data_5ZT1 # _model_server_result.job_id jId7ZIvAaydloy6mgRl88g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 13:07:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5zt1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":520}' # _entry.id 5ZT1 # _exptl.entry_id 5ZT1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 29 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5ZT1 _cell.length_a 104.267 _cell.length_b 104.267 _cell.length_c 145.769 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5ZT1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 1 1 B,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N ? 3 AA N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 DA N N ? 3 EA N N ? 3 FA N N ? 3 GA N N ? 3 HA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C HIS 20 B HIS -2 1_555 A N MSE 21 B MSE -1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale2 A C MSE 21 B MSE -1 1_555 A N HIS 22 B HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale3 A C ARG 92 B ARG 154 1_555 A N MSE 93 B MSE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale4 A C MSE 93 B MSE 155 1_555 A N GLY 94 B GLY 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale5 A C LEU 106 B LEU 168 1_555 A N MSE 107 B MSE 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale6 A C MSE 107 B MSE 169 1_555 A N ASN 108 B ASN 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale7 A C ASN 108 B ASN 170 1_555 A N MSE 109 B MSE 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale8 A C MSE 109 B MSE 171 1_555 A N LEU 110 B LEU 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale9 A C ILE 300 B ILE 362 1_555 A N MSE 301 B MSE 363 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale10 A C MSE 301 B MSE 363 1_555 A N ALA 302 B ALA 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale11 A C THR 359 B THR 421 1_555 A N MSE 360 B MSE 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale12 A C MSE 360 B MSE 422 1_555 A N GLU 361 B GLU 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale13 B C HIS 20 A HIS -2 1_555 B N MSE 21 A MSE -1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale14 B C MSE 21 A MSE -1 1_555 B N HIS 22 A HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? covale ? covale15 B C ARG 92 A ARG 154 1_555 B N MSE 93 A MSE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale16 B C MSE 93 A MSE 155 1_555 B N GLY 94 A GLY 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale17 B C LEU 106 A LEU 168 1_555 B N MSE 107 A MSE 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale18 B C MSE 107 A MSE 169 1_555 B N ASN 108 A ASN 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale19 B C ASN 108 A ASN 170 1_555 B N MSE 109 A MSE 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale20 B C MSE 109 A MSE 171 1_555 B N LEU 110 A LEU 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale21 B C ILE 300 A ILE 362 1_555 B N MSE 301 A MSE 363 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale22 B C MSE 301 A MSE 363 1_555 B N ALA 302 A ALA 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale23 B C THR 359 A THR 421 1_555 B N MSE 360 A MSE 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale24 B C MSE 360 A MSE 422 1_555 B N GLU 361 A GLU 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? metalc ? metalc1 A O PHE 74 B PHE 136 1_555 Q MG MG . B MG 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 82 B ASP 144 1_555 Q MG MG . B MG 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc3 A O SER 98 B SER 160 1_555 F MG MG . B MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc4 A OG SER 98 B SER 160 1_555 J MG MG . B MG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc ? metalc5 A O PHE 105 B PHE 167 1_555 T MG MG . B MG 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? metalc ? metalc6 A O LEU 223 B LEU 285 1_555 H MG MG . B MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.899 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 225 B GLU 287 1_555 I MG MG . B MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc8 A OG SER 235 B SER 297 1_555 E MG MG . B MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc9 A OG1 THR 237 B THR 299 1_555 E MG MG . B MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc10 A OH TYR 240 B TYR 302 1_555 H MG MG . B MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc11 A O LEU 243 B LEU 305 1_555 R MG MG . B MG 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? metalc ? metalc12 A O ASP 251 B ASP 313 1_555 K MG MG . B MG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 251 B ASP 313 1_555 R MG MG . B MG 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc14 A O PRO 252 B PRO 314 1_555 K MG MG . B MG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc15 A O ILE 260 B ILE 322 1_555 I MG MG . B MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? metalc ? metalc16 A O GLY 263 B GLY 325 1_555 S MG MG . B MG 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc17 A O GLN 273 B GLN 335 1_555 L MG MG . B MG 510 6_766 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc18 A O SER 282 B SER 344 1_555 P MG MG . B MG 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc19 A OE1 GLN 348 B GLN 410 1_555 N MG MG . B MG 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc20 C O4 SO4 . B SO4 501 1_555 F MG MG . B MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc21 C O1 SO4 . B SO4 501 1_555 G MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc22 C O4 SO4 . B SO4 501 1_555 G MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc23 C O2 SO4 . B SO4 501 1_555 J MG MG . B MG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc24 B OG1 THR 104 A THR 166 1_555 W MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc25 B O ILE 124 A ILE 186 1_555 Z MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? metalc ? metalc26 B OG1 THR 169 A THR 231 1_555 DA MG MG . A MG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? metalc ? metalc27 B OG SER 235 A SER 297 1_555 GA MG MG . A MG 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc28 B OG1 THR 237 A THR 299 1_555 GA MG MG . A MG 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc29 B OH TYR 240 A TYR 302 1_555 DA MG MG . A MG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 251 A ASP 313 1_555 EA MG MG . A MG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc31 B O ARG 258 A ARG 320 1_555 CA MG MG . A MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc32 B OE1 GLN 348 A GLN 410 1_555 AA MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc33 W MG MG . A MG 501 1_555 X O3G AGS . A AGS 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc34 X O1B AGS . A AGS 502 1_555 BA MG MG . A MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc35 X O3B AGS . A AGS 502 1_555 BA MG MG . A MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc36 X O3A AGS . A AGS 502 1_555 BA MG MG . A MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5ZT1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009591 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005537 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011074 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00686 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 SO4 B 1 501 1 SO4 SO4 . D 2 SO4 B 1 502 2 SO4 SO4 . E 3 MG B 1 503 1 MG MG . F 3 MG B 1 504 1 MG MG . G 3 MG B 1 505 1 MG MG . H 3 MG B 1 506 1 MG MG . I 3 MG B 1 507 1 MG MG . J 3 MG B 1 508 1 MG MG . K 3 MG B 1 509 1 MG MG . L 3 MG B 1 510 1 MG MG . M 3 MG B 1 511 1 MG MG . N 3 MG B 1 512 1 MG MG . O 3 MG B 1 513 1 MG MG . P 3 MG B 1 514 1 MG MG . Q 3 MG B 1 515 1 MG MG . R 3 MG B 1 516 1 MG MG . S 3 MG B 1 517 1 MG MG . T 3 MG B 1 518 1 MG MG . U 3 MG B 1 519 1 MG MG . V 3 MG B 1 520 1 MG MG . W 3 MG A 1 501 1 MG MG . X 4 AGS A 1 502 1 AGS AGS . Y 3 MG A 1 503 1 MG MG . Z 3 MG A 1 504 1 MG MG . AA 3 MG A 1 505 1 MG MG . BA 3 MG A 1 506 1 MG MG . CA 3 MG A 1 507 1 MG MG . DA 3 MG A 1 508 1 MG MG . EA 3 MG A 1 509 1 MG MG . FA 3 MG A 1 510 1 MG MG . GA 3 MG A 1 511 1 MG MG . HA 3 MG A 1 512 1 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id V _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 62.337 _atom_site.Cartn_y 69.887 _atom_site.Cartn_z 147.17 _atom_site.occupancy 0 _atom_site.B_iso_or_equiv 38.13 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 520 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 45 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #