data_6B8H # _model_server_result.job_id rtFLkhxFXHRgNkHfXQYGqQ _model_server_result.datetime_utc '2025-01-05 02:05:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6b8h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"IB","auth_seq_id":601}' # _entry.id 6B8H # _exptl.entry_id 6B8H _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 18 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 60-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 60 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 18 IB N N ? 18 KB N N ? 18 MB N N ? 18 OB N N ? 18 QB N N ? 18 SB N N ? 18 UB N N ? 18 WB N N ? 18 YB N N ? 18 AC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 RA NZ LYS 148 r LYS 148 1_555 TA CB SER 11 t SER 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.251 ? metalc ? metalc1 T OG1 THR 178 K THR 178 1_555 JB MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc2 IB O1G ANP . K ANP 601 1_555 JB MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc3 IB O2B ANP . K ANP 601 1_555 JB MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc4 U OG1 THR 178 B THR 178 1_555 LB MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? metalc ? metalc5 KB O2G ANP . B ANP 601 1_555 LB MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.777 ? metalc ? metalc6 KB O2B ANP . B ANP 601 1_555 LB MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc7 V OG1 THR 178 C THR 178 1_555 NB MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc8 MB O2G ANP . C ANP 601 1_555 NB MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.805 ? metalc ? metalc9 MB O2B ANP . C ANP 601 1_555 NB MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc10 W OG1 THR 164 D THR 164 1_555 PB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc11 OB O2G ANP . D ANP 501 1_555 PB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.848 ? metalc ? metalc12 OB O2B ANP . D ANP 501 1_555 PB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc13 Y OG1 THR 164 F THR 164 1_555 RB MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.771 ? metalc ? metalc14 Y OE1 GLU 189 F GLU 189 1_555 RB MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc15 QB O2B ANP . F ANP 501 1_555 RB MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc16 XA OG1 THR 178 n THR 178 1_555 TB MG MG . n MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc17 SB O1G ANP . n ANP 601 1_555 TB MG MG . n MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc18 SB O2B ANP . n ANP 601 1_555 TB MG MG . n MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc19 YA OG1 THR 178 W THR 178 1_555 VB MG MG . W MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? metalc ? metalc20 UB O2G ANP . W ANP 601 1_555 VB MG MG . W MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.779 ? metalc ? metalc21 UB O2B ANP . W ANP 601 1_555 VB MG MG . W MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc22 ZA OG1 THR 178 X THR 178 1_555 XB MG MG . X MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc23 WB O2G ANP . X ANP 601 1_555 XB MG MG . X MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.805 ? metalc ? metalc24 WB O2B ANP . X ANP 601 1_555 XB MG MG . X MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc25 AB OG1 THR 164 Y THR 164 1_555 ZB MG MG . Y MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc26 YB O2G ANP . Y ANP 501 1_555 ZB MG MG . Y MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? metalc ? metalc27 YB O2B ANP . Y ANP 501 1_555 ZB MG MG . Y MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc28 CB OG1 THR 164 c THR 164 1_555 BC MG MG . c MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.772 ? metalc ? metalc29 CB OE1 GLU 189 c GLU 189 1_555 BC MG MG . c MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? metalc ? metalc30 AC O2B ANP . c ANP 501 1_555 BC MG MG . c MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 13 n n PG O2G ANP sing 14 n n PG O3G ANP sing 15 n n PG N3B ANP sing 16 n n O2G HOG2 ANP sing 17 n n O3G HOG3 ANP sing 18 n n PB O1B ANP doub 19 n n PB O2B ANP sing 20 n n PB N3B ANP sing 21 n n PB O3A ANP sing 22 n n O2B HOB2 ANP sing 23 n n N3B HNB1 ANP sing 24 n n PA O1A ANP doub 25 n n PA O2A ANP sing 26 n n PA O3A ANP sing 27 n n PA O5' ANP sing 28 n n O2A HOA2 ANP sing 29 n n O5' C5' ANP sing 30 n n C5' C4' ANP sing 31 n n C5' "H5'1" ANP sing 32 n n C5' "H5'2" ANP sing 33 n n C4' O4' ANP sing 34 n n C4' C3' ANP sing 35 n n C4' H4' ANP sing 36 n n O4' C1' ANP sing 37 n n C3' O3' ANP sing 38 n n C3' C2' ANP sing 39 n n C3' H3' ANP sing 40 n n O3' HO3' ANP sing 41 n n C2' O2' ANP sing 42 n n C2' C1' ANP sing 43 n n C2' H2' ANP sing 44 n n O2' HO2' ANP sing 45 n n C1' N9 ANP sing 46 n n C1' H1' ANP sing 47 n n N9 C8 ANP sing 48 n y N9 C4 ANP sing 49 n y C8 N7 ANP doub 50 n y C8 H8 ANP sing 51 n n N7 C5 ANP sing 52 n y C5 C6 ANP sing 53 n y C5 C4 ANP doub 54 n y C6 N6 ANP sing 55 n n C6 N1 ANP doub 56 n y N6 HN61 ANP sing 57 n n N6 HN62 ANP sing 58 n n N1 C2 ANP sing 59 n y C2 N3 ANP doub 60 n y C2 H2 ANP sing 61 n n N3 C4 ANP sing 62 n y # _atom_sites.entry_id 6B8H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code IB 18 ANP K 1 601 600 ANP ANP . JB 19 MG K 1 602 700 MG MG . KB 18 ANP B 1 601 600 ANP ANP . LB 19 MG B 1 602 700 MG MG . MB 18 ANP C 1 601 600 ANP ANP . NB 19 MG C 1 602 700 MG MG . OB 18 ANP D 1 501 600 ANP ANP . PB 19 MG D 1 502 700 MG MG . QB 18 ANP F 1 501 600 ANP ANP . RB 19 MG F 1 502 700 MG MG . SB 18 ANP n 1 601 600 ANP ANP . TB 19 MG n 1 602 700 MG MG . UB 18 ANP W 1 601 600 ANP ANP . VB 19 MG W 1 602 700 MG MG . WB 18 ANP X 1 601 600 ANP ANP . XB 19 MG X 1 602 700 MG MG . YB 18 ANP Y 1 501 600 ANP ANP . ZB 19 MG Y 1 502 700 MG MG . AC 18 ANP c 1 501 600 ANP ANP . BC 19 MG c 1 502 700 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . IB 18 92.241 255.287 243.99 1 80.33 ? PG ANP 601 K 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . IB 18 90.703 255.154 243.545 1 79.7 ? O1G ANP 601 K 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . IB 18 92.459 256.575 244.912 1 88.77 ? O2G ANP 601 K 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . IB 18 92.734 253.944 244.727 1 82.65 ? O3G ANP 601 K 1 HETATM 5 P PB ANP . . . IB 18 92.138 255.555 241.184 1 68.75 ? PB ANP 601 K 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . IB 18 91.738 254.07 240.835 1 65.41 ? O1B ANP 601 K 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . IB 18 90.793 256.354 241.456 1 60.65 ? O2B ANP 601 K 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . IB 18 93.164 255.561 242.567 1 70.16 ? N3B ANP 601 K 1 HETATM 9 P PA ANP . . . IB 18 93.306 257.886 240.268 1 63.69 ? PA ANP 601 K 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . IB 18 92.073 258.595 239.559 1 66.58 ? O1A ANP 601 K 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . IB 18 93.446 258.234 241.812 1 68.33 ? O2A ANP 601 K 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . IB 18 93.075 256.296 240.105 1 72.55 ? O3A ANP 601 K 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . IB 18 94.671 258.218 239.507 1 69.21 ? O5' ANP 601 K 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . IB 18 95.878 257.772 240.127 1 71.58 ? C5' ANP 601 K 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . IB 18 96.893 258.912 240.101 1 72.71 ? C4' ANP 601 K 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . IB 18 97.391 259.053 238.778 1 71.17 ? O4' ANP 601 K 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . IB 18 96.256 260.23 240.486 1 71.77 ? C3' ANP 601 K 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . IB 18 97.079 260.72 241.533 1 73.18 ? O3' ANP 601 K 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . IB 18 96.344 261.131 239.266 1 70.38 ? C2' ANP 601 K 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . IB 18 96.925 262.401 239.536 1 71.03 ? O2' ANP 601 K 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . IB 18 97.14 260.339 238.238 1 71.06 ? C1' ANP 601 K 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . IB 18 96.536 260.142 236.909 1 71.49 ? N9 ANP 601 K 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . IB 18 95.425 259.441 236.577 1 72.15 ? C8 ANP 601 K 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . IB 18 95.183 259.475 235.215 1 74.14 ? N7 ANP 601 K 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . IB 18 96.183 260.199 234.664 1 72.15 ? C5 ANP 601 K 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . IB 18 96.645 260.671 233.334 1 74.6 ? C6 ANP 601 K 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . IB 18 95.935 260.346 232.229 1 75.19 ? N6 ANP 601 K 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . IB 18 97.768 261.422 233.229 1 72.44 ? N1 ANP 601 K 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . IB 18 98.497 261.762 234.306 1 73.16 ? C2 ANP 601 K 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . IB 18 98.191 261.394 235.556 1 67.96 ? N3 ANP 601 K 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . IB 18 97.025 260.597 235.768 1 68.17 ? C4 ANP 601 K 1 # _model_server_stats.io_time_ms 169 _model_server_stats.parse_time_ms 280 _model_server_stats.create_model_time_ms 403 _model_server_stats.query_time_ms 573 _model_server_stats.encode_time_ms 16 _model_server_stats.element_count 31 #