data_5ZXH
#
_model_server_result.job_id            DRnNB2-m-ueQ1cDmmEIb1Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 09:27:12' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5zxh 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":504}' 
#
_entry.id    5ZXH 
#
_exptl.entry_id    5ZXH 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5ZXH 
_cell.length_a            104.91 
_cell.length_b            157.06 
_cell.length_c            182.838 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5ZXH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 I N N 
? 7 M N N 
? 7 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 M CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 177 B ASP 177 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc17 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? 
metalc ? metalc20 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc21 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc22 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? 
metalc ? metalc24 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc25 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc26 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc27 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc28 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc30 S O1G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc31 S O2G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5ZXH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009532 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006367 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005469 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
K 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
L 9 MES B 1 503 505 MES MES . 
M 7 CA B 1 504 2 CA CA . 
N 9 MES B 1 505 505 MES MES . 
O 10 9LX B 1 506 1 9LX LZP . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
R 7 CA C 1 503 1 CA CA . 
S 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
T 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
U 10 9LX D 1 503 2 9LX LZP . 
V 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
W 12 HOH A 1 601 7 HOH HOH . 
W 12 HOH A 2 602 4 HOH HOH . 
W 12 HOH A 3 603 8 HOH HOH . 
W 12 HOH A 4 604 2 HOH HOH . 
W 12 HOH A 5 605 5 HOH HOH . 
W 12 HOH A 6 606 1 HOH HOH . 
W 12 HOH A 7 607 10 HOH HOH . 
X 12 HOH B 1 601 3 HOH HOH . 
X 12 HOH B 2 602 9 HOH HOH . 
X 12 HOH B 3 603 11 HOH HOH . 
X 12 HOH B 4 604 6 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 1 601 15 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 2 602 13 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 3 603 14 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 4 604 12 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         M 
_atom_site.label_entity_id       7 
_atom_site.Cartn_x               -32.297 
_atom_site.Cartn_y               -47.784 
_atom_site.Cartn_z               6.339 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        82.28 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           504 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              16 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    20 
_model_server_stats.query_time_ms           361 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#