data_6BHV
#
_model_server_result.job_id            eKiBCnThVK7Hk_NUcXQZBQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-27 01:13:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6bhv 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1101}' 
#
_entry.id    6BHV 
#
_exptl.entry_id    6BHV 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              662.437 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         98.66 
_cell.angle_beta          104.94 
_cell.angle_gamma         106.73 
_cell.entry_id            6BHV 
_cell.length_a            44.51 
_cell.length_b            75.356 
_cell.length_c            85.607 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6BHV 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,I 1 1 
B,F,J 2 1 
C,G,K 3 1 
D,H,L 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
#
_chem_comp.formula           'C22 H28 N6 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    662.437 
_chem_comp.id                DQV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O11 C14 DQV sing 83 n n 
O3 P DQV doub 84 n n 
C18 N5 DQV doub 85 n y 
C18 N4 DQV sing 86 n y 
N5 C19 DQV sing 87 n y 
C14 C11 DQV sing 88 n n 
C14 C13 DQV sing 89 n n 
O10 C13 DQV sing 90 n n 
C11 O9 DQV sing 91 n n 
C11 C10 DQV sing 92 n n 
O4 P DQV sing 93 n n 
C12 O9 DQV sing 94 n n 
C12 C13 DQV sing 95 n n 
C12 N1 DQV sing 96 n n 
P O2 DQV sing 97 n n 
P O5 DQV sing 98 n n 
N4 C17 DQV doub 99 n y 
O C DQV doub 100 n n 
N C DQV sing 101 n n 
O2 C9 DQV sing 102 n n 
C19 N1 DQV sing 103 n y 
C19 C16 DQV doub 104 n y 
C C1 DQV sing 105 n n 
N1 C15 DQV sing 106 n y 
O8 C10 DQV sing 107 n n 
O8 P1 DQV sing 108 n n 
O1 C7 DQV sing 109 n n 
O1 C8 DQV sing 110 n n 
C6 C1 DQV doub 111 n y 
C6 C5 DQV sing 112 n y 
C1 C2 DQV sing 113 n y 
C17 C16 DQV sing 114 n y 
C17 N3 DQV sing 115 n n 
C16 N2 DQV sing 116 n y 
O5 P1 DQV sing 117 n n 
C7 C5 DQV sing 118 n n 
C7 C21 DQV sing 119 n n 
C8 C9 DQV sing 120 n n 
C8 C20 DQV sing 121 n n 
C5 C4 DQV doub 122 n y 
P1 O7 DQV doub 123 n n 
P1 O6 DQV sing 124 n n 
C2 C3 DQV doub 125 n y 
C15 N2 DQV doub 126 n y 
O13 C21 DQV sing 127 n n 
C4 C3 DQV sing 128 n y 
C21 C20 DQV sing 129 n n 
C20 O12 DQV sing 130 n n 
C4 H1 DQV sing 131 n n 
O4 H2 DQV sing 132 n n 
C6 H3 DQV sing 133 n n 
C7 H4 DQV sing 134 n n 
C8 H5 DQV sing 135 n n 
C9 H6 DQV sing 136 n n 
C9 H7 DQV sing 137 n n 
C10 H8 DQV sing 138 n n 
C10 H9 DQV sing 139 n n 
O6 H10 DQV sing 140 n n 
C11 H11 DQV sing 141 n n 
C12 H12 DQV sing 142 n n 
N3 H13 DQV sing 143 n n 
N3 H14 DQV sing 144 n n 
C13 H15 DQV sing 145 n n 
C14 H16 DQV sing 146 n n 
C15 H17 DQV sing 147 n n 
O11 H18 DQV sing 148 n n 
O10 H19 DQV sing 149 n n 
C18 H20 DQV sing 150 n n 
C20 H21 DQV sing 151 n n 
O12 H22 DQV sing 152 n n 
C21 H23 DQV sing 153 n n 
O13 H24 DQV sing 154 n n 
C3 H25 DQV sing 155 n n 
C2 H26 DQV sing 156 n n 
N H27 DQV sing 157 n n 
N H28 DQV sing 158 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6BHV 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022467 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006754 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.007872 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013857 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.00347 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012463 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DQV A 1 1101 1 DQV XXX . 
F 2 DQV B 1 1101 1 DQV XXX . 
G 2 DQV C 1 1101 1 DQV XXX . 
H 2 DQV D 1 1101 1 DQV XXX . 
I 3 HOH A 1 1201 74 HOH HOH . 
I 3 HOH A 2 1202 39 HOH HOH . 
I 3 HOH A 3 1203 55 HOH HOH . 
I 3 HOH A 4 1204 38 HOH HOH . 
I 3 HOH A 5 1205 35 HOH HOH . 
I 3 HOH A 6 1206 23 HOH HOH . 
I 3 HOH A 7 1207 64 HOH HOH . 
I 3 HOH A 8 1208 72 HOH HOH . 
I 3 HOH A 9 1209 43 HOH HOH . 
I 3 HOH A 10 1210 36 HOH HOH . 
I 3 HOH A 11 1211 3 HOH HOH . 
I 3 HOH A 12 1212 24 HOH HOH . 
I 3 HOH A 13 1213 42 HOH HOH . 
I 3 HOH A 14 1214 2 HOH HOH . 
I 3 HOH A 15 1215 44 HOH HOH . 
I 3 HOH A 16 1216 25 HOH HOH . 
I 3 HOH A 17 1217 73 HOH HOH . 
I 3 HOH A 18 1218 40 HOH HOH . 
I 3 HOH A 19 1219 63 HOH HOH . 
I 3 HOH A 20 1220 37 HOH HOH . 
I 3 HOH A 21 1221 56 HOH HOH . 
J 3 HOH B 1 1201 22 HOH HOH . 
J 3 HOH B 2 1202 6 HOH HOH . 
J 3 HOH B 3 1203 66 HOH HOH . 
J 3 HOH B 4 1204 41 HOH HOH . 
J 3 HOH B 5 1205 9 HOH HOH . 
J 3 HOH B 6 1206 34 HOH HOH . 
J 3 HOH B 7 1207 68 HOH HOH . 
J 3 HOH B 8 1208 26 HOH HOH . 
J 3 HOH B 9 1209 33 HOH HOH . 
J 3 HOH B 10 1210 65 HOH HOH . 
J 3 HOH B 11 1211 27 HOH HOH . 
J 3 HOH B 12 1212 21 HOH HOH . 
J 3 HOH B 13 1213 16 HOH HOH . 
J 3 HOH B 14 1214 4 HOH HOH . 
J 3 HOH B 15 1215 8 HOH HOH . 
J 3 HOH B 16 1216 67 HOH HOH . 
K 3 HOH C 1 1201 20 HOH HOH . 
K 3 HOH C 2 1202 5 HOH HOH . 
K 3 HOH C 3 1203 45 HOH HOH . 
K 3 HOH C 4 1204 29 HOH HOH . 
K 3 HOH C 5 1205 11 HOH HOH . 
K 3 HOH C 6 1206 60 HOH HOH . 
K 3 HOH C 7 1207 30 HOH HOH . 
K 3 HOH C 8 1208 12 HOH HOH . 
K 3 HOH C 9 1209 61 HOH HOH . 
K 3 HOH C 10 1210 62 HOH HOH . 
K 3 HOH C 11 1211 75 HOH HOH . 
L 3 HOH D 1 1201 71 HOH HOH . 
L 3 HOH D 2 1202 13 HOH HOH . 
L 3 HOH D 3 1203 50 HOH HOH . 
L 3 HOH D 4 1204 48 HOH HOH . 
L 3 HOH D 5 1205 15 HOH HOH . 
L 3 HOH D 6 1206 28 HOH HOH . 
L 3 HOH D 7 1207 32 HOH HOH . 
L 3 HOH D 8 1208 47 HOH HOH . 
L 3 HOH D 9 1209 52 HOH HOH . 
L 3 HOH D 10 1210 57 HOH HOH . 
L 3 HOH D 11 1211 69 HOH HOH . 
L 3 HOH D 12 1212 58 HOH HOH . 
L 3 HOH D 13 1213 19 HOH HOH . 
L 3 HOH D 14 1214 10 HOH HOH . 
L 3 HOH D 15 1215 70 HOH HOH . 
L 3 HOH D 16 1216 59 HOH HOH . 
L 3 HOH D 17 1217 18 HOH HOH . 
L 3 HOH D 18 1218 7 HOH HOH . 
L 3 HOH D 19 1219 17 HOH HOH . 
L 3 HOH D 20 1220 49 HOH HOH . 
L 3 HOH D 21 1221 51 HOH HOH . 
L 3 HOH D 22 1222 31 HOH HOH . 
L 3 HOH D 23 1223 14 HOH HOH . 
L 3 HOH D 24 1224 46 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O3 DQV . . . G 2 -1.122 17.952 -7.344 1 95.08 ? O3 DQV 1101 C 1 
HETATM 2 C C4 DQV . . . G 2 -7.137 17.27 -4.086 1 63.09 ? C4 DQV 1101 C 1 
HETATM 3 C C5 DQV . . . G 2 -6.018 17.902 -4.617 1 67.51 ? C5 DQV 1101 C 1 
HETATM 4 O O4 DQV . . . G 2 -2.138 16.257 -5.884 1 90.3 ? O4 DQV 1101 C 1 
HETATM 5 C C6 DQV . . . G 2 -5.361 17.313 -5.696 1 64.52 ? C6 DQV 1101 C 1 
HETATM 6 N N1 DQV . . . G 2 3.979 13.215 -8.401 1 98.96 ? N1 DQV 1101 C 1 
HETATM 7 C C7 DQV . . . G 2 -5.688 19.304 -4.157 1 74.49 ? C7 DQV 1101 C 1 
HETATM 8 C C8 DQV . . . G 2 -3.448 19.876 -3.734 1 84.35 ? C8 DQV 1101 C 1 
HETATM 9 N N2 DQV . . . G 2 4.412 11.187 -7.526 1 99.99 ? N2 DQV 1101 C 1 
HETATM 10 C C9 DQV . . . G 2 -2.57 18.659 -3.813 1 86 ? C9 DQV 1101 C 1 
HETATM 11 O O5 DQV . . . G 2 0.041 17.325 -5.131 1 96.37 ? O5 DQV 1101 C 1 
HETATM 12 C C10 DQV . . . G 2 3.264 17.117 -6.299 1 96.73 ? C10 DQV 1101 C 1 
HETATM 13 O O6 DQV . . . G 2 0.838 19.695 -4.542 1 95.3 ? O6 DQV 1101 C 1 
HETATM 14 C C11 DQV . . . G 2 3.104 16.611 -7.71 1 94.69 ? C11 DQV 1101 C 1 
HETATM 15 C C12 DQV . . . G 2 3.322 14.499 -8.645 1 94.69 ? C12 DQV 1101 C 1 
HETATM 16 N N3 DQV . . . G 2 6.711 9.499 -8.715 1 110.08 ? N3 DQV 1101 C 1 
HETATM 17 C C13 DQV . . . G 2 1.868 14.599 -8.204 1 88.85 ? C13 DQV 1101 C 1 
HETATM 18 O O7 DQV . . . G 2 1.975 17.668 -3.593 1 99.08 ? O7 DQV 1101 C 1 
HETATM 19 C C14 DQV . . . G 2 1.701 16.12 -8.103 1 89.97 ? C14 DQV 1101 C 1 
HETATM 20 O O8 DQV . . . G 2 2.304 18.157 -6.015 1 97.77 ? O8 DQV 1101 C 1 
HETATM 21 C C15 DQV . . . G 2 3.644 12.248 -7.489 1 97.74 ? C15 DQV 1101 C 1 
HETATM 22 N N4 DQV . . . G 2 7.096 11.317 -10.094 1 111.01 ? N4 DQV 1101 C 1 
HETATM 23 P P1 DQV . . . G 2 1.306 18.232 -4.773 1 97.37 ? P1 DQV 1101 C 1 
HETATM 24 O O11 DQV . . . G 2 1.291 16.71 -9.331 1 88.99 ? O11 DQV 1101 C 1 
HETATM 25 O O10 DQV . . . G 2 1.018 14.022 -9.185 1 81.66 ? O10 DQV 1101 C 1 
HETATM 26 C C19 DQV . . . G 2 5.072 12.726 -9.077 1 103.82 ? C19 DQV 1101 C 1 
HETATM 27 N N5 DQV . . . G 2 5.762 13.326 -10.063 1 105.74 ? N5 DQV 1101 C 1 
HETATM 28 C C18 DQV . . . G 2 6.754 12.544 -10.504 1 108.25 ? C18 DQV 1101 C 1 
HETATM 29 C C17 DQV . . . G 2 6.384 10.738 -9.096 1 107.87 ? C17 DQV 1101 C 1 
HETATM 30 C C16 DQV . . . G 2 5.319 11.473 -8.537 1 104.52 ? C16 DQV 1101 C 1 
HETATM 31 O O9 DQV . . . G 2 4.002 15.498 -7.915 1 96.25 ? O9 DQV 1101 C 1 
HETATM 32 P P DQV . . . G 2 -1.352 17.52 -5.889 1 92.75 ? P DQV 1101 C 1 
HETATM 33 O O2 DQV . . . G 2 -1.942 18.75 -5.103 1 89.5 ? O2 DQV 1101 C 1 
HETATM 34 O O1 DQV . . . G 2 -4.47 19.791 -4.74 1 79.95 ? O1 DQV 1101 C 1 
HETATM 35 C C20 DQV . . . G 2 -4.169 20.111 -2.416 1 81.56 ? C20 DQV 1101 C 1 
HETATM 36 O O12 DQV . . . G 2 -4.18 21.5 -2.109 1 85.72 ? O12 DQV 1101 C 1 
HETATM 37 C C21 DQV . . . G 2 -5.577 19.511 -2.632 1 78.7 ? C21 DQV 1101 C 1 
HETATM 38 O O13 DQV . . . G 2 -6.632 20.343 -2.151 1 79.61 ? O13 DQV 1101 C 1 
HETATM 39 C C3 DQV . . . G 2 -7.619 16.1 -4.646 1 59.26 ? C3 DQV 1101 C 1 
HETATM 40 C C2 DQV . . . G 2 -6.983 15.539 -5.734 1 59.21 ? C2 DQV 1101 C 1 
HETATM 41 C C1 DQV . . . G 2 -5.858 16.148 -6.281 1 60.82 ? C1 DQV 1101 C 1 
HETATM 42 C C DQV . . . G 2 -5.275 15.579 -7.545 1 62.03 ? C DQV 1101 C 1 
HETATM 43 O O DQV . . . G 2 -5.972 14.779 -8.244 1 60.26 ? O DQV 1101 C 1 
HETATM 44 N N DQV . . . G 2 -4.022 15.921 -7.87 1 58.95 ? N DQV 1101 C 1 
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