data_6BJD
#
_model_server_result.job_id            sNrBGykqYock4gx_qXqP9Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 15:56:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6bjd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":504}' 
#
_entry.id    6BJD 
#
_exptl.entry_id    6BJD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              360.429 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6BJD 
_cell.length_a            60.28 
_cell.length_b            105.36 
_cell.length_c            225.36 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6BJD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,V 1 1 
B,I,J,K,L,M,W 2 1 
C,N,O,P,Q,X 3 1 
D,R,S,T,U,Y 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 L N N 
? 4 Q N N 
? 4 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A SG CYS 84 A CYS 129 1_555 H C2 E64 . A E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.66 ? 
covale ? covale2 B SG CYS 84 B CYS 129 1_555 L C2 E64 . B E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.653 ? 
covale ? covale3 C SG CYS 84 C CYS 129 1_555 Q C2 E64 . C E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.634 ? 
covale ? covale4 D SG CYS 84 D CYS 129 1_555 U C2 E64 . D E64 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.64 ? 
metalc ? metalc1 A O ILE 68 A ILE 113 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc2 A O GLY 70 A GLY 115 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 75 A ASP 120 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 75 A ASP 120 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 154 A GLU 199 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 154 A GLU 199 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 319 A GLU 364 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 319 A GLU 364 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 326 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc10 A OD2 ASP 326 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc11 A O THR 347 A THR 392 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASP 349 A ASP 394 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc13 A O GLU 351 A GLU 396 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc14 B O ILE 68 B ILE 113 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc15 B O GLY 70 B GLY 115 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 72 B ASN 117 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? 
metalc ? metalc17 B OD1 ASP 75 B ASP 120 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc18 B OD2 ASP 75 B ASP 120 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 154 B GLU 199 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 154 B GLU 199 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc21 B OE1 GLU 319 B GLU 364 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? 
metalc ? metalc22 B OE2 GLU 319 B GLU 364 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 326 B ASP 371 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 326 B ASP 371 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc25 B O THR 347 B THR 392 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASP 349 B ASP 394 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc27 B O GLU 351 B GLU 396 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc28 C O ILE 68 C ILE 113 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc29 C O GLY 70 C GLY 115 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc30 C OD1 ASP 75 C ASP 120 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc31 C OD2 ASP 75 C ASP 120 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc32 C OE1 GLU 154 C GLU 199 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? 
metalc ? metalc33 C OE2 GLU 154 C GLU 199 1_555 N CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc34 C OE1 GLU 319 C GLU 364 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? 
metalc ? metalc35 C OE2 GLU 319 C GLU 364 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? 
metalc ? metalc36 C OD1 ASP 326 C ASP 371 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.003 ? 
metalc ? metalc37 C OD2 ASP 326 C ASP 371 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc38 C O THR 347 C THR 392 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc39 C OD1 ASP 349 C ASP 394 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc40 C O GLU 351 C GLU 396 1_555 O CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc41 D O ILE 68 D ILE 113 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc42 D O GLY 70 D GLY 115 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc43 D OD1 ASP 75 D ASP 120 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? 
metalc ? metalc44 D OD2 ASP 75 D ASP 120 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc45 D OE1 GLU 154 D GLU 199 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.926 ? 
metalc ? metalc46 D OE2 GLU 154 D GLU 199 1_555 R CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc47 D OE1 GLU 319 D GLU 364 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? 
metalc ? metalc48 D OE2 GLU 319 D GLU 364 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc49 D OD1 ASP 326 D ASP 371 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? 
metalc ? metalc50 D OD2 ASP 326 D ASP 371 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc51 D O THR 347 D THR 392 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc52 D OD1 ASP 349 D ASP 394 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? 
metalc ? metalc53 D O GLU 351 D GLU 396 1_555 S CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H30 N5 O5 1' 
_chem_comp.formula_weight    360.429 
_chem_comp.id                E64 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 E64 doub 83 n n 
C1 O2 E64 sing 84 n n 
C1 C2 E64 sing 85 n n 
O2 HO2 E64 sing 86 n n 
C2 C3 E64 sing 87 n n 
C2 H21 E64 sing 88 n n 
C2 H22 E64 sing 89 n n 
C3 O3 E64 sing 90 n n 
C3 C4 E64 sing 91 n n 
C3 H3 E64 sing 92 n n 
O3 HO3 E64 sing 93 n n 
C4 O4 E64 doub 94 n n 
C4 N1 E64 sing 95 n n 
N1 C6 E64 sing 96 n n 
N1 HN1 E64 sing 97 n n 
C6 C7 E64 sing 98 n n 
C6 C11 E64 sing 99 n n 
C6 H6 E64 sing 100 n n 
C7 C8 E64 sing 101 n n 
C7 H71 E64 sing 102 n n 
C7 H72 E64 sing 103 n n 
C8 C9 E64 sing 104 n n 
C8 C10 E64 sing 105 n n 
C8 H8 E64 sing 106 n n 
C9 H91 E64 sing 107 n n 
C9 H92 E64 sing 108 n n 
C9 H93 E64 sing 109 n n 
C10 H101 E64 sing 110 n n 
C10 H102 E64 sing 111 n n 
C10 H103 E64 sing 112 n n 
C11 O5 E64 doub 113 n n 
C11 N2 E64 sing 114 n n 
N2 C12 E64 sing 115 n n 
N2 HN2 E64 sing 116 n n 
C12 C13 E64 sing 117 n n 
C12 H121 E64 sing 118 n n 
C12 H122 E64 sing 119 n n 
C13 C14 E64 sing 120 n n 
C13 H131 E64 sing 121 n n 
C13 H132 E64 sing 122 n n 
C14 C15 E64 sing 123 n n 
C14 H141 E64 sing 124 n n 
C14 H142 E64 sing 125 n n 
C15 N3 E64 sing 126 n n 
C15 H151 E64 sing 127 n n 
C15 H152 E64 sing 128 n n 
N3 C16 E64 sing 129 n n 
N3 HN3 E64 sing 130 n n 
C16 N4 E64 sing 131 n n 
C16 N5 E64 doub 132 n n 
N4 HN41 E64 sing 133 n n 
N4 HN42 E64 sing 134 n n 
N5 HN51 E64 sing 135 n n 
N5 HN52 E64 sing 136 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6BJD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.016589 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009491 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004437 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 CA A 1 501 1 CA CA . 
F 2 CA A 1 502 2 CA CA . 
G 3 CL A 1 503 1 CL CL . 
H 4 E64 A 1 504 1 E64 E64 . 
I 2 CA B 1 501 3 CA CA . 
J 2 CA B 1 502 4 CA CA . 
K 3 CL B 1 503 2 CL CL . 
L 4 E64 B 1 504 2 E64 E64 . 
M 5 SOR B 1 505 1 SOR SOR . 
N 2 CA C 1 501 5 CA CA . 
O 2 CA C 1 502 6 CA CA . 
P 3 CL C 1 503 3 CL CL . 
Q 4 E64 C 1 504 3 E64 E64 . 
R 2 CA D 1 501 7 CA CA . 
S 2 CA D 1 502 8 CA CA . 
T 3 CL D 1 503 4 CL CL . 
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