data_6BKJ
#
_model_server_result.job_id            0FrWfE5pf-EpA8_3YZDgMg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-12 13:38:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6bkj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6BKJ 
#
_exptl.entry_id    6BKJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6BKJ 
_cell.length_a            54.93 
_cell.length_b            106.69 
_cell.length_c            234.63 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6BKJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
? dimeric 2 author_defined_assembly 3 
? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,I,J,Q 1 1 
B,F,K,L,R 2 1 
C,G,M,N,S,U 3 1 
D,H,O,P,T 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A SG CYS 84 A CYS 129 1_555 E C AR7 4 F AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
covale ? covale2 B SG CYS 84 B CYS 129 1_555 F C AR7 4 G AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
covale ? covale3 D SG CYS 84 D CYS 129 1_555 H C AR7 4 I AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
covale ? covale4 E C ACE 1 F ACE 355 1_555 E N LEU 2 F LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale5 E C LEU 3 F LEU 357 1_555 E N AR7 4 F AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? 
covale ? covale6 F C ACE 1 G ACE 355 1_555 F N LEU 2 G LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.271 ? 
covale ? covale7 F C LEU 3 G LEU 357 1_555 F N AR7 4 G AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale8 G C ACE 1 H ACE 355 1_555 G N LEU 2 H LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? 
covale ? covale9 G C LEU 3 H LEU 357 1_555 G N AR7 4 H AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale10 H C ACE 1 I ACE 355 1_555 H N LEU 2 I LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? 
covale ? covale11 H C LEU 3 I LEU 357 1_555 H N AR7 4 I AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
metalc ? metalc1 A O ILE 68 A ILE 113 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc2 A O GLY 70 A GLY 115 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 75 A ASP 120 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 75 A ASP 120 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 154 A GLU 199 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 319 A GLU 364 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.033 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 326 A ASP 371 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 326 A ASP 371 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 347 A THR 392 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 349 A ASP 394 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 349 A ASP 394 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.098 ? 
metalc ? metalc12 A O GLU 351 A GLU 396 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc13 B O ILE 68 B ILE 113 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc14 B O GLY 70 B GLY 115 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 75 B ASP 120 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 75 B ASP 120 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 154 B GLU 199 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.18 ? 
metalc ? metalc18 B OE2 GLU 154 B GLU 199 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 319 B GLU 364 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 319 B GLU 364 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc21 B OD2 ASP 326 B ASP 371 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc22 B O THR 347 B THR 392 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 349 B ASP 394 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 349 B ASP 394 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.093 ? 
metalc ? metalc25 B O GLU 351 B GLU 396 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? 
metalc ? metalc26 C O ILE 68 C ILE 113 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 69 C ASP 114 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? 
metalc ? metalc28 C O GLY 70 C GLY 115 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASP 75 C ASP 120 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 75 C ASP 120 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc31 C OE1 GLU 154 C GLU 199 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? 
metalc ? metalc32 C OE2 GLU 154 C GLU 199 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc33 C OE1 GLU 319 C GLU 364 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.078 ? 
metalc ? metalc34 C OE2 GLU 319 C GLU 364 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc35 C OD2 ASP 326 C ASP 371 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc36 C O THR 347 C THR 392 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc37 C OD1 ASP 349 C ASP 394 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc38 C O GLU 351 C GLU 396 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc39 D O ILE 68 D ILE 113 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc40 D O GLY 70 D GLY 115 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc41 D OD1 ASP 75 D ASP 120 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? 
metalc ? metalc42 D OD2 ASP 75 D ASP 120 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? 
metalc ? metalc43 D OE1 GLU 154 D GLU 199 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? 
metalc ? metalc44 D OE2 GLU 154 D GLU 199 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc45 D OE2 GLU 319 D GLU 364 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? 
metalc ? metalc46 D OD1 ASP 326 D ASP 371 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.101 ? 
metalc ? metalc47 D OD2 ASP 326 D ASP 371 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc48 D O THR 347 D THR 392 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc49 D OD1 ASP 349 D ASP 394 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? 
metalc ? metalc50 D O GLU 351 D GLU 396 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6BKJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018205 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009373 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004262 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 CA A 1 501 1 CA CA . 
J 3 CA A 1 502 2 CA CA . 
K 3 CA B 1 501 3 CA CA . 
L 3 CA B 1 502 4 CA CA . 
M 3 CA C 1 501 5 CA CA . 
N 3 CA C 1 502 6 CA CA . 
O 3 CA D 1 501 7 CA CA . 
P 3 CA D 1 502 8 CA CA . 
Q 4 HOH A 1 601 10 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 2 602 26 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 3 603 27 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 4 604 9 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 5 605 14 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 6 606 34 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 7 607 12 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 8 608 11 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 9 609 24 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 10 610 39 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 11 611 25 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 12 612 4 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 13 613 46 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 14 614 23 HOH HOH . 
R 4 HOH B 1 601 7 HOH HOH . 
R 4 HOH B 2 602 22 HOH HOH . 
R 4 HOH B 3 603 2 HOH HOH . 
R 4 HOH B 4 604 18 HOH HOH . 
R 4 HOH B 5 605 31 HOH HOH . 
R 4 HOH B 6 606 8 HOH HOH . 
R 4 HOH B 7 607 36 HOH HOH . 
R 4 HOH B 8 608 3 HOH HOH . 
R 4 HOH B 9 609 41 HOH HOH . 
R 4 HOH B 10 610 37 HOH HOH . 
R 4 HOH B 11 611 21 HOH HOH . 
S 4 HOH C 1 601 28 HOH HOH . 
S 4 HOH C 2 602 45 HOH HOH . 
S 4 HOH C 3 603 35 HOH HOH . 
S 4 HOH C 4 604 16 HOH HOH . 
S 4 HOH C 5 605 43 HOH HOH . 
S 4 HOH C 6 606 40 HOH HOH . 
S 4 HOH C 7 607 13 HOH HOH . 
S 4 HOH C 8 608 32 HOH HOH . 
S 4 HOH C 9 609 15 HOH HOH . 
T 4 HOH D 1 601 42 HOH HOH . 
T 4 HOH D 2 602 29 HOH HOH . 
T 4 HOH D 3 603 1 HOH HOH . 
T 4 HOH D 4 604 5 HOH HOH . 
T 4 HOH D 5 605 47 HOH HOH . 
T 4 HOH D 6 606 20 HOH HOH . 
T 4 HOH D 7 607 19 HOH HOH . 
T 4 HOH D 8 608 17 HOH HOH . 
T 4 HOH D 9 609 44 HOH HOH . 
T 4 HOH D 10 610 30 HOH HOH . 
T 4 HOH D 11 611 6 HOH HOH . 
T 4 HOH D 12 612 38 HOH HOH . 
U 4 HOH H 1 401 33 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         M 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               9.926 
_atom_site.Cartn_y               116.28 
_atom_site.Cartn_z               26.062 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        65.29 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           501 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    14 
_model_server_stats.query_time_ms           226 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           1 
#