data_6BKJ # _model_server_result.job_id tJ0ilEQ0ncrZmV2QjJnN6Q _model_server_result.datetime_utc '2024-12-12 13:38:20' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6bkj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6BKJ # _exptl.entry_id 6BKJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6BKJ _cell.length_a 54.93 _cell.length_b 106.69 _cell.length_c 234.63 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6BKJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 ? dimeric 2 author_defined_assembly 3 ? dimeric 2 author_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,I,J,Q 1 1 B,F,K,L,R 2 1 C,G,M,N,S,U 3 1 D,H,O,P,T 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 84 A CYS 129 1_555 E C AR7 4 F AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? covale ? covale2 B SG CYS 84 B CYS 129 1_555 F C AR7 4 G AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? covale ? covale3 D SG CYS 84 D CYS 129 1_555 H C AR7 4 I AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? covale ? covale4 E C ACE 1 F ACE 355 1_555 E N LEU 2 F LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale5 E C LEU 3 F LEU 357 1_555 E N AR7 4 F AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale6 F C ACE 1 G ACE 355 1_555 F N LEU 2 G LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.271 ? covale ? covale7 F C LEU 3 G LEU 357 1_555 F N AR7 4 G AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale8 G C ACE 1 H ACE 355 1_555 G N LEU 2 H LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale9 G C LEU 3 H LEU 357 1_555 G N AR7 4 H AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale10 H C ACE 1 I ACE 355 1_555 H N LEU 2 I LEU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? covale ? covale11 H C LEU 3 I LEU 357 1_555 H N AR7 4 I AR7 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? metalc ? metalc1 A O ILE 68 A ILE 113 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc2 A O GLY 70 A GLY 115 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 75 A ASP 120 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 75 A ASP 120 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 154 A GLU 199 1_555 I CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 319 A GLU 364 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.033 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 326 A ASP 371 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 326 A ASP 371 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc9 A O THR 347 A THR 392 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 349 A ASP 394 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 349 A ASP 394 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.098 ? metalc ? metalc12 A O GLU 351 A GLU 396 1_555 J CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc13 B O ILE 68 B ILE 113 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc14 B O GLY 70 B GLY 115 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 75 B ASP 120 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 75 B ASP 120 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 154 B GLU 199 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.18 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 154 B GLU 199 1_555 K CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 319 B GLU 364 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 319 B GLU 364 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 326 B ASP 371 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc22 B O THR 347 B THR 392 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASP 349 B ASP 394 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc24 B OD2 ASP 349 B ASP 394 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.093 ? metalc ? metalc25 B O GLU 351 B GLU 396 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc26 C O ILE 68 C ILE 113 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 69 C ASP 114 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? metalc ? metalc28 C O GLY 70 C GLY 115 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 75 C ASP 120 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 75 C ASP 120 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 154 C GLU 199 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? metalc ? metalc32 C OE2 GLU 154 C GLU 199 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc33 C OE1 GLU 319 C GLU 364 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.078 ? metalc ? metalc34 C OE2 GLU 319 C GLU 364 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? metalc ? metalc35 C OD2 ASP 326 C ASP 371 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc36 C O THR 347 C THR 392 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc37 C OD1 ASP 349 C ASP 394 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc38 C O GLU 351 C GLU 396 1_555 N CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc39 D O ILE 68 D ILE 113 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc40 D O GLY 70 D GLY 115 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc41 D OD1 ASP 75 D ASP 120 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? metalc ? metalc42 D OD2 ASP 75 D ASP 120 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 154 D GLU 199 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? metalc ? metalc44 D OE2 GLU 154 D GLU 199 1_555 O CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc45 D OE2 GLU 319 D GLU 364 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc46 D OD1 ASP 326 D ASP 371 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.101 ? metalc ? metalc47 D OD2 ASP 326 D ASP 371 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc48 D O THR 347 D THR 392 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc49 D OD1 ASP 349 D ASP 394 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc50 D O GLU 351 D GLU 396 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6BKJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018205 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009373 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004262 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 CA A 1 501 1 CA CA . J 3 CA A 1 502 2 CA CA . K 3 CA B 1 501 3 CA CA . L 3 CA B 1 502 4 CA CA . M 3 CA C 1 501 5 CA CA . N 3 CA C 1 502 6 CA CA . O 3 CA D 1 501 7 CA CA . P 3 CA D 1 502 8 CA CA . Q 4 HOH A 1 601 10 HOH HOH . Q 4 HOH A 2 602 26 HOH HOH . Q 4 HOH A 3 603 27 HOH HOH . Q 4 HOH A 4 604 9 HOH HOH . Q 4 HOH A 5 605 14 HOH HOH . Q 4 HOH A 6 606 34 HOH HOH . Q 4 HOH A 7 607 12 HOH HOH . Q 4 HOH A 8 608 11 HOH HOH . Q 4 HOH A 9 609 24 HOH HOH . Q 4 HOH A 10 610 39 HOH HOH . Q 4 HOH A 11 611 25 HOH HOH . Q 4 HOH A 12 612 4 HOH HOH . Q 4 HOH A 13 613 46 HOH HOH . Q 4 HOH A 14 614 23 HOH HOH . R 4 HOH B 1 601 7 HOH HOH . R 4 HOH B 2 602 22 HOH HOH . R 4 HOH B 3 603 2 HOH HOH . R 4 HOH B 4 604 18 HOH HOH . R 4 HOH B 5 605 31 HOH HOH . R 4 HOH B 6 606 8 HOH HOH . R 4 HOH B 7 607 36 HOH HOH . R 4 HOH B 8 608 3 HOH HOH . R 4 HOH B 9 609 41 HOH HOH . R 4 HOH B 10 610 37 HOH HOH . R 4 HOH B 11 611 21 HOH HOH . S 4 HOH C 1 601 28 HOH HOH . S 4 HOH C 2 602 45 HOH HOH . S 4 HOH C 3 603 35 HOH HOH . S 4 HOH C 4 604 16 HOH HOH . S 4 HOH C 5 605 43 HOH HOH . S 4 HOH C 6 606 40 HOH HOH . S 4 HOH C 7 607 13 HOH HOH . S 4 HOH C 8 608 32 HOH HOH . S 4 HOH C 9 609 15 HOH HOH . T 4 HOH D 1 601 42 HOH HOH . T 4 HOH D 2 602 29 HOH HOH . T 4 HOH D 3 603 1 HOH HOH . T 4 HOH D 4 604 5 HOH HOH . T 4 HOH D 5 605 47 HOH HOH . T 4 HOH D 6 606 20 HOH HOH . T 4 HOH D 7 607 19 HOH HOH . T 4 HOH D 8 608 17 HOH HOH . T 4 HOH D 9 609 44 HOH HOH . T 4 HOH D 10 610 30 HOH HOH . T 4 HOH D 11 611 6 HOH HOH . T 4 HOH D 12 612 38 HOH HOH . U 4 HOH H 1 401 33 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 9.019 _atom_site.Cartn_y 106.059 _atom_site.Cartn_z 24.983 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 84.55 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 501 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 354 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #