data_6BM4 # _model_server_result.job_id DmID62LePTEXFhl_TDyLpw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-16 13:23:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6bm4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":1804}' # _entry.id 6BM4 # _exptl.entry_id 6BM4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 14 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 100.97 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6BM4 _cell.length_a 168.72 _cell.length_b 220.43 _cell.length_c 193.15 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6BM4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 14 O N N ? 14 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 K O3' DA 19 T DA 19 1_555 K P 3DR 20 T 3DR 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale2 K O3' 3DR 20 T 3DR 20 1_555 K P DC 21 T DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 N ZN ZN . A ZN 1802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 77 A CYS 77 1_555 N ZN ZN . A ZN 1802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 80 A HIS 80 1_555 N ZN ZN . A ZN 1802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 M ZN ZN . A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 110 A CYS 110 1_555 M ZN ZN . A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 481 A ASP 481 1_555 O MG MG . A MG 1803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 481 A ASP 481 1_555 P MG MG . A MG 1804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 483 A ASP 483 1_555 O MG MG . A MG 1803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 485 A ASP 485 1_555 O MG MG . A MG 1803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc10 O MG MG . A MG 1803 1_555 L O3' A 9 R A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc11 P MG MG . A MG 1804 1_555 R O2' 2KH . B 2KH 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 1163 B CYS 1163 1_555 Q ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 1166 B CYS 1166 1_555 Q ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 86 C CYS 86 1_555 S ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 S ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 92 C CYS 92 1_555 S ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 S ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 7 I CYS 7 1_555 T ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 10 I CYS 10 1_555 T ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 29 I CYS 29 1_555 T ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 32 I CYS 32 1_555 T ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 75 I CYS 75 1_555 U ZN ZN . I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 78 I CYS 78 1_555 U ZN ZN . I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 103 I CYS 103 1_555 U ZN ZN . I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 106 I CYS 106 1_555 U ZN ZN . I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc26 H SG CYS 7 J CYS 7 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc27 H SG CYS 10 J CYS 10 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc28 H SG CYS 45 J CYS 45 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc29 H SG CYS 46 J CYS 46 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc30 J SG CYS 31 L CYS 31 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc31 J SG CYS 34 L CYS 34 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc32 J SG CYS 48 L CYS 48 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc33 J SG CYS 51 L CYS 51 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 K N3 DC 21 T DC 21 1_555 L N1 G 8 R G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 K N4 DC 21 T DC 21 1_555 L O6 G 8 R G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 K O2 DC 21 T DC 21 1_555 L N2 G 8 R G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-A PAIR' hydrog4 K N3 DT 22 T DT 22 1_555 L N1 A 7 R A 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 K N3 DC 23 T DC 23 1_555 L N1 G 6 R G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 K N4 DC 23 T DC 23 1_555 L O6 G 6 R G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 K O2 DC 23 T DC 23 1_555 L N2 G 6 R G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 K N3 DT 24 T DT 24 1_555 L N1 A 5 R A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 K O4 DT 24 T DT 24 1_555 L N6 A 5 R A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-G PAIR' hydrog10 K N4 DC 25 T DC 25 1_555 L O6 G 4 R G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-C PAIR' hydrog11 K O6 DG 26 T DG 26 1_555 L N4 C 3 R C 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-A PAIR' hydrog12 K O4 DT 28 T DT 28 1_555 L N6 A 1 R A 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6BM4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005927 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001149 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004537 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005274 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 13 ZN A 1 1801 1801 ZN ZN . N 13 ZN A 1 1802 1802 ZN ZN . O 14 MG A 1 1803 2001 MG MG . P 14 MG A 1 1804 2002 MG MG . Q 13 ZN B 1 1301 1301 ZN ZN . R 15 2KH B 1 1302 1000 2KH 2KH . S 13 ZN C 1 401 401 ZN ZN . T 13 ZN I 1 201 201 ZN ZN . U 13 ZN I 1 202 202 ZN ZN . V 13 ZN J 1 101 101 ZN ZN . W 13 ZN L 1 101 101 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 14 _atom_site.Cartn_x 462.458 _atom_site.Cartn_y -11.906 _atom_site.Cartn_z 613.961 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 36.28 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1804 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 221 _model_server_stats.parse_time_ms 21 _model_server_stats.create_model_time_ms 78 _model_server_stats.query_time_ms 274 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 1 #