data_6AJC # _model_server_result.job_id QGsPOIIijj1hhMSt5iyYSg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 09:59:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ajc # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"EA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6AJC # _exptl.entry_id 6AJC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 105.96 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6AJC _cell.length_a 123.765 _cell.length_b 123.485 _cell.length_c 127.04 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6AJC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,I,J,K,L,M,N,GA,HA 1 1 C,D,O,P,Q,R,S,T,IA,JA 2 1 E,F,U,V,W,X,Y,Z,KA,LA 3 1 G,H,AA,BA,CA,DA,EA,FA,MA,NA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 J N N ? 3 M N N ? 3 P N N ? 3 S N N ? 3 V N N ? 3 Y N N ? 3 BA N N ? 3 EA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 251 A ASP 251 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 251 A ASP 251 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc3 A O ASP 274 A ASP 274 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 274 A ASP 274 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 278 A ASP 278 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc6 J CA CA . A CA 502 1_555 K O4 ICT . A ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc7 J CA CA . A CA 502 1_555 B OD2 ASP 251 B ASP 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc8 B O ASP 274 B ASP 274 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 274 B ASP 274 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 278 B ASP 278 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc11 M CA CA . B CA 502 1_555 N O3 ICT . B ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc12 M CA CA . B CA 502 1_555 HA O HOH . B HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc13 C OD2 ASP 251 C ASP 251 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc ? metalc14 C O ASP 274 C ASP 274 1_555 P CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 274 C ASP 274 1_555 P CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc16 C OD2 ASP 278 C ASP 278 1_555 P CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc17 P CA CA . C CA 502 1_555 Q O3 ICT . C ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc18 P CA CA . C CA 502 1_555 D OD2 ASP 251 D ASP 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc19 D O ASP 274 D ASP 274 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc20 D OD2 ASP 274 D ASP 274 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc21 D OD2 ASP 278 D ASP 278 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc22 S CA CA . D CA 502 1_555 T O4 ICT . D ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc23 E OD2 ASP 251 E ASP 251 1_555 Y CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc24 E O ASP 274 E ASP 274 1_555 V CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc ? metalc25 E OD2 ASP 274 E ASP 274 1_555 V CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc26 E OD2 ASP 278 E ASP 278 1_555 V CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc27 V CA CA . E CA 502 1_555 W O3 ICT . E ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc28 V CA CA . E CA 502 1_555 F OD2 ASP 251 F ASP 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc29 F O ASP 274 F ASP 274 1_555 Y CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.011 ? metalc ? metalc30 F OD2 ASP 274 F ASP 274 1_555 Y CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc31 F OD2 ASP 278 F ASP 278 1_555 Y CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc32 Y CA CA . F CA 502 1_555 Z O4 ICT . F ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc33 G OD2 ASP 251 G ASP 251 1_555 EA CA CA . H CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc34 G O ASP 274 G ASP 274 1_555 BA CA CA . G CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? metalc ? metalc35 G OD2 ASP 274 G ASP 274 1_555 BA CA CA . G CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc36 G OD2 ASP 278 G ASP 278 1_555 BA CA CA . G CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc37 BA CA CA . G CA 502 1_555 CA O4 ICT . G ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc38 BA CA CA . G CA 502 1_555 MA O HOH . G HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc39 BA CA CA . G CA 502 1_555 H OD2 ASP 251 H ASP 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc40 H O ASP 274 H ASP 274 1_555 EA CA CA . H CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? metalc ? metalc41 H OD2 ASP 274 H ASP 274 1_555 EA CA CA . H CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc42 H OD2 ASP 278 H ASP 278 1_555 EA CA CA . H CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc43 EA CA CA . H CA 502 1_555 FA O3 ICT . H ICT 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6AJC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00808 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002311 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008098 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008187 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 NAP A 1 501 501 NAP NAP . J 3 CA A 1 502 502 CA CA . K 4 ICT A 1 503 503 ICT ICT . L 2 NAP B 1 501 501 NAP NAP . M 3 CA B 1 502 502 CA CA . N 4 ICT B 1 503 503 ICT ICT . O 2 NAP C 1 501 501 NAP NAP . P 3 CA C 1 502 502 CA CA . Q 4 ICT C 1 503 503 ICT ICT . R 2 NAP D 1 501 501 NAP NAP . S 3 CA D 1 502 502 CA CA . T 4 ICT D 1 503 503 ICT ICT . U 2 NAP E 1 501 501 NAP NAP . V 3 CA E 1 502 502 CA CA . W 4 ICT E 1 503 503 ICT ICT . X 2 NAP F 1 501 501 NAP NAP . Y 3 CA F 1 502 502 CA CA . Z 4 ICT F 1 503 503 ICT ICT . AA 2 NAP G 1 501 501 NAP NAP . BA 3 CA G 1 502 502 CA CA . CA 4 ICT G 1 503 503 ICT ICT . DA 2 NAP H 1 501 501 NAP NAP . EA 3 CA H 1 502 502 CA CA . FA 4 ICT H 1 503 503 ICT ICT . GA 5 HOH A 1 601 601 HOH HOH . GA 5 HOH A 2 602 602 HOH HOH . GA 5 HOH A 3 603 603 HOH HOH . GA 5 HOH A 4 604 604 HOH HOH . GA 5 HOH A 5 605 605 HOH HOH . GA 5 HOH A 6 606 606 HOH HOH . GA 5 HOH A 7 607 607 HOH HOH . GA 5 HOH A 8 608 608 HOH HOH . GA 5 HOH A 9 609 609 HOH HOH . GA 5 HOH A 10 610 610 HOH HOH . GA 5 HOH A 11 611 611 HOH HOH . GA 5 HOH A 12 612 612 HOH HOH . GA 5 HOH A 13 613 613 HOH HOH . GA 5 HOH A 14 614 614 HOH HOH . GA 5 HOH A 15 615 615 HOH HOH . GA 5 HOH A 16 616 616 HOH HOH . HA 5 HOH B 1 601 601 HOH HOH . HA 5 HOH B 2 602 602 HOH HOH . HA 5 HOH B 3 603 603 HOH HOH . HA 5 HOH B 4 604 604 HOH HOH . HA 5 HOH B 5 605 605 HOH HOH . HA 5 HOH B 6 606 606 HOH HOH . HA 5 HOH B 7 607 607 HOH HOH . HA 5 HOH B 8 608 608 HOH HOH . HA 5 HOH B 9 609 609 HOH HOH . HA 5 HOH B 10 610 610 HOH HOH . HA 5 HOH B 11 611 611 HOH HOH . HA 5 HOH B 12 612 612 HOH HOH . HA 5 HOH B 13 613 613 HOH HOH . HA 5 HOH B 14 614 614 HOH HOH . HA 5 HOH B 15 615 615 HOH HOH . HA 5 HOH B 16 616 616 HOH HOH . HA 5 HOH B 17 617 617 HOH HOH . HA 5 HOH B 18 618 618 HOH HOH . HA 5 HOH B 19 619 619 HOH HOH . HA 5 HOH B 20 620 620 HOH HOH . HA 5 HOH B 21 621 621 HOH HOH . HA 5 HOH B 22 622 622 HOH HOH . HA 5 HOH B 23 623 623 HOH HOH . HA 5 HOH B 24 624 624 HOH HOH . IA 5 HOH C 1 601 601 HOH HOH . IA 5 HOH C 2 602 602 HOH HOH . IA 5 HOH C 3 603 603 HOH HOH . IA 5 HOH C 4 604 604 HOH HOH . IA 5 HOH C 5 605 605 HOH HOH . IA 5 HOH C 6 606 606 HOH HOH . IA 5 HOH C 7 607 607 HOH HOH . IA 5 HOH C 8 608 609 HOH HOH . IA 5 HOH C 9 609 610 HOH HOH . IA 5 HOH C 10 610 611 HOH HOH . IA 5 HOH C 11 611 612 HOH HOH . IA 5 HOH C 12 612 613 HOH HOH . IA 5 HOH C 13 613 614 HOH HOH . IA 5 HOH C 14 614 615 HOH HOH . IA 5 HOH C 15 615 616 HOH HOH . IA 5 HOH C 16 616 617 HOH HOH . JA 5 HOH D 1 601 601 HOH HOH . JA 5 HOH D 2 602 602 HOH HOH . JA 5 HOH D 3 603 603 HOH HOH . JA 5 HOH D 4 604 604 HOH HOH . JA 5 HOH D 5 605 605 HOH HOH . JA 5 HOH D 6 606 606 HOH HOH . JA 5 HOH D 7 607 607 HOH HOH . JA 5 HOH D 8 608 608 HOH HOH . JA 5 HOH D 9 609 609 HOH HOH . JA 5 HOH D 10 610 610 HOH HOH . JA 5 HOH D 11 611 611 HOH HOH . JA 5 HOH D 12 612 612 HOH HOH . JA 5 HOH D 13 613 613 HOH HOH . JA 5 HOH D 14 614 614 HOH HOH . KA 5 HOH E 1 601 601 HOH HOH . KA 5 HOH E 2 602 602 HOH HOH . KA 5 HOH E 3 603 603 HOH HOH . KA 5 HOH E 4 604 604 HOH HOH . KA 5 HOH E 5 605 605 HOH HOH . KA 5 HOH E 6 606 606 HOH HOH . KA 5 HOH E 7 607 607 HOH HOH . KA 5 HOH E 8 608 608 HOH HOH . KA 5 HOH E 9 609 609 HOH HOH . KA 5 HOH E 10 610 610 HOH HOH . KA 5 HOH E 11 611 611 HOH HOH . KA 5 HOH E 12 612 612 HOH HOH . KA 5 HOH E 13 613 613 HOH HOH . KA 5 HOH E 14 614 614 HOH HOH . LA 5 HOH F 1 601 601 HOH HOH . LA 5 HOH F 2 602 602 HOH HOH . LA 5 HOH F 3 603 603 HOH HOH . LA 5 HOH F 4 604 604 HOH HOH . LA 5 HOH F 5 605 605 HOH HOH . LA 5 HOH F 6 606 606 HOH HOH . LA 5 HOH F 7 607 607 HOH HOH . LA 5 HOH F 8 608 608 HOH HOH . LA 5 HOH F 9 609 609 HOH HOH . LA 5 HOH F 10 610 610 HOH HOH . LA 5 HOH F 11 611 611 HOH HOH . LA 5 HOH F 12 612 612 HOH HOH . LA 5 HOH F 13 613 613 HOH HOH . LA 5 HOH F 14 614 614 HOH HOH . LA 5 HOH F 15 615 615 HOH HOH . MA 5 HOH G 1 601 601 HOH HOH . MA 5 HOH G 2 602 602 HOH HOH . MA 5 HOH G 3 603 603 HOH HOH . MA 5 HOH G 4 604 604 HOH HOH . MA 5 HOH G 5 605 605 HOH HOH . MA 5 HOH G 6 606 606 HOH HOH . MA 5 HOH G 7 607 607 HOH HOH . MA 5 HOH G 8 608 608 HOH HOH . MA 5 HOH G 9 609 609 HOH HOH . MA 5 HOH G 10 610 610 HOH HOH . MA 5 HOH G 11 611 611 HOH HOH . MA 5 HOH G 12 612 612 HOH HOH . MA 5 HOH G 13 613 613 HOH HOH . MA 5 HOH G 14 614 614 HOH HOH . MA 5 HOH G 15 615 615 HOH HOH . NA 5 HOH H 1 601 601 HOH HOH . NA 5 HOH H 2 602 602 HOH HOH . NA 5 HOH H 3 603 603 HOH HOH . NA 5 HOH H 4 604 604 HOH HOH . NA 5 HOH H 5 605 605 HOH HOH . NA 5 HOH H 6 606 606 HOH HOH . NA 5 HOH H 7 607 607 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id EA _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 52.893 _atom_site.Cartn_y 36.071 _atom_site.Cartn_z 37.253 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 44.6 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id H _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 18 _model_server_stats.element_count 1 #