data_6BX7 # _model_server_result.job_id XRl6brvRN2vxl_2v39YZLQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 03:19:07' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6bx7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":509}' # _entry.id 6BX7 # _exptl.entry_id 6BX7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 11 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6BX7 _cell.length_a 146.981 _cell.length_b 146.981 _cell.length_c 147.686 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6BX7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_555 x-y,-y,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 67 A CYS 66 1_555 A SG CYS 76 A CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 10 A GLU 9 1_555 C CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 10 A GLU 9 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 11 A GLU 10 1_555 C CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.01 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 60 A ASP 59 1_555 C CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 62 A GLU 61 1_555 C CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 62 A GLU 61 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.94 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 62 A GLU 61 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 104 A ASP 103 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc9 A O ILE 105 A ILE 104 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASN 106 A ASN 105 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 107 A ASP 106 1_555 C CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.175 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 107 A ASP 106 1_555 C CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 107 A ASP 106 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc14 A O ASN 108 A ASN 107 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 123 A GLU 122 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 123 A GLU 122 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc17 A OE2 GLU 123 A GLU 122 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 138 A ASP 137 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 138 A ASP 137 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 140 A ASP 139 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc21 A OD2 ASP 140 A ASP 139 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc22 A O ASN 144 A ASN 143 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASP 183 A ASP 182 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? metalc ? metalc24 A OE1 GLU 185 A GLU 184 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc25 A OE1 GLU 185 A GLU 184 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? metalc ? metalc26 A OE2 GLU 185 A GLU 184 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASP 188 A ASP 187 1_555 M CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc28 A OG SER 189 A SER 188 1_555 M CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.156 ? metalc ? metalc29 A OD2 ASP 198 A ASP 197 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc30 A OD1 ASP 216 A ASP 215 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc31 A O THR 217 A THR 216 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc32 A OD1 ASN 218 A ASN 217 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc33 A OD2 ASP 219 A ASP 218 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc34 A OD1 ASP 219 A ASP 218 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc35 A O ASN 220 A ASN 219 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc36 A OE2 GLU 235 A GLU 234 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc37 A OE1 GLU 235 A GLU 234 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc38 A OD1 ASP 250 A ASP 249 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc39 A OD2 ASP 250 A ASP 249 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc40 A OD1 ASP 252 A ASP 251 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc41 A OD2 ASP 252 A ASP 251 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc42 A O ASN 256 A ASN 255 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc43 A OD1 ASP 290 A ASP 289 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc44 A OE2 GLU 292 A GLU 291 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc45 A OE1 GLU 292 A GLU 291 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc46 A OE2 GLU 292 A GLU 291 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc47 A OD2 ASP 305 A ASP 304 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc48 A OD1 ASP 323 A ASP 322 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc49 A O MET 324 A MET 323 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc50 A OD1 ASN 325 A ASN 324 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc51 A OD1 ASP 326 A ASP 325 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.122 ? metalc ? metalc52 A OD2 ASP 326 A ASP 325 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc53 A OD1 ASP 326 A ASP 325 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc54 A O ASN 327 A ASN 326 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc55 A OE1 GLU 350 A GLU 349 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? metalc ? metalc56 A OE2 GLU 350 A GLU 349 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc57 A OD1 ASP 365 A ASP 364 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc58 A OD2 ASP 365 A ASP 364 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc59 A OD1 ASP 367 A ASP 366 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc60 A OD2 ASP 367 A ASP 366 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc61 A OE1 GLU 370 A GLU 369 1_555 M CA CA . A CA 512 10_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc62 A O ASN 371 A ASN 370 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc63 A OD1 ASP 409 A ASP 408 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc64 A OD1 ASP 424 A ASP 423 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc65 A O SER 425 A SER 424 1_555 M CA CA . A CA 512 10_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc66 A OD1 ASN 427 A ASN 426 1_555 M CA CA . A CA 512 10_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? metalc ? metalc67 A OD1 ASP 442 A ASP 441 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc68 A O VAL 443 A VAL 442 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? metalc ? metalc69 F CA CA . A CA 505 1_555 N O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc70 F CA CA . A CA 505 1_555 N O HOH . A HOH 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc71 I CA CA . A CA 508 1_555 N O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6BX7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006804 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003928 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007856 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006771 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 EPE A 1 501 501 EPE EPE . C 3 CA A 1 502 1 CA CA . D 3 CA A 1 503 2 CA CA . E 3 CA A 1 504 3 CA CA . F 3 CA A 1 505 4 CA CA . G 3 CA A 1 506 5 CA CA . H 3 CA A 1 507 6 CA CA . I 3 CA A 1 508 7 CA CA . J 3 CA A 1 509 8 CA CA . K 3 CA A 1 510 9 CA CA . L 3 CA A 1 511 10 CA CA . M 3 CA A 1 512 11 CA CA . N 4 HOH A 1 601 25 HOH HOH . N 4 HOH A 2 602 24 HOH HOH . N 4 HOH A 3 603 7 HOH HOH . N 4 HOH A 4 604 1 HOH HOH . N 4 HOH A 5 605 15 HOH HOH . N 4 HOH A 6 606 9 HOH HOH . N 4 HOH A 7 607 10 HOH HOH . N 4 HOH A 8 608 16 HOH HOH . N 4 HOH A 9 609 8 HOH HOH . N 4 HOH A 10 610 18 HOH HOH . N 4 HOH A 11 611 21 HOH HOH . N 4 HOH A 12 612 23 HOH HOH . N 4 HOH A 13 613 5 HOH HOH . N 4 HOH A 14 614 4 HOH HOH . N 4 HOH A 15 615 2 HOH HOH . N 4 HOH A 16 616 12 HOH HOH . N 4 HOH A 17 617 13 HOH HOH . N 4 HOH A 18 618 11 HOH HOH . N 4 HOH A 19 619 3 HOH HOH . N 4 HOH A 20 620 17 HOH HOH . N 4 HOH A 21 621 22 HOH HOH . N 4 HOH A 22 622 14 HOH HOH . N 4 HOH A 23 623 19 HOH HOH . N 4 HOH A 24 624 20 HOH HOH . N 4 HOH A 25 625 6 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 41.268 _atom_site.Cartn_y -30.644 _atom_site.Cartn_z -38.189 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 49.51 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 509 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #