data_6B5K
#
_model_server_result.job_id            sWKb0ie1EfH0O0UH2ZRi-w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 04:17:57' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6b5k 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":303}' 
#
_entry.id    6B5K 
#
_exptl.entry_id    6B5K 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6B5K 
_cell.length_a            96.403 
_cell.length_b            96.403 
_cell.length_c            151.924 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6B5K 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        79 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 4' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_945 -x+4,-y-1,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 385.612 -96.403 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 108 A ASP 108 1_555 D MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 222 A ASP 222 1_555 D MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc3 C O2A TTP . A TTP 301 1_555 D MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc4 C O1A TTP . A TTP 301 1_555 E MG MG . A MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
metalc ? metalc5 C O2B TTP . A TTP 301 1_555 E MG MG . A MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc6 C O2G TTP . A TTP 301 1_555 E MG MG . A MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc7 D MG MG . A MG 302 1_555 L O HOH . A HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc8 D MG MG . A MG 302 1_555 L O HOH . A HOH 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc9 D MG MG . A MG 302 1_555 L O HOH . A HOH 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc10 E MG MG . A MG 303 1_555 L O HOH . A HOH 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc11 E MG MG . A MG 303 1_555 L O HOH . A HOH 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc12 E MG MG . A MG 303 1_555 L O HOH . A HOH 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 108 B ASP 108 1_555 I MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 222 B ASP 222 1_555 I MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc15 H MG MG . B MG 301 1_555 J O2A TTP . B TTP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc16 H MG MG . B MG 301 1_555 J O1B TTP . B TTP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc17 H MG MG . B MG 301 1_555 J O2G TTP . B TTP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? 
metalc ? metalc18 H MG MG . B MG 301 1_555 M O HOH . B HOH 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.894 ? 
metalc ? metalc19 H MG MG . B MG 301 1_555 M O HOH . B HOH 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc20 H MG MG . B MG 301 1_555 M O HOH . B HOH 481 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? 
metalc ? metalc21 I MG MG . B MG 302 1_555 J O1A TTP . B TTP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
metalc ? metalc22 I MG MG . B MG 302 1_555 M O HOH . B HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc23 I MG MG . B MG 302 1_555 M O HOH . B HOH 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc24 I MG MG . B MG 302 1_555 M O HOH . B HOH 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 330 n n 
PA O2A TTP sing 331 n n 
PA O3A TTP sing 332 n n 
PA O5' TTP sing 333 n n 
O2A HOA2 TTP sing 334 n n 
O3A PB TTP sing 335 n n 
PB O1B TTP doub 336 n n 
PB O2B TTP sing 337 n n 
PB O3B TTP sing 338 n n 
O2B HOB2 TTP sing 339 n n 
O3B PG TTP sing 340 n n 
PG O1G TTP doub 341 n n 
PG O2G TTP sing 342 n n 
PG O3G TTP sing 343 n n 
O2G HOG2 TTP sing 344 n n 
O3G HOG3 TTP sing 345 n n 
O5' C5' TTP sing 346 n n 
C5' C4' TTP sing 347 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 348 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 349 n n 
C4' O4' TTP sing 350 n n 
C4' C3' TTP sing 351 n n 
C4' H4' TTP sing 352 n n 
O4' C1' TTP sing 353 n n 
C3' O3' TTP sing 354 n n 
C3' C2' TTP sing 355 n n 
C3' H3' TTP sing 356 n n 
O3' HO3' TTP sing 357 n n 
C2' C1' TTP sing 358 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 359 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 360 n n 
C1' N1 TTP sing 361 n n 
C1' H1' TTP sing 362 n n 
N1 C2 TTP sing 363 n n 
N1 C6 TTP sing 364 n n 
C2 O2 TTP doub 365 n n 
C2 N3 TTP sing 366 n n 
N3 C4 TTP sing 367 n n 
N3 HN3 TTP sing 368 n n 
C4 O4 TTP doub 369 n n 
C4 C5 TTP sing 370 n n 
C5 C5M TTP sing 371 n n 
C5 C6 TTP doub 372 n n 
C5M HM51 TTP sing 373 n n 
C5M HM52 TTP sing 374 n n 
C5M HM53 TTP sing 375 n n 
C6 H6 TTP sing 376 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6B5K 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010373 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010373 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006582 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 TTP A 1 301 1 TTP TTP . 
D 3 MG A 1 302 2 MG MG . 
E 3 MG A 1 303 3 MG MG . 
F 4 TYD A 1 304 2 TYD TYD . 
G 5 EDO A 1 305 1 EDO EDO . 
H 3 MG B 1 301 1 MG MG . 
I 3 MG B 1 302 4 MG MG . 
J 2 TTP B 1 303 2 TTP TTP . 
K 4 TYD B 1 304 1 TYD TYD . 
L 6 HOH A 1 401 183 HOH HOH . 
L 6 HOH A 2 402 184 HOH HOH . 
L 6 HOH A 3 403 160 HOH HOH . 
L 6 HOH A 4 404 172 HOH HOH . 
L 6 HOH A 5 405 147 HOH HOH . 
L 6 HOH A 6 406 257 HOH HOH . 
L 6 HOH A 7 407 141 HOH HOH . 
L 6 HOH A 8 408 4 HOH HOH . 
L 6 HOH A 9 409 213 HOH HOH . 
L 6 HOH A 10 410 314 HOH HOH . 
L 6 HOH A 11 411 176 HOH HOH . 
L 6 HOH A 12 412 227 HOH HOH . 
L 6 HOH A 13 413 343 HOH HOH . 
L 6 HOH A 14 414 22 HOH HOH . 
L 6 HOH A 15 415 203 HOH HOH . 
L 6 HOH A 16 416 277 HOH HOH . 
L 6 HOH A 17 417 281 HOH HOH . 
L 6 HOH A 18 418 279 HOH HOH . 
L 6 HOH A 19 419 79 HOH HOH . 
L 6 HOH A 20 420 165 HOH HOH . 
L 6 HOH A 21 421 78 HOH HOH . 
L 6 HOH A 22 422 208 HOH HOH . 
L 6 HOH A 23 423 282 HOH HOH . 
L 6 HOH A 24 424 368 HOH HOH . 
L 6 HOH A 25 425 94 HOH HOH . 
L 6 HOH A 26 426 285 HOH HOH . 
L 6 HOH A 27 427 142 HOH HOH . 
L 6 HOH A 28 428 149 HOH HOH . 
L 6 HOH A 29 429 301 HOH HOH . 
L 6 HOH A 30 430 154 HOH HOH . 
L 6 HOH A 31 431 47 HOH HOH . 
L 6 HOH A 32 432 217 HOH HOH . 
L 6 HOH A 33 433 50 HOH HOH . 
L 6 HOH A 34 434 100 HOH HOH . 
L 6 HOH A 35 435 332 HOH HOH . 
L 6 HOH A 36 436 303 HOH HOH . 
L 6 HOH A 37 437 59 HOH HOH . 
L 6 HOH A 38 438 32 HOH HOH . 
L 6 HOH A 39 439 86 HOH HOH . 
L 6 HOH A 40 440 148 HOH HOH . 
L 6 HOH A 41 441 193 HOH HOH . 
L 6 HOH A 42 442 336 HOH HOH . 
L 6 HOH A 43 443 360 HOH HOH . 
L 6 HOH A 44 444 83 HOH HOH . 
L 6 HOH A 45 445 27 HOH HOH . 
L 6 HOH A 46 446 3 HOH HOH . 
L 6 HOH A 47 447 73 HOH HOH . 
L 6 HOH A 48 448 58 HOH HOH . 
L 6 HOH A 49 449 52 HOH HOH . 
L 6 HOH A 50 450 312 HOH HOH . 
L 6 HOH A 51 451 161 HOH HOH . 
L 6 HOH A 52 452 260 HOH HOH . 
L 6 HOH A 53 453 91 HOH HOH . 
L 6 HOH A 54 454 361 HOH HOH . 
L 6 HOH A 55 455 11 HOH HOH . 
L 6 HOH A 56 456 40 HOH HOH . 
L 6 HOH A 57 457 62 HOH HOH . 
L 6 HOH A 58 458 174 HOH HOH . 
L 6 HOH A 59 459 143 HOH HOH . 
L 6 HOH A 60 460 31 HOH HOH . 
L 6 HOH A 61 461 179 HOH HOH . 
L 6 HOH A 62 462 210 HOH HOH . 
L 6 HOH A 63 463 99 HOH HOH . 
L 6 HOH A 64 464 72 HOH HOH . 
L 6 HOH A 65 465 18 HOH HOH . 
L 6 HOH A 66 466 12 HOH HOH . 
L 6 HOH A 67 467 93 HOH HOH . 
L 6 HOH A 68 468 82 HOH HOH . 
L 6 HOH A 69 469 166 HOH HOH . 
L 6 HOH A 70 470 6 HOH HOH . 
L 6 HOH A 71 471 30 HOH HOH . 
L 6 HOH A 72 472 190 HOH HOH . 
L 6 HOH A 73 473 339 HOH HOH . 
L 6 HOH A 74 474 98 HOH HOH . 
L 6 HOH A 75 475 28 HOH HOH . 
L 6 HOH A 76 476 90 HOH HOH . 
L 6 HOH A 77 477 42 HOH HOH . 
L 6 HOH A 78 478 67 HOH HOH . 
L 6 HOH A 79 479 200 HOH HOH . 
L 6 HOH A 80 480 346 HOH HOH . 
L 6 HOH A 81 481 145 HOH HOH . 
L 6 HOH A 82 482 370 HOH HOH . 
L 6 HOH A 83 483 96 HOH HOH . 
L 6 HOH A 84 484 278 HOH HOH . 
L 6 HOH A 85 485 330 HOH HOH . 
L 6 HOH A 86 486 153 HOH HOH . 
L 6 HOH A 87 487 181 HOH HOH . 
L 6 HOH A 88 488 390 HOH HOH . 
L 6 HOH A 89 489 38 HOH HOH . 
L 6 HOH A 90 490 1 HOH HOH . 
L 6 HOH A 91 491 69 HOH HOH . 
L 6 HOH A 92 492 252 HOH HOH . 
L 6 HOH A 93 493 23 HOH HOH . 
L 6 HOH A 94 494 168 HOH HOH . 
L 6 HOH A 95 495 92 HOH HOH . 
L 6 HOH A 96 496 300 HOH HOH . 
L 6 HOH A 97 497 20 HOH HOH . 
L 6 HOH A 98 498 366 HOH HOH . 
L 6 HOH A 99 499 45 HOH HOH . 
L 6 HOH A 100 500 188 HOH HOH . 
L 6 HOH A 101 501 17 HOH HOH . 
L 6 HOH A 102 502 44 HOH HOH . 
L 6 HOH A 103 503 39 HOH HOH . 
L 6 HOH A 104 504 182 HOH HOH . 
L 6 HOH A 105 505 342 HOH HOH . 
L 6 HOH A 106 506 5 HOH HOH . 
L 6 HOH A 107 507 199 HOH HOH . 
L 6 HOH A 108 508 152 HOH HOH . 
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