data_5Z4U # _model_server_result.job_id 17ONgTzEcHFgGyejj1ZY-Q _model_server_result.datetime_utc '2025-07-07 17:07:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5z4u # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":503}' # _entry.id 5Z4U # _exptl.entry_id 5Z4U _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 195.237 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5Z4U _cell.length_a 105.491 _cell.length_b 158.233 _cell.length_c 182.099 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5Z4U _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 9 L N N ? 9 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc2 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc4 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc6 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc7 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc8 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc9 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 M CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 177 B ASP 177 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc11 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc ? metalc13 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc14 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.087 ? metalc ? metalc15 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc16 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc17 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc18 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc19 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc20 S O1G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? metalc ? metalc21 S O2G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? # _chem_comp.formula 'C6 H13 N O4 S' _chem_comp.formula_weight 195.237 _chem_comp.id MES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O1 C2 MES sing 415 n n O1 C6 MES sing 416 n n C2 C3 MES sing 417 n n C2 H21 MES sing 418 n n C2 H22 MES sing 419 n n C3 N4 MES sing 420 n n C3 H31 MES sing 421 n n C3 H32 MES sing 422 n n N4 C5 MES sing 423 n n N4 C7 MES sing 424 n n N4 HN4 MES sing 425 n n C5 C6 MES sing 426 n n C5 H51 MES sing 427 n n C5 H52 MES sing 428 n n C6 H61 MES sing 429 n n C6 H62 MES sing 430 n n C7 C8 MES sing 431 n n C7 H71 MES sing 432 n n C7 H72 MES sing 433 n n C8 S MES sing 434 n n C8 H81 MES sing 435 n n C8 H82 MES sing 436 n n S O1S MES doub 437 n n S O2S MES doub 438 n n S O3S MES sing 439 n n # _atom_sites.entry_id 5Z4U _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009479 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00632 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005492 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . K 6 MG B 1 502 502 MG MG . L 9 MES B 1 503 505 MES MES . M 7 CA B 1 504 2 CA CA . N 9 MES B 1 505 505 MES MES . O 10 96C B 1 506 1 96C 7A3 . P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . R 7 CA C 1 503 1 CA CA . S 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . T 6 MG D 1 502 502 MG MG . U 10 96C D 1 503 2 96C 7A3 . V 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O1 MES . . . L 9 -30.28 -57.445 33.348 1 76.28 ? O1 MES 503 B 1 HETATM 2 C C2 MES . . . L 9 -29.994 -57.365 34.737 1 76.82 ? C2 MES 503 B 1 HETATM 3 C C3 MES . . . L 9 -31.037 -58.085 35.598 1 78.86 ? C3 MES 503 B 1 HETATM 4 N N4 MES . . . L 9 -31.71 -59.283 35.003 1 81.63 ? N4 MES 503 B 1 HETATM 5 C C5 MES . . . L 9 -31.627 -59.392 33.518 1 82.05 ? C5 MES 503 B 1 HETATM 6 C C6 MES . . . L 9 -30.368 -58.793 32.913 1 79.56 ? C6 MES 503 B 1 HETATM 7 C C7 MES . . . L 9 -31.24 -60.544 35.624 1 81.25 ? C7 MES 503 B 1 HETATM 8 C C8 MES . . . L 9 -31.723 -60.692 37.062 1 81.03 ? C8 MES 503 B 1 HETATM 9 S S MES . . . L 9 -32.159 -62.288 37.306 1 80.33 ? S MES 503 B 1 HETATM 10 O O1S MES . . . L 9 -33.602 -62.649 37.448 1 80.39 ? O1S MES 503 B 1 HETATM 11 O O2S MES . . . L 9 -31.137 -63.252 37.807 1 82.84 ? O2S MES 503 B 1 HETATM 12 O O3S MES . . . L 9 -32.265 -61.872 38.727 1 82.61 ? O3S MES 503 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 354 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 12 #