data_5ZXH
#
_model_server_result.job_id            efFHijHFXNkb2pPgB65Q8A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 09:34:04' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5zxh 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":505}' 
#
_entry.id    5ZXH 
#
_exptl.entry_id    5ZXH 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              195.237 
_entity.id                          9 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5ZXH 
_cell.length_a            104.91 
_cell.length_b            157.06 
_cell.length_c            182.838 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5ZXH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 9 L N N 
? 9 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 M CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 177 B ASP 177 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc17 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? 
metalc ? metalc20 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc21 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc22 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? 
metalc ? metalc24 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc25 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc26 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc27 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc28 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc30 S O1G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc31 S O2G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H13 N O4 S' 
_chem_comp.formula_weight    195.237 
_chem_comp.id                MES 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1 C2 MES sing 412 n n 
O1 C6 MES sing 413 n n 
C2 C3 MES sing 414 n n 
C2 H21 MES sing 415 n n 
C2 H22 MES sing 416 n n 
C3 N4 MES sing 417 n n 
C3 H31 MES sing 418 n n 
C3 H32 MES sing 419 n n 
N4 C5 MES sing 420 n n 
N4 C7 MES sing 421 n n 
N4 HN4 MES sing 422 n n 
C5 C6 MES sing 423 n n 
C5 H51 MES sing 424 n n 
C5 H52 MES sing 425 n n 
C6 H61 MES sing 426 n n 
C6 H62 MES sing 427 n n 
C7 C8 MES sing 428 n n 
C7 H71 MES sing 429 n n 
C7 H72 MES sing 430 n n 
C8 S MES sing 431 n n 
C8 H81 MES sing 432 n n 
C8 H82 MES sing 433 n n 
S O1S MES doub 434 n n 
S O2S MES doub 435 n n 
S O3S MES sing 436 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5ZXH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009532 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006367 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005469 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
K 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
L 9 MES B 1 503 505 MES MES . 
M 7 CA B 1 504 2 CA CA . 
N 9 MES B 1 505 505 MES MES . 
O 10 9LX B 1 506 1 9LX LZP . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
R 7 CA C 1 503 1 CA CA . 
S 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
T 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
U 10 9LX D 1 503 2 9LX LZP . 
V 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
W 12 HOH A 1 601 7 HOH HOH . 
W 12 HOH A 2 602 4 HOH HOH . 
W 12 HOH A 3 603 8 HOH HOH . 
W 12 HOH A 4 604 2 HOH HOH . 
W 12 HOH A 5 605 5 HOH HOH . 
W 12 HOH A 6 606 1 HOH HOH . 
W 12 HOH A 7 607 10 HOH HOH . 
X 12 HOH B 1 601 3 HOH HOH . 
X 12 HOH B 2 602 9 HOH HOH . 
X 12 HOH B 3 603 11 HOH HOH . 
X 12 HOH B 4 604 6 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 1 601 15 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 2 602 13 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 3 603 14 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 4 604 12 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O1 MES . . . N 9 -4.279 -54.047 48.301 1 66.16 ? O1 MES 505 B 1 
HETATM 2 C C2 MES . . . N 9 -3.278 -54.616 47.456 1 69.67 ? C2 MES 505 B 1 
HETATM 3 C C3 MES . . . N 9 -2.405 -53.53 46.818 1 70.39 ? C3 MES 505 B 1 
HETATM 4 N N4 MES . . . N 9 -3.16 -52.402 46.22 1 71.52 ? N4 MES 505 B 1 
HETATM 5 C C5 MES . . . N 9 -4.379 -52.056 46.998 1 72.06 ? C5 MES 505 B 1 
HETATM 6 C C6 MES . . . N 9 -5.146 -53.269 47.501 1 71.59 ? C6 MES 505 B 1 
HETATM 7 C C7 MES . . . N 9 -2.352 -51.148 46.187 1 75.73 ? C7 MES 505 B 1 
HETATM 8 C C8 MES . . . N 9 -1.012 -51.145 45.428 1 75.19 ? C8 MES 505 B 1 
HETATM 9 S S MES . . . N 9 -1.176 -50.958 43.772 1 73.05 ? S MES 505 B 1 
HETATM 10 O O1S MES . . . N 9 -0.163 -50.167 43.028 1 81.58 ? O1S MES 505 B 1 
HETATM 11 O O2S MES . . . N 9 -2.509 -51.266 43.193 1 81.39 ? O2S MES 505 B 1 
HETATM 12 O O3S MES . . . N 9 -1.733 -49.592 43.937 1 74.65 ? O3S MES 505 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    28 
_model_server_stats.query_time_ms           275 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           12 
#