data_6BJD # _model_server_result.job_id sY-y7Wl0H6gMDtIBviRJow _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 16:13:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6bjd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6BJD # _exptl.entry_id 6BJD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6BJD _cell.length_a 60.28 _cell.length_b 105.36 _cell.length_c 225.36 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6BJD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G,H,V 1 1 B,I,J,K,L,M,W 2 1 C,N,O,P,Q,X 3 1 D,R,S,T,U,Y 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 R N N ? 2 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 84 A CYS 129 1_555 H C2 E64 . A E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.66 ? covale ? covale2 B SG CYS 84 B CYS 129 1_555 L C2 E64 . B E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.653 ? covale ? covale3 C SG CYS 84 C CYS 129 1_555 Q C2 E64 . C E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.634 ? covale ? covale4 D SG CYS 84 D CYS 129 1_555 U C2 E64 . D E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.64 ? metalc ? metalc1 A O ILE 68 A ILE 113 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc2 A O GLY 70 A GLY 115 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 75 A ASP 120 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 75 A ASP 120 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 154 A GLU 199 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 154 A GLU 199 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 319 A GLU 364 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 319 A GLU 364 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 326 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 326 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc11 A O THR 347 A THR 392 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 349 A ASP 394 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc13 A O GLU 351 A GLU 396 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc14 B O ILE 68 B ILE 113 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc15 B O GLY 70 B GLY 115 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASN 72 B ASN 117 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? metalc ? metalc17 B OD1 ASP 75 B ASP 120 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 75 B ASP 120 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 154 B GLU 199 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 154 B GLU 199 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc21 B OE1 GLU 319 B GLU 364 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 319 B GLU 364 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASP 326 B ASP 371 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? metalc ? metalc24 B OD2 ASP 326 B ASP 371 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc25 B O THR 347 B THR 392 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 349 B ASP 394 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc27 B O GLU 351 B GLU 396 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc28 C O ILE 68 C ILE 113 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc29 C O GLY 70 C GLY 115 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc30 C OD1 ASP 75 C ASP 120 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc31 C OD2 ASP 75 C ASP 120 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc32 C OE1 GLU 154 C GLU 199 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? metalc ? metalc33 C OE2 GLU 154 C GLU 199 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc34 C OE1 GLU 319 C GLU 364 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc35 C OE2 GLU 319 C GLU 364 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc36 C OD1 ASP 326 C ASP 371 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.003 ? metalc ? metalc37 C OD2 ASP 326 C ASP 371 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc38 C O THR 347 C THR 392 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc39 C OD1 ASP 349 C ASP 394 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc40 C O GLU 351 C GLU 396 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc41 D O ILE 68 D ILE 113 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc42 D O GLY 70 D GLY 115 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc43 D OD1 ASP 75 D ASP 120 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc44 D OD2 ASP 75 D ASP 120 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc45 D OE1 GLU 154 D GLU 199 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.926 ? metalc ? metalc46 D OE2 GLU 154 D GLU 199 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc47 D OE1 GLU 319 D GLU 364 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? metalc ? metalc48 D OE2 GLU 319 D GLU 364 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc49 D OD1 ASP 326 D ASP 371 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? metalc ? metalc50 D OD2 ASP 326 D ASP 371 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc51 D O THR 347 D THR 392 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc52 D OD1 ASP 349 D ASP 394 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc53 D O GLU 351 D GLU 396 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6BJD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016589 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009491 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004437 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 CA A 1 501 1 CA CA . F 2 CA A 1 502 2 CA CA . G 3 CL A 1 503 1 CL CL . H 4 E64 A 1 504 1 E64 E64 . I 2 CA B 1 501 3 CA CA . J 2 CA B 1 502 4 CA CA . K 3 CL B 1 503 2 CL CL . L 4 E64 B 1 504 2 E64 E64 . M 5 SOR B 1 505 1 SOR SOR . N 2 CA C 1 501 5 CA CA . O 2 CA C 1 502 6 CA CA . P 3 CL C 1 503 3 CL CL . Q 4 E64 C 1 504 3 E64 E64 . R 2 CA D 1 501 7 CA CA . S 2 CA D 1 502 8 CA CA . T 3 CL D 1 503 4 CL CL . U 4 E64 D 1 504 4 E64 E64 . V 6 HOH A 1 601 57 HOH HOH . V 6 HOH A 2 602 72 HOH HOH . V 6 HOH A 3 603 2 HOH HOH . V 6 HOH A 4 604 8 HOH HOH . V 6 HOH A 5 605 71 HOH HOH . V 6 HOH A 6 606 28 HOH HOH . V 6 HOH A 7 607 50 HOH HOH . V 6 HOH A 8 608 3 HOH HOH . V 6 HOH A 9 609 53 HOH HOH . V 6 HOH A 10 610 30 HOH HOH . V 6 HOH A 11 611 26 HOH HOH . V 6 HOH A 12 612 14 HOH HOH . V 6 HOH A 13 613 64 HOH HOH . V 6 HOH A 14 614 23 HOH HOH . V 6 HOH A 15 615 68 HOH HOH . V 6 HOH A 16 616 29 HOH HOH . V 6 HOH A 17 617 80 HOH HOH . V 6 HOH A 18 618 81 HOH HOH . V 6 HOH A 19 619 27 HOH HOH . V 6 HOH A 20 620 59 HOH HOH . V 6 HOH A 21 621 25 HOH HOH . V 6 HOH A 22 622 32 HOH HOH . V 6 HOH A 23 623 31 HOH HOH . W 6 HOH B 1 601 38 HOH HOH . W 6 HOH B 2 602 74 HOH HOH . W 6 HOH B 3 603 83 HOH HOH . W 6 HOH B 4 604 5 HOH HOH . W 6 HOH B 5 605 35 HOH HOH . W 6 HOH B 6 606 58 HOH HOH . W 6 HOH B 7 607 84 HOH HOH . W 6 HOH B 8 608 65 HOH HOH . W 6 HOH B 9 609 61 HOH HOH . W 6 HOH B 10 610 1 HOH HOH . W 6 HOH B 11 611 34 HOH HOH . W 6 HOH B 12 612 51 HOH HOH . W 6 HOH B 13 613 66 HOH HOH . W 6 HOH B 14 614 19 HOH HOH . W 6 HOH B 15 615 41 HOH HOH . W 6 HOH B 16 616 75 HOH HOH . W 6 HOH B 17 617 82 HOH HOH . W 6 HOH B 18 618 12 HOH HOH . W 6 HOH B 19 619 33 HOH HOH . W 6 HOH B 20 620 56 HOH HOH . W 6 HOH B 21 621 36 HOH HOH . W 6 HOH B 22 622 73 HOH HOH . W 6 HOH B 23 623 85 HOH HOH . W 6 HOH B 24 624 43 HOH HOH . W 6 HOH B 25 625 49 HOH HOH . X 6 HOH C 1 601 55 HOH HOH . X 6 HOH C 2 602 39 HOH HOH . X 6 HOH C 3 603 24 HOH HOH . X 6 HOH C 4 604 86 HOH HOH . X 6 HOH C 5 605 4 HOH HOH . X 6 HOH C 6 606 78 HOH HOH . X 6 HOH C 7 607 79 HOH HOH . X 6 HOH C 8 608 40 HOH HOH . X 6 HOH C 9 609 9 HOH HOH . X 6 HOH C 10 610 20 HOH HOH . X 6 HOH C 11 611 10 HOH HOH . X 6 HOH C 12 612 48 HOH HOH . X 6 HOH C 13 613 77 HOH HOH . X 6 HOH C 14 614 11 HOH HOH . X 6 HOH C 15 615 52 HOH HOH . X 6 HOH C 16 616 6 HOH HOH . X 6 HOH C 17 617 15 HOH HOH . X 6 HOH C 18 618 7 HOH HOH . X 6 HOH C 19 619 37 HOH HOH . X 6 HOH C 20 620 63 HOH HOH . X 6 HOH C 21 621 60 HOH HOH . X 6 HOH C 22 622 42 HOH HOH . Y 6 HOH D 1 601 21 HOH HOH . Y 6 HOH D 2 602 54 HOH HOH . Y 6 HOH D 3 603 44 HOH HOH . Y 6 HOH D 4 604 62 HOH HOH . Y 6 HOH D 5 605 70 HOH HOH . Y 6 HOH D 6 606 46 HOH HOH . Y 6 HOH D 7 607 17 HOH HOH . Y 6 HOH D 8 608 13 HOH HOH . Y 6 HOH D 9 609 47 HOH HOH . Y 6 HOH D 10 610 45 HOH HOH . Y 6 HOH D 11 611 76 HOH HOH . Y 6 HOH D 12 612 69 HOH HOH . Y 6 HOH D 13 613 16 HOH HOH . Y 6 HOH D 14 614 18 HOH HOH . Y 6 HOH D 15 615 22 HOH HOH . Y 6 HOH D 16 616 67 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 22.074 _atom_site.Cartn_y 109.098 _atom_site.Cartn_z 36.05 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.62 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #