data_6BXF # _model_server_result.job_id u-vs18sVaDqDOyRITlO5dw _model_server_result.datetime_utc '2025-07-30 14:29:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6bxf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6BXF # _exptl.entry_id 6BXF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.07 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6BXF _cell.length_a 59.07 _cell.length_b 81.47 _cell.length_c 127.96 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6BXF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,N 1 1 B,H,I,J,K,L,M,O 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 5 A CYS 5 1_555 A SG CYS 23 A CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 13 A CYS 13 1_555 A SG CYS 372 A CYS 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 16 A CYS 16 1_555 A SG CYS 38 A CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 26 A CYS 26 1_555 A SG CYS 49 A CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 311 A CYS 311 1_555 A SG CYS 323 A CYS 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 343 A CYS 343 1_555 A SG CYS 370 A CYS 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 374 A CYS 374 1_555 A SG CYS 394 A CYS 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 385 A CYS 385 1_555 A SG CYS 397 A CYS 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 399 A CYS 399 1_555 A SG CYS 408 A CYS 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 410 A CYS 410 1_555 A SG CYS 440 A CYS 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 423 A CYS 423 1_555 A SG CYS 438 A CYS 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 432 A CYS 432 1_555 A SG CYS 443 A CYS 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf13 A SG CYS 445 A CYS 445 1_555 A SG CYS 458 A CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 5 B CYS 5 1_555 B SG CYS 23 B CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 13 B CYS 13 1_555 B SG CYS 372 B CYS 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 16 B CYS 16 1_555 B SG CYS 38 B CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 26 B CYS 26 1_555 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 311 B CYS 311 1_555 B SG CYS 323 B CYS 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 343 B CYS 343 1_555 B SG CYS 370 B CYS 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 374 B CYS 374 1_555 B SG CYS 394 B CYS 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 385 B CYS 385 1_555 B SG CYS 397 B CYS 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 399 B CYS 399 1_555 B SG CYS 408 B CYS 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 410 B CYS 410 1_555 B SG CYS 440 B CYS 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 423 B CYS 423 1_555 B SG CYS 438 B CYS 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 432 B CYS 432 1_555 B SG CYS 443 B CYS 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf26 B SG CYS 445 B CYS 445 1_555 B SG CYS 458 B CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 145 A ASN 145 1_555 E C1 NAG . A NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 308 A ASN 308 1_555 D C1 NAG . A NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 389 A ASN 389 1_555 F C1 NAG . A NAG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 99 B ASN 99 1_555 L C1 NAG . B NAG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 145 B ASN 145 1_555 M C1 NAG . B NAG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 308 B ASN 308 1_555 J C1 NAG . B NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? covale ? covale7 B ND2 ASN 389 B ASN 389 1_555 K C1 NAG . B NAG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? metalc ? metalc1 A OG SER 121 A SER 121 1_555 G CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc2 A OG SER 123 A SER 123 1_555 G CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 221 A ASP 221 1_555 G CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc4 G CA CA . A CA 505 1_555 N O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc5 G CA CA . A CA 505 1_555 N O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 119 B ASP 119 1_555 H MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc7 B OG SER 121 B SER 121 1_555 H MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc8 B OG SER 123 B SER 123 1_555 H MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc9 B OG1 THR 188 B THR 188 1_555 H MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 221 B ASP 221 1_555 H MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc11 H MG MG . B MG 501 1_555 O O HOH . B HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 129 n n C1 C2 GOL sing 130 n n C1 H11 GOL sing 131 n n C1 H12 GOL sing 132 n n O1 HO1 GOL sing 133 n n C2 O2 GOL sing 134 n n C2 C3 GOL sing 135 n n C2 H2 GOL sing 136 n n O2 HO2 GOL sing 137 n n C3 O3 GOL sing 138 n n C3 H31 GOL sing 139 n n C3 H32 GOL sing 140 n n O3 HO3 GOL sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 6BXF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016929 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.0021 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012274 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007875 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 GOL A 1 501 1 GOL GOL . D 3 NAG A 1 502 1 NAG NAG . E 3 NAG A 1 503 4 NAG NAG . F 3 NAG A 1 504 5 NAG NAG . G 4 CA A 1 505 1 CA CA . H 5 MG B 1 501 1 MG MG . I 2 GOL B 1 502 2 GOL GOL . J 3 NAG B 1 503 2 NAG NAG . K 3 NAG B 1 504 3 NAG NAG . L 3 NAG B 1 505 6 NAG NAG . M 3 NAG B 1 506 7 NAG NAG . N 6 HOH A 1 601 5 HOH HOH . N 6 HOH A 2 602 6 HOH HOH . N 6 HOH A 3 603 1 HOH HOH . N 6 HOH A 4 604 2 HOH HOH . N 6 HOH A 5 605 3 HOH HOH . O 6 HOH B 1 601 8 HOH HOH . O 6 HOH B 2 602 7 HOH HOH . O 6 HOH B 3 603 4 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . I 2 -37.869 -49.708 235.367 1 161.61 ? C1 GOL 502 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . I 2 -39.162 -49.328 235.725 1 157.47 ? O1 GOL 502 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . I 2 -38.001 -50.747 234.227 1 162.73 ? C2 GOL 502 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . I 2 -37.121 -50.489 233.185 1 165.24 ? O2 GOL 502 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . I 2 -37.719 -52.111 234.898 1 156.37 ? C3 GOL 502 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . I 2 -36.348 -52.163 235.142 1 151.32 ? O3 GOL 502 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 65 _model_server_stats.create_model_time_ms 115 _model_server_stats.query_time_ms 2077 _model_server_stats.encode_time_ms 17 _model_server_stats.element_count 6 #