data_5ZXH
#
_model_server_result.job_id            hSu48WbOzcZongpQeNNffg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 09:25:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5zxh 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":506}' 
#
_entry.id    5ZXH 
#
_exptl.entry_id    5ZXH 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              363.385 
_entity.id                          10 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-(6-fluoro-3-{[(4-methoxyphenyl)methyl]amino}imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl)phenol 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5ZXH 
_cell.length_a            104.91 
_cell.length_b            157.06 
_cell.length_c            182.838 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5ZXH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 10 O N N 
? 10 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 M CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 177 B ASP 177 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc17 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? 
metalc ? metalc20 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc21 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc22 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? 
metalc ? metalc24 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc25 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc26 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc27 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc28 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc30 S O1G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc31 S O2G GTP . D GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? 
#
_chem_comp.formula           'C21 H18 F N3 O2' 
_chem_comp.formula_weight    363.385 
_chem_comp.id                9LX 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-(6-fluoro-3-{[(4-methoxyphenyl)methyl]amino}imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl)phenol 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C14 C15 9LX doub 1 n y 
C14 C13 9LX sing 2 n y 
C15 C16 9LX sing 3 n y 
C13 C12 9LX doub 4 n y 
C16 O17 9LX sing 5 n n 
C16 C11 9LX doub 6 n y 
C12 C11 9LX sing 7 n y 
C11 C10 9LX sing 8 n n 
C10 N18 9LX sing 9 n y 
C10 C09 9LX doub 10 n y 
N18 C19 9LX doub 11 n y 
C09 N08 9LX sing 12 n n 
C09 N25 9LX sing 13 n y 
C19 N25 9LX sing 14 n y 
C19 C20 9LX sing 15 n y 
N08 C07 9LX sing 16 n n 
N25 C24 9LX sing 17 n y 
C20 C21 9LX doub 18 n y 
C07 C06 9LX sing 19 n n 
C05 C06 9LX doub 20 n y 
C05 C04 9LX sing 21 n y 
C24 C22 9LX doub 22 n y 
C21 C22 9LX sing 23 n y 
C06 C26 9LX sing 24 n y 
C22 F23 9LX sing 25 n n 
C04 C03 9LX doub 26 n y 
C26 C27 9LX doub 27 n y 
C03 C27 9LX sing 28 n y 
C03 O02 9LX sing 29 n n 
O02 C01 9LX sing 30 n n 
C12 H1 9LX sing 31 n n 
C13 H2 9LX sing 32 n n 
C14 H3 9LX sing 33 n n 
C15 H4 9LX sing 34 n n 
C20 H5 9LX sing 35 n n 
C21 H6 9LX sing 36 n n 
C24 H7 9LX sing 37 n n 
C26 H8 9LX sing 38 n n 
C27 H9 9LX sing 39 n n 
C01 H10 9LX sing 40 n n 
C01 H11 9LX sing 41 n n 
C01 H12 9LX sing 42 n n 
C04 H13 9LX sing 43 n n 
C05 H14 9LX sing 44 n n 
C07 H15 9LX sing 45 n n 
C07 H16 9LX sing 46 n n 
N08 H17 9LX sing 47 n n 
O17 H18 9LX sing 48 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5ZXH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009532 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006367 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005469 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
K 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
L 9 MES B 1 503 505 MES MES . 
M 7 CA B 1 504 2 CA CA . 
N 9 MES B 1 505 505 MES MES . 
O 10 9LX B 1 506 1 9LX LZP . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
R 7 CA C 1 503 1 CA CA . 
S 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
T 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
U 10 9LX D 1 503 2 9LX LZP . 
V 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
W 12 HOH A 1 601 7 HOH HOH . 
W 12 HOH A 2 602 4 HOH HOH . 
W 12 HOH A 3 603 8 HOH HOH . 
W 12 HOH A 4 604 2 HOH HOH . 
W 12 HOH A 5 605 5 HOH HOH . 
W 12 HOH A 6 606 1 HOH HOH . 
W 12 HOH A 7 607 10 HOH HOH . 
X 12 HOH B 1 601 3 HOH HOH . 
X 12 HOH B 2 602 9 HOH HOH . 
X 12 HOH B 3 603 11 HOH HOH . 
X 12 HOH B 4 604 6 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 1 601 15 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 2 602 13 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 3 603 14 HOH HOH . 
Y 12 HOH C 4 604 12 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C10 9LX . . . O 10 -16.197 -67.119 40.09 1 29.2 ? C10 9LX 506 B 1 
HETATM 2 C C11 9LX . . . O 10 -16.719 -66.842 38.843 1 29.64 ? C11 9LX 506 B 1 
HETATM 3 C C12 9LX . . . O 10 -18.097 -66.936 38.582 1 30.19 ? C12 9LX 506 B 1 
HETATM 4 C C13 9LX . . . O 10 -18.606 -66.682 37.327 1 29.34 ? C13 9LX 506 B 1 
HETATM 5 C C14 9LX . . . O 10 -17.755 -66.35 36.298 1 29.42 ? C14 9LX 506 B 1 
HETATM 6 C C15 9LX . . . O 10 -16.396 -66.263 36.543 1 29.87 ? C15 9LX 506 B 1 
HETATM 7 C C16 9LX . . . O 10 -15.865 -66.522 37.791 1 29.6 ? C16 9LX 506 B 1 
HETATM 8 C C19 9LX . . . O 10 -14.768 -67.404 41.705 1 30.71 ? C19 9LX 506 B 1 
HETATM 9 C C20 9LX . . . O 10 -13.607 -67.478 42.521 1 29.45 ? C20 9LX 506 B 1 
HETATM 10 C C21 9LX . . . O 10 -13.743 -67.916 43.834 1 29.68 ? C21 9LX 506 B 1 
HETATM 11 C C22 9LX . . . O 10 -15 -68.285 44.322 1 30.47 ? C22 9LX 506 B 1 
HETATM 12 C C24 9LX . . . O 10 -16.085 -68.173 43.462 1 30.87 ? C24 9LX 506 B 1 
HETATM 13 C C26 9LX . . . O 10 -18.636 -66.115 44.602 1 30.23 ? C26 9LX 506 B 1 
HETATM 14 C C27 9LX . . . O 10 -18.042 -65.135 45.394 1 31.03 ? C27 9LX 506 B 1 
HETATM 15 C C01 9LX . . . O 10 -17.107 -62.678 46.693 1 34.75 ? C01 9LX 506 B 1 
HETATM 16 O O02 9LX . . . O 10 -16.724 -63.01 45.41 1 34.73 ? O02 9LX 506 B 1 
HETATM 17 C C03 9LX . . . O 10 -17.387 -64.067 44.777 1 33.02 ? C03 9LX 506 B 1 
HETATM 18 C C04 9LX . . . O 10 -17.335 -64.022 43.402 1 32.55 ? C04 9LX 506 B 1 
HETATM 19 C C05 9LX . . . O 10 -17.915 -65.01 42.635 1 31.8 ? C05 9LX 506 B 1 
HETATM 20 C C06 9LX . . . O 10 -18.552 -66.064 43.219 1 29.64 ? C06 9LX 506 B 1 
HETATM 21 C C07 9LX . . . O 10 -19.184 -67.092 42.292 1 29.35 ? C07 9LX 506 B 1 
HETATM 22 N N08 9LX . . . O 10 -18.274 -67.888 41.468 1 30.36 ? N08 9LX 506 B 1 
HETATM 23 C C09 9LX . . . O 10 -16.863 -67.588 41.236 1 30.15 ? C09 9LX 506 B 1 
HETATM 24 O O17 9LX . . . O 10 -14.472 -66.422 37.913 1 29.91 ? O17 9LX 506 B 1 
HETATM 25 N N18 9LX . . . O 10 -14.921 -67.001 40.405 1 29.43 ? N18 9LX 506 B 1 
HETATM 26 F F23 9LX . . . O 10 -15.186 -68.73 45.616 1 28.44 ? F23 9LX 506 B 1 
HETATM 27 N N25 9LX . . . O 10 -15.927 -67.742 42.189 1 30.44 ? N25 9LX 506 B 1 
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