data_5ZOI
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_model_server_result.job_id            Pr_Z5of2C31IJILQ9pUeFQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-09 19:02:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          5zoi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    5ZOI 
#
_exptl.entry_id    5ZOI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              589.342 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[[(2S,3R,4S,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2S,3S,4S,5R,6R)-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            5ZOI 
_cell.length_a            121.664 
_cell.length_b            121.664 
_cell.length_c            64.718 
_cell.Z_PDB               6 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5ZOI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        145 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
#
_chem_comp.formula           'C16 H25 N5 O15 P2' 
_chem_comp.formula_weight    589.342 
_chem_comp.id                C06 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[[(2S,3R,4S,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2S,3S,4S,5R,6R)-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C C1 C06 sing 70 n n 
C1 O C06 sing 71 n n 
C1 C2 C06 sing 72 n n 
O3 P C06 doub 73 n n 
O14 C2 C06 sing 74 n n 
N4 C14 C06 sing 75 n n 
O11 C8 C06 sing 76 n n 
O C5 C06 sing 77 n n 
O10 C9 C06 sing 78 n n 
C2 C3 C06 sing 79 n n 
C14 N3 C06 sing 80 n n 
C14 N2 C06 doub 81 n n 
N3 C15 C06 sing 82 n n 
O4 P C06 sing 83 n n 
O4 P1 C06 sing 84 n n 
P O2 C06 sing 85 n n 
P O1 C06 sing 86 n n 
N2 C13 C06 sing 87 n n 
C8 C9 C06 sing 88 n n 
C8 C7 C06 sing 89 n n 
C9 C10 C06 sing 90 n n 
C5 O1 C06 sing 91 n n 
C5 C4 C06 sing 92 n n 
C15 O9 C06 doub 93 n n 
C15 C12 C06 sing 94 n n 
C3 O13 C06 sing 95 n n 
C3 C4 C06 sing 96 n n 
O7 P1 C06 sing 97 n n 
O7 C6 C06 sing 98 n n 
C13 C12 C06 doub 99 n y 
C13 N C06 sing 100 n y 
C7 C6 C06 sing 101 n n 
C7 O8 C06 sing 102 n n 
C12 N1 C06 sing 103 n y 
C4 O12 C06 sing 104 n n 
P1 O5 C06 doub 105 n n 
P1 O6 C06 sing 106 n n 
C10 N C06 sing 107 n n 
C10 O8 C06 sing 108 n n 
N C11 C06 sing 109 n y 
N1 C11 C06 doub 110 n y 
C4 H1 C06 sing 111 n n 
C5 H2 C06 sing 112 n n 
C6 H3 C06 sing 113 n n 
C6 H4 C06 sing 114 n n 
C7 H5 C06 sing 115 n n 
C8 H6 C06 sing 116 n n 
C9 H7 C06 sing 117 n n 
C10 H8 C06 sing 118 n n 
O6 H9 C06 sing 119 n n 
C11 H10 C06 sing 120 n n 
N3 H11 C06 sing 121 n n 
N4 H12 C06 sing 122 n n 
N4 H13 C06 sing 123 n n 
C H14 C06 sing 124 n n 
C H15 C06 sing 125 n n 
C H16 C06 sing 126 n n 
C1 H17 C06 sing 127 n n 
C2 H18 C06 sing 128 n n 
O2 H19 C06 sing 129 n n 
C3 H20 C06 sing 130 n n 
O10 H21 C06 sing 131 n n 
O11 H22 C06 sing 132 n n 
O12 H23 C06 sing 133 n n 
O13 H24 C06 sing 134 n n 
O14 H25 C06 sing 135 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5ZOI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008219 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004745 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009491 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015452 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 C06 A 1 501 501 C06 C06 . 
D 2 C06 B 1 501 501 C06 C06 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O3 C06 . . . D 2 3.652 -46.223 7.529 1 20 ? O3 C06 501 B 1 
HETATM 2 C C4 C06 . . . D 2 2.13 -42.832 4.855 1 20 ? C4 C06 501 B 1 
HETATM 3 C C5 C06 . . . D 2 3.097 -43.584 5.771 1 20 ? C5 C06 501 B 1 
HETATM 4 O O4 C06 . . . D 2 5.735 -45.236 6.26 1 20 ? O4 C06 501 B 1 
HETATM 5 C C6 C06 . . . D 2 8.941 -43.665 4.536 1 20 ? C6 C06 501 B 1 
HETATM 6 N N1 C06 . . . D 2 14.873 -40.107 4.503 1 20 ? N1 C06 501 B 1 
HETATM 7 C C7 C06 . . . D 2 10.139 -43.055 5.269 1 20 ? C7 C06 501 B 1 
HETATM 8 C C8 C06 . . . D 2 10.883 -44.034 6.19 1 20 ? C8 C06 501 B 1 
HETATM 9 N N2 C06 . . . D 2 11.859 -40.107 6.286 1 20 ? N2 C06 501 B 1 
HETATM 10 C C9 C06 . . . D 2 12.285 -43.457 6.226 1 20 ? C9 C06 501 B 1 
HETATM 11 O O5 C06 . . . D 2 5.844 -43.842 4.156 1 20 ? O5 C06 501 B 1 
HETATM 12 C C10 C06 . . . D 2 12.446 -42.844 4.837 1 20 ? C10 C06 501 B 1 
HETATM 13 O O6 C06 . . . D 2 6.935 -46.12 4.091 1 20 ? O6 C06 501 B 1 
HETATM 14 C C11 C06 . . . D 2 14.434 -41.368 4.255 1 20 ? C11 C06 501 B 1 
HETATM 15 C C12 C06 . . . D 2 13.963 -39.5 5.285 1 20 ? C12 C06 501 B 1 
HETATM 16 N N3 C06 . . . D 2 12.706 -37.907 6.671 1 20 ? N3 C06 501 B 1 
HETATM 17 C C13 C06 . . . D 2 12.904 -40.477 5.519 1 20 ? C13 C06 501 B 1 
HETATM 18 O O7 C06 . . . D 2 7.977 -44.14 5.476 1 20 ? O7 C06 501 B 1 
HETATM 19 C C14 C06 . . . D 2 11.719 -38.867 6.868 1 20 ? C14 C06 501 B 1 
HETATM 20 O O8 C06 . . . D 2 11.126 -42.589 4.339 1 20 ? O8 C06 501 B 1 
HETATM 21 C C15 C06 . . . D 2 13.822 -38.165 5.906 1 20 ? C15 C06 501 B 1 
HETATM 22 N N4 C06 . . . D 2 10.565 -38.629 7.646 1 20 ? N4 C06 501 B 1 
HETATM 23 N N C06 . . . D 2 13.251 -41.589 4.866 1 20 ? N C06 501 B 1 
HETATM 24 C C C06 . . . D 2 1.355 -42.743 9.001 1 20 ? C C06 501 B 1 
HETATM 25 O O C06 . . . D 2 2.568 -43.681 7.1 1 20 ? O C06 501 B 1 
HETATM 26 P P C06 . . . D 2 4.287 -45.918 6.082 1 20 ? P C06 501 B 1 
HETATM 27 P P1 C06 . . . D 2 6.605 -44.814 4.972 1 20 ? P1 C06 501 B 1 
HETATM 28 C C1 C06 . . . D 2 1.679 -42.627 7.509 1 20 ? C1 C06 501 B 1 
HETATM 29 O O1 C06 . . . D 2 3.333 -44.901 5.276 1 20 ? O1 C06 501 B 1 
HETATM 30 C C2 C06 . . . D 2 0.395 -42.691 6.68 1 20 ? C2 C06 501 B 1 
HETATM 31 O O2 C06 . . . D 2 4.423 -47.18 5.322 1 20 ? O2 C06 501 B 1 
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HETATM 35 O O11 C06 . . . D 2 10.332 -44.189 7.512 1 20 ? O11 C06 501 B 1 
HETATM 36 O O12 C06 . . . D 2 2.396 -43.131 3.468 1 20 ? O12 C06 501 B 1 
HETATM 37 O O13 C06 . . . D 2 0.397 -44.544 5.041 1 20 ? O13 C06 501 B 1 
HETATM 38 O O14 C06 . . . D 2 -0.609 -43.505 7.316 1 20 ? O14 C06 501 B 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              73 
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