data_5ZDP # _model_server_result.job_id czUa6uFXikjFx8mYj3aKRg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 10:34:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5zdp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":501}' # _entry.id 5ZDP # _exptl.entry_id 5ZDP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 55.845 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 122.21 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5ZDP _cell.length_a 259.501 _cell.length_b 63.109 _cell.length_c 138.273 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5ZDP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 ? dimeric 2 author_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,Y,Z 1 1 C,O,P,Q,R,S,AA 2 1 C,O,P,Q,R,S,AA 2 2 D,T,U,V,W,X,BA 3 1 D,T,U,V,W,X,BA 3 3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_757 -x+2,y,-z+2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 371.596357 0 233.985612 3 'crystal symmetry operation' 2_858 -x+3,y,-z+3 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 557.394535 0 350.978418 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 T N N ? 2 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 123 A GLU 123 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.799 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 123 A GLU 123 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 162 A GLU 162 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 162 A GLU 162 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.812 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 165 A HIS 165 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 213 A GLU 213 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 213 A GLU 213 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 266 A GLU 266 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.814 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 266 A GLU 266 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc10 E FE FE . A FE 501 1_555 G O OH . A OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc11 F FE FE . A FE 502 1_555 G O OH . A OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 123 B GLU 123 1_555 J FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? metalc ? metalc13 B OE2 GLU 123 B GLU 123 1_555 J FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLU 162 B GLU 162 1_555 J FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.804 ? metalc ? metalc15 B OE2 GLU 162 B GLU 162 1_555 K FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc16 B ND1 HIS 165 B HIS 165 1_555 J FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 213 B GLU 213 1_555 K FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 213 B GLU 213 1_555 K FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 266 B GLU 266 1_555 J FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.843 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 266 B GLU 266 1_555 K FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? metalc ? metalc21 J FE FE . B FE 501 1_555 L O OH . B OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLU 123 C GLU 123 1_555 O FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc23 C OE2 GLU 123 C GLU 123 1_555 O FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 162 C GLU 162 1_555 O FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 162 C GLU 162 1_555 P FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc26 C OE1 GLU 213 C GLU 213 1_555 P FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 213 C GLU 213 1_555 P FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc28 C OE1 GLU 266 C GLU 266 1_555 O FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc29 C OE2 GLU 266 C GLU 266 1_555 P FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc30 O FE FE . C FE 501 1_555 Q O OH . C OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.745 ? metalc ? metalc31 P FE FE . C FE 502 1_555 Q O OH . C OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.86 ? metalc ? metalc32 P FE FE . C FE 502 1_555 R O1 OXY . C OXY 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc33 P FE FE . C FE 502 1_555 R O2 OXY . C OXY 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc34 D OE1 GLU 123 D GLU 123 1_555 T FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc35 D OE2 GLU 123 D GLU 123 1_555 T FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc36 D OE1 GLU 162 D GLU 162 1_555 T FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc37 D OE2 GLU 162 D GLU 162 1_555 U FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? metalc ? metalc38 D OE2 GLU 213 D GLU 213 1_555 U FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc39 D OE1 GLU 266 D GLU 266 1_555 T FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.776 ? metalc ? metalc40 D OE2 GLU 266 D GLU 266 1_555 U FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc41 T FE FE . D FE 501 1_555 V O OH . D OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc42 U FE FE . D FE 502 1_555 V O OH . D OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? # _chem_comp.formula 'Fe 3' _chem_comp.formula_weight 55.845 _chem_comp.id FE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5ZDP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003854 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002428 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015846 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008547 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 FE A 1 501 501 FE FE . F 2 FE A 1 502 502 FE FE . G 3 OH A 1 503 503 OH OH . H 4 OXY A 1 504 504 OXY OXY . I 5 9AU A 1 505 601 9AU DRG . J 2 FE B 1 501 501 FE FE . K 2 FE B 1 502 502 FE FE . L 3 OH B 1 503 503 OH OH . M 4 OXY B 1 504 504 OXY OXY . N 5 9AU B 1 505 601 9AU DRG . O 2 FE C 1 501 501 FE FE . P 2 FE C 1 502 502 FE FE . Q 3 OH C 1 503 503 OH OH . R 4 OXY C 1 504 504 OXY OXY . S 5 9AU C 1 505 601 9AU DRG . T 2 FE D 1 501 501 FE FE . U 2 FE D 1 502 502 FE FE . V 3 OH D 1 503 503 OH OH . W 4 OXY D 1 504 504 OXY OXY . X 5 9AU D 1 505 601 9AU DRG . Y 6 HOH A 1 601 50 HOH HOH . Y 6 HOH A 2 602 37 HOH HOH . Y 6 HOH A 3 603 2 HOH HOH . Y 6 HOH A 4 604 4 HOH HOH . Y 6 HOH A 5 605 29 HOH HOH . Y 6 HOH A 6 606 24 HOH HOH . Y 6 HOH A 7 607 11 HOH HOH . Y 6 HOH A 8 608 22 HOH HOH . Y 6 HOH A 9 609 45 HOH HOH . Y 6 HOH A 10 610 9 HOH HOH . Y 6 HOH A 11 611 21 HOH HOH . Y 6 HOH A 12 612 25 HOH HOH . Y 6 HOH A 13 613 34 HOH HOH . Y 6 HOH A 14 614 14 HOH HOH . Y 6 HOH A 15 615 69 HOH HOH . Y 6 HOH A 16 616 19 HOH HOH . Y 6 HOH A 17 617 40 HOH HOH . Y 6 HOH A 18 618 62 HOH HOH . Y 6 HOH A 19 619 26 HOH HOH . Y 6 HOH A 20 620 68 HOH HOH . Y 6 HOH A 21 621 33 HOH HOH . Y 6 HOH A 22 622 23 HOH HOH . Y 6 HOH A 23 623 70 HOH HOH . Z 6 HOH B 1 601 49 HOH HOH . Z 6 HOH B 2 602 3 HOH HOH . Z 6 HOH B 3 603 6 HOH HOH . Z 6 HOH B 4 604 55 HOH HOH . Z 6 HOH B 5 605 27 HOH HOH . Z 6 HOH B 6 606 39 HOH HOH . Z 6 HOH B 7 607 28 HOH HOH . Z 6 HOH B 8 608 59 HOH HOH . Z 6 HOH B 9 609 16 HOH HOH . Z 6 HOH B 10 610 31 HOH HOH . Z 6 HOH B 11 611 7 HOH HOH . Z 6 HOH B 12 612 15 HOH HOH . Z 6 HOH B 13 613 52 HOH HOH . Z 6 HOH B 14 614 1 HOH HOH . Z 6 HOH B 15 615 30 HOH HOH . Z 6 HOH B 16 616 53 HOH HOH . Z 6 HOH B 17 617 64 HOH HOH . Z 6 HOH B 18 618 17 HOH HOH . Z 6 HOH B 19 619 66 HOH HOH . Z 6 HOH B 20 620 63 HOH HOH . Z 6 HOH B 21 621 18 HOH HOH . Z 6 HOH B 22 622 61 HOH HOH . Z 6 HOH B 23 623 54 HOH HOH . Z 6 HOH B 24 624 20 HOH HOH . AA 6 HOH C 1 601 48 HOH HOH . AA 6 HOH C 2 602 35 HOH HOH . AA 6 HOH C 3 603 44 HOH HOH . AA 6 HOH C 4 604 5 HOH HOH . AA 6 HOH C 5 605 60 HOH HOH . AA 6 HOH C 6 606 43 HOH HOH . AA 6 HOH C 7 607 8 HOH HOH . AA 6 HOH C 8 608 42 HOH HOH . AA 6 HOH C 9 609 58 HOH HOH . AA 6 HOH C 10 610 32 HOH HOH . AA 6 HOH C 11 611 46 HOH HOH . AA 6 HOH C 12 612 38 HOH HOH . AA 6 HOH C 13 613 51 HOH HOH . AA 6 HOH C 14 614 65 HOH HOH . BA 6 HOH D 1 601 56 HOH HOH . BA 6 HOH D 2 602 10 HOH HOH . BA 6 HOH D 3 603 13 HOH HOH . BA 6 HOH D 4 604 41 HOH HOH . BA 6 HOH D 5 605 57 HOH HOH . BA 6 HOH D 6 606 67 HOH HOH . BA 6 HOH D 7 607 36 HOH HOH . BA 6 HOH D 8 608 47 HOH HOH . BA 6 HOH D 9 609 12 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol FE _atom_site.label_atom_id FE _atom_site.label_comp_id FE _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 232.496 _atom_site.Cartn_y 17.88 _atom_site.Cartn_z 129.913 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 28.55 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id FE _atom_site.auth_comp_id FE _atom_site.auth_seq_id 501 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 288 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #