01 -15.304 1 42.99 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . O 5 18.231 180.665 -16.615 1 41.73 ? O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . O 5 18.922 180.882 -14.122 1 43.49 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . O 5 17.386 179.007 -14.883 1 44.63 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . O 5 15.906 179.439 -14.396 1 45.13 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . O 5 14.908 178.955 -15.424 1 45.93 ? O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . O 5 15.902 180.898 -14.013 1 46.82 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . O 5 15.755 178.582 -13.036 1 43.26 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . O 5 14.854 177.48 -12.892 1 42.57 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . O 5 13.875 177.734 -11.741 1 42.44 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . O 5 13.368 179.071 -11.789 1 42.08 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . O 5 12.657 176.828 -11.785 1 42.8 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . O 5 12.31 176.483 -10.437 1 43.86 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . O 5 11.565 177.679 -12.399 1 42.49 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . O 5 10.256 177.328 -11.939 1 43.02 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . O 5 11.95 179.076 -11.946 1 41.44 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . O 5 11.57 180.124 -12.921 1 40.18 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . O 5 12.02 180.282 -14.182 1 39.67 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . O 5 11.446 181.364 -14.765 1 39.89 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . O 5 10.619 181.92 -13.859 1 39.05 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . O 5 9.709 183.091 -13.806 1 39.35 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . O 5 9.567 183.857 -14.794 1 38.74 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . O 5 9.035 183.292 -12.657 1 39.96 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . O 5 9.159 182.492 -11.573 1 39.75 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . O 5 8.451 182.764 -10.454 1 40.46 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . O 5 9.976 181.415 -11.557 1 38.83 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . O 5 10.71 181.095 -12.646 1 39.01 ? C4 GTP 501 C 1 
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