data_6C8N # _model_server_result.job_id mKbm1iB-FeS9fCafTk4tKA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 06:55:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6c8n # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":102}' # _entry.id 6C8N # _exptl.entry_id 6C8N _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 774.511 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-amino-1-[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]-3-[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]-1H-imidazol-3-ium _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6C8N _cell.length_a 46.975 _cell.length_b 46.975 _cell.length_c 83.097 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6C8N _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 150 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 3 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' LCC 1 A LCC 1 1_555 A P LCC 2 A LCC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.675 ? covale ? covale2 A O3' LCC 2 A LCC 2 1_555 A P LCC 3 A LCC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.682 ? covale ? covale3 A O3' LCC 3 A LCC 3 1_555 A P LCG 4 A LCG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.663 ? covale ? covale4 A O3' LCG 4 A LCG 4 1_555 A P A 5 A A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? covale ? covale5 A P G 15 A G 15 1_555 D O2A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.536 ? covale ? covale6 A C4' G 15 A G 15 1_555 D C4D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.218 ? covale ? covale7 A C4' G 15 A G 15 1_555 D O4D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.169 ? covale ? covale8 A C3' G 15 A G 15 1_555 D C2D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? covale ? covale9 A C3' G 15 A G 15 1_555 D C4D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.079 ? covale ? covale10 A C2' G 15 A G 15 1_555 D C1D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.635 ? covale ? covale11 A C2' G 15 A G 15 1_555 D O2D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.103 ? covale ? covale12 A C1' G 15 A G 15 1_555 D C2D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? covale ? covale13 A N9 G 15 A G 15 1_555 D C1D EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.487 ? covale ? covale14 A C8 G 15 A G 15 1_555 D C4A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.544 ? covale ? covale15 A C8 G 15 A G 15 1_555 D N7A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.265 ? covale ? covale16 A C5 G 15 A G 15 1_555 D C4A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.2 ? covale ? covale17 A C5 G 15 A G 15 1_555 D C6A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.134 ? covale ? covale18 A O6 G 15 A G 15 1_555 D C6A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.371 ? covale ? covale19 A N3 G 15 A G 15 1_555 D C2A EQ1 . A EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? covale ? covale20 C P1 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I O2G EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.646 ? covale ? covale21 C P1 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I PG EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? covale ? covale22 C C1 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C4E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale23 C C2 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C5E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale24 C C2 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I O4E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.206 ? covale ? covale25 C C3 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C2E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale ? covale26 C C3 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C3E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.104 ? covale ? covale27 C C3 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C4E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.63 ? covale ? covale28 C C4 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I N9B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale29 C C4 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C2E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.099 ? covale ? covale30 C O6 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C1E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.216 ? covale ? covale31 C C5 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C1E EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.245 ? covale ? covale32 C C5 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C8B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? covale ? covale33 C C6 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I N2B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.584 ? covale ? covale34 C N3 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C4B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.211 ? covale ? covale35 C C7 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C6B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? covale ? covale36 C C8 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C5B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.086 ? covale ? covale37 C C8 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I O6B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.199 ? covale ? covale38 C N4 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I N7B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.294 ? covale ? covale39 C C10 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C8B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.367 ? covale ? covale40 C N5 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C4B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? covale ? covale41 C N5 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I C5B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.283 ? covale ? covale42 C N5 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I N9B EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.209 ? covale ? covale43 C N6 EQ4 . A EQ4 101 1_555 I O2G EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? covale ? covale44 D C1C EQ1 . A EQ1 102 1_555 H O1 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.225 ? covale ? covale45 D C1E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H O4 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale46 D C1E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C10 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale47 D C1E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C5 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale48 D N1B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C9 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.29 ? covale ? covale49 D C2B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H N3 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale50 D C2E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H O4 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale51 D C2E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C3 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.479 ? covale ? covale52 D C2E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C4 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale53 D C2E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C5 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.101 ? covale ? covale54 D N2C EQ1 . A EQ1 102 1_555 H O1 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.186 ? covale ? covale55 D O2E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C5 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.117 ? covale ? covale56 D C3E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C3 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale57 D C3E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C1 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? covale ? covale58 D N3B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C6 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.572 ? covale ? covale59 D O3E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C1 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale60 D C4B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H N4 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? covale ? covale61 D C5B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C9 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.132 ? covale ? covale62 D C5B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H N4 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? covale ? covale63 D C5E EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C11 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? covale ? covale64 D C8B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H C10 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.264 ? covale ? covale65 D N9B EQ1 . A EQ1 102 1_555 H N4 EQ4 . B EQ4 101 1_555 ? B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.153 ? covale ? covale66 B O3' LCC 1 B LCC 1 1_555 B P LCC 2 B LCC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.657 ? covale ? covale67 B O3' LCC 2 B LCC 2 1_555 B P LCC 3 B LCC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.691 ? covale ? covale68 B O3' LCC 3 B LCC 3 1_555 B P LCG 4 B LCG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.7 ? covale ? covale69 B O3' LCG 4 B LCG 4 1_555 B P A 5 B A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.661 ? covale ? covale70 B C4' G 15 B G 15 1_555 I C4D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.097 ? covale ? covale71 B C4' G 15 B G 15 1_555 I O4D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? covale ? covale72 B C3' G 15 B G 15 1_555 I C4D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.162 ? covale ? covale73 B C3' G 15 B G 15 1_555 I C2D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.575 ? covale ? covale74 B C3' G 15 B G 15 1_555 I O3D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale75 B C2' G 15 B G 15 1_555 I C3D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale76 B O2' G 15 B G 15 1_555 I C2D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.272 ? covale ? covale77 B C1' G 15 B G 15 1_555 I C2D EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.398 ? covale ? covale78 B C1' G 15 B G 15 1_555 I N9A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale79 B N9 G 15 B G 15 1_555 I C8A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale ? covale80 B C8 G 15 B G 15 1_555 I N9A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale81 B C5 G 15 B G 15 1_555 I N7A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? covale ? covale82 B C5 G 15 B G 15 1_555 I C4A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale83 B C6 G 15 B G 15 1_555 I O6A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.265 ? covale ? covale84 B O6 G 15 B G 15 1_555 I C6A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? covale ? covale85 B N1 G 15 B G 15 1_555 I C2A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.285 ? covale ? covale86 B C2 G 15 B G 15 1_555 I N1A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.53 ? covale ? covale87 B C2 G 15 B G 15 1_555 I N3A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale88 B N2 G 15 B G 15 1_555 I C2A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.544 ? covale ? covale89 B N3 G 15 B G 15 1_555 I C2A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.251 ? covale ? covale90 B N3 G 15 B G 15 1_555 I C4A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.572 ? covale ? covale91 B C4 G 15 B G 15 1_555 I C5A EQ1 . B EQ1 102 1_555 ? A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? metalc ? metalc1 A O3' G 15 A G 15 1_555 G MG MG . A MG 105 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc2 A O2' G 15 A G 15 1_555 G MG MG . A MG 105 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc3 A O3' G 15 A G 15 1_555 G MG MG . A MG 105 2_545 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc4 A O2' G 15 A G 15 1_555 G MG MG . A MG 105 3_655 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc5 D O2D EQ1 . A EQ1 102 1_555 G MG MG . A MG 105 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc6 D O3D EQ1 . A EQ1 102 1_555 G MG MG . A MG 105 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc7 D O2D EQ1 . A EQ1 102 1_555 G MG MG . A MG 105 3_655 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc8 D O3D EQ1 . A EQ1 102 1_555 G MG MG . A MG 105 3_655 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc9 E MG MG . A MG 103 1_555 K O HOH . A HOH 202 2_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc10 E MG MG . A MG 103 1_555 K O HOH . A HOH 206 2_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc11 E MG MG . A MG 103 1_555 K O HOH . A HOH 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc12 E MG MG . A MG 103 1_555 L O HOH . B HOH 206 2_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc13 E MG MG . A MG 103 1_555 L O HOH . B HOH 208 2_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc14 E MG MG . A MG 103 1_555 L O HOH . B HOH 212 2_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc15 F MG MG . A MG 104 1_555 K O HOH . A HOH 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? metalc ? metalc16 F MG MG . A MG 104 1_555 K O HOH . A HOH 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc17 F MG MG . A MG 104 1_555 K O HOH . A HOH 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc18 F MG MG . A MG 104 1_555 L O HOH . B HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc19 F MG MG . A MG 104 1_555 L O HOH . B HOH 204 2_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc20 F MG MG . A MG 104 1_555 L O HOH . B HOH 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc21 B O3' G 15 B G 15 1_555 J MG MG . B MG 103 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc22 B O2' G 15 B G 15 1_555 J MG MG . B MG 103 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc23 B O3' G 15 B G 15 1_555 J MG MG . B MG 103 3_655 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc24 B O2' G 15 B G 15 1_555 J MG MG . B MG 103 2_545 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc25 I O2D EQ1 . B EQ1 102 1_555 J MG MG . B MG 103 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc26 I O3D EQ1 . B EQ1 102 1_555 J MG MG . B MG 103 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc27 I O2D EQ1 . B EQ1 102 1_555 J MG MG . B MG 103 2_545 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc28 I O3D EQ1 . B EQ1 102 1_555 J MG MG . B MG 103 2_545 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 LCG 4 A LCG 4 1_555 B N3 C 13 B C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 LCG 4 A LCG 4 1_555 B O2 C 13 B C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 LCG 4 A LCG 4 1_555 B N4 C 13 B C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 A 5 A A 5 1_555 B N3 U 12 B U 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N6 A 5 A A 5 1_555 B O4 U 12 B U 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N3 C 6 A C 6 1_555 B N1 G 11 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N4 C 6 A C 6 1_555 B O6 G 11 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O2 C 6 A C 6 1_555 B N2 G 11 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 U 7 A U 7 1_555 B N1 A 10 B A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O4 U 7 A U 7 1_555 B N6 A 10 B A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N3 U 8 A U 8 1_555 B N1 A 9 B A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O4 U 8 A U 8 1_555 B N6 A 9 B A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N1 A 9 A A 9 1_555 B N3 U 8 B U 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N6 A 9 A A 9 1_555 B O4 U 8 B U 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N1 A 10 A A 10 1_555 B N3 U 7 B U 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N6 A 10 A A 10 1_555 B O4 U 7 B U 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N1 G 11 A G 11 1_555 B N3 C 6 B C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N2 G 11 A G 11 1_555 B O2 C 6 B C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O6 G 11 A G 11 1_555 B N4 C 6 B C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N3 U 12 A U 12 1_555 B N1 A 5 B A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O4 U 12 A U 12 1_555 B N6 A 5 B A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 C 13 A C 13 1_555 B N1 LCG 4 B LCG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 C 13 A C 13 1_555 B O6 LCG 4 B LCG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 C 13 A C 13 1_555 B N2 LCG 4 B LCG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C23 H30 N13 O14 P2 1' _chem_comp.formula_weight 774.511 _chem_comp.id EQ1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-amino-1-[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]-3-[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]-1H-imidazol-3-ium _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O2G PG EQ1 doub 76 n n PG O1G EQ1 sing 77 n n PG O5E EQ1 sing 78 n n PG N2C EQ1 sing 79 n n C2C N2C EQ1 sing 80 n y C2C C3C EQ1 doub 81 n y O5E C5E EQ1 sing 82 n n C5E C4E EQ1 sing 83 n n N2C C1C EQ1 doub 84 n y O3E C3E EQ1 sing 85 n n C3C N1C EQ1 sing 86 n y C3E C4E EQ1 sing 87 n n C3E C2E EQ1 sing 88 n n C1C N1C EQ1 sing 89 n y C1C N3C EQ1 sing 90 n n C4E O4E EQ1 sing 91 n n N1C PA EQ1 sing 92 n n C2E O2E EQ1 sing 93 n n C2E C1E EQ1 sing 94 n n O4E C1E EQ1 sing 95 n n O3D C3D EQ1 sing 96 n n PA O2A EQ1 doub 97 n n PA O1A EQ1 sing 98 n n PA O5D EQ1 sing 99 n n C8B N7B EQ1 doub 100 n y C8B N9B EQ1 sing 101 n y C1E N9B EQ1 sing 102 n n N7B C5B EQ1 sing 103 n y N9B C4B EQ1 sing 104 n y C5B C4B EQ1 doub 105 n y C5B C6B EQ1 sing 106 n n C4B N3B EQ1 sing 107 n n C3D C4D EQ1 sing 108 n n C3D C2D EQ1 sing 109 n n O6B C6B EQ1 doub 110 n n C6B N1B EQ1 sing 111 n n N3B C2B EQ1 doub 112 n n C5D O5D EQ1 sing 113 n n C5D C4D EQ1 sing 114 n n N1B C2B EQ1 sing 115 n n C2B N2B EQ1 sing 116 n n C4D O4D EQ1 sing 117 n n C2D O2D EQ1 sing 118 n n C2D C1D EQ1 sing 119 n n C8A N7A EQ1 doub 120 n y C8A N9A EQ1 sing 121 n y N7A C5A EQ1 sing 122 n y O4D C1D EQ1 sing 123 n n N9A C1D EQ1 sing 124 n n N9A C4A EQ1 sing 125 n y C5A C4A EQ1 doub 126 n y C5A C6A EQ1 sing 127 n n C4A N3A EQ1 sing 128 n n O6A C6A EQ1 doub 129 n n C6A N1A EQ1 sing 130 n n N3A C2A EQ1 doub 131 n n N1A C2A EQ1 sing 132 n n C2A N2A EQ1 sing 133 n n C1D H1 EQ1 sing 134 n n C1E H2 EQ1 sing 135 n n N1A H3 EQ1 sing 136 n n N1B H4 EQ1 sing 137 n n O1A H5 EQ1 sing 138 n n O1G H6 EQ1 sing 139 n n C2C H7 EQ1 sing 140 n n C2D H8 EQ1 sing 141 n n C2E H9 EQ1 sing 142 n n N2A H10 EQ1 sing 143 n n N2A H11 EQ1 sing 144 n n N2B H12 EQ1 sing 145 n n N2B H13 EQ1 sing 146 n n O2D H14 EQ1 sing 147 n n O2E H15 EQ1 sing 148 n n C3C H16 EQ1 sing 149 n n C3D H17 EQ1 sing 150 n n C3E H18 EQ1 sing 151 n n N3C H19 EQ1 sing 152 n n N3C H20 EQ1 sing 153 n n O3D H21 EQ1 sing 154 n n O3E H22 EQ1 sing 155 n n C4D H23 EQ1 sing 156 n n C4E H24 EQ1 sing 157 n n C5D H25 EQ1 sing 158 n n C5D H26 EQ1 sing 159 n n C5E H27 EQ1 sing 160 n n C5E H28 EQ1 sing 161 n n C8A H29 EQ1 sing 162 n n C8B H30 EQ1 sing 163 n n # _atom_sites.entry_id 6C8N _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021288 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.012291 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.024581 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012034 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 EQ4 A 1 101 16 EQ4 NG . D 3 EQ1 A 1 102 1 EQ1 GIM . E 4 MG A 1 103 1 MG MG . F 4 MG A 1 104 2 MG MG . G 4 MG A 1 105 3 MG MG . H 2 EQ4 B 1 101 16 EQ4 NG . I 3 EQ1 B 1 102 2 EQ1 GIM . J 4 MG B 1 103 4 MG MG . K 5 HOH A 1 201 12 HOH HOH . K 5 HOH A 2 202 18 HOH HOH . K 5 HOH A 3 203 25 HOH HOH . K 5 HOH A 4 204 4 HOH HOH . K 5 HOH A 5 205 19 HOH HOH . K 5 HOH A 6 206 15 HOH HOH . K 5 HOH A 7 207 13 HOH HOH . K 5 HOH A 8 208 6 HOH HOH . K 5 HOH A 9 209 8 HOH HOH . K 5 HOH A 10 210 30 HOH HOH . K 5 HOH A 11 211 24 HOH HOH . K 5 HOH A 12 212 1 HOH HOH . K 5 HOH A 13 213 28 HOH HOH . K 5 HOH A 14 214 22 HOH HOH . K 5 HOH A 15 215 10 HOH HOH . K 5 HOH A 16 216 20 HOH HOH . K 5 HOH A 17 217 21 HOH HOH . L 5 HOH B 1 201 11 HOH HOH . L 5 HOH B 2 202 27 HOH HOH . L 5 HOH B 3 203 5 HOH HOH . L 5 HOH B 4 204 7 HOH HOH . L 5 HOH B 5 205 9 HOH HOH . L 5 HOH B 6 206 17 HOH HOH . L 5 HOH B 7 207 23 HOH HOH . L 5 HOH B 8 208 14 HOH HOH . L 5 HOH B 9 209 29 HOH HOH . L 5 HOH B 10 210 3 HOH HOH . L 5 HOH B 11 211 2 HOH HOH . L 5 HOH B 12 212 16 HOH HOH . L 5 HOH B 13 213 26 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA EQ1 . B . I 3 15.728 -13.754 82.652 0.4 49.17 ? PA EQ1 102 B 1 HETATM 2 P PG EQ1 . B . I 3 16.83 -10.033 85.894 0.4 56.96 ? PG EQ1 102 B 1 HETATM 3 C C1C EQ1 . B . I 3 16.097 -11.758 84.098 0.4 46.81 ? C1C EQ1 102 B 1 HETATM 4 C C1D EQ1 . B . I 3 19.679 -12.176 79.769 0.4 40.89 ? C1D EQ1 102 B 1 HETATM 5 C C1E EQ1 . B . I 3 20.712 -8.048 83.08 0.4 34.68 ? C1E EQ1 102 B 1 HETATM 6 N N1A EQ1 . B . I 3 18.532 -7.127 79.33 0.4 40.62 ? N1A EQ1 102 B 1 HETATM 7 N N1B EQ1 . B . I 3 17.923 -3.824 82.077 0.4 28.95 ? N1B EQ1 102 B 1 HETATM 8 N N1C EQ1 . B . I 3 16.268 -13.032 83.79 0.4 47.23 ? N1C EQ1 102 B 1 HETATM 9 O O1A EQ1 . B . I 3 14.886 -13.049 81.667 0.4 47.6 ? O1A EQ1 102 B 1 HETATM 10 O O1G EQ1 . B . I 3 15.723 -9.066 85.69 0.4 55.6 ? O1G EQ1 102 B 1 HETATM 11 C C2A EQ1 . B . I 3 19.787 -7.727 79.133 0.4 39.54 ? C2A EQ1 102 B 1 HETATM 12 C C2B EQ1 . B . I 3 19.312 -3.975 82.026 0.4 26.87 ? C2B EQ1 102 B 1 HETATM 13 C C2C EQ1 . B . I 3 17.377 -12.636 85.569 0.4 51.29 ? C2C EQ1 102 B 1 HETATM 14 C C2D EQ1 . B . I 3 20.864 -11.987 80.678 0.4 41.04 ? C2D EQ1 102 B 1 HETATM 15 C C2E EQ1 . B . I 3 21.498 -7.583 84.316 0.4 38.02 ? C2E EQ1 102 B 1 HETATM 16 N N2A EQ1 . B . I 3 20.844 -6.986 78.798 0.4 39.24 ? N2A EQ1 102 B 1 HETATM 17 N N2B EQ1 . B . I 3 20.071 -2.945 81.683 0.4 27.2 ? N2B EQ1 102 B 1 HETATM 18 N N2C EQ1 . B . I 3 16.763 -11.502 85.195 0.4 51.55 ? N2C EQ1 102 B 1 HETATM 19 O O2A EQ1 . B . I 3 15.574 -15.215 82.77 0.4 43.78 ? O2A EQ1 102 B 1 HETATM 20 O O2D EQ1 . B . I 3 21.918 -12.878 80.265 0.4 38.9 ? O2D EQ1 102 B 1 HETATM 21 O O2E EQ1 . B . I 3 22.89 -7.374 84.006 0.4 37.05 ? O2E EQ1 102 B 1 HETATM 22 O O2G EQ1 . B . I 3 17.013 -10.198 87.488 0.4 50.13 ? O2G EQ1 102 B 1 HETATM 23 C C3C EQ1 . B . I 3 17.062 -13.589 84.696 0.4 47.93 ? C3C EQ1 102 B 1 HETATM 24 C C3D EQ1 . B . I 3 20.301 -12.409 82.008 0.4 42.34 ? C3D EQ1 102 B 1 HETATM 25 C C3E EQ1 . B . I 3 21.408 -8.697 85.343 0.4 41.35 ? C3E EQ1 102 B 1 HETATM 26 N N3A EQ1 . B . I 3 19.903 -9.056 79.292 0.4 38.85 ? N3A EQ1 102 B 1 HETATM 27 N N3B EQ1 . B . I 3 19.863 -5.165 82.318 0.4 27.9 ? N3B EQ1 102 B 1 HETATM 28 N N3C EQ1 . B . I 3 15.375 -10.873 83.447 0.4 40.94 ? N3C EQ1 102 B 1 HETATM 29 O O3D EQ1 . B . I 3 21.341 -12.851 82.89 0.4 43.35 ? O3D EQ1 102 B 1 HETATM 30 O O3E EQ1 . B . I 3 22.777 -9.003 85.751 0.4 40.25 ? O3E EQ1 102 B 1 HETATM 31 C C4A EQ1 . B . I 3 18.832 -9.796 79.629 0.4 39.08 ? C4A EQ1 102 B 1 HETATM 32 C C4B EQ1 . B . I 3 19.067 -6.203 82.667 0.4 29.7 ? C4B EQ1 102 B 1 HETATM 33 C C4D EQ1 . B . I 3 19.396 -13.561 81.652 0.4 41.55 ? C4D EQ1 102 B 1 HETATM 34 C C4E EQ1 . B . I 3 20.729 -9.897 84.602 0.4 41.15 ? C4E EQ1 102 B 1 HETATM 35 O O4D EQ1 . B . I 3 18.95 -13.299 80.293 0.4 41.75 ? O4D EQ1 102 B 1 HETATM 36 O O4E EQ1 . B . I 3 20.483 -9.447 83.213 0.4 39.7 ? O4E EQ1 102 B 1 HETATM 37 C C5A EQ1 . B . I 3 17.63 -9.241 79.824 0.4 38.5 ? C5A EQ1 102 B 1 HETATM 38 C C5B EQ1 . B . I 3 17.73 -6.081 82.727 0.4 29.73 ? C5B EQ1 102 B 1 HETATM 39 C C5D EQ1 . B . I 3 18.242 -13.552 82.638 0.4 42.95 ? C5D EQ1 102 B 1 HETATM 40 C C5E EQ1 . B . I 3 19.449 -10.467 85.278 0.4 43.47 ? C5E EQ1 102 B 1 HETATM 41 O O5D EQ1 . B . I 3 17.096 -13.646 81.857 0.4 44.09 ? O5D EQ1 102 B 1 HETATM 42 O O5E EQ1 . B . I 3 18.349 -9.506 85.366 0.4 49.49 ? O5E EQ1 102 B 1 HETATM 43 C C6A EQ1 . B . I 3 17.44 -7.939 79.679 0.4 39.51 ? C6A EQ1 102 B 1 HETATM 44 C C6B EQ1 . B . I 3 17.133 -4.927 82.44 0.4 28.77 ? C6B EQ1 102 B 1 HETATM 45 O O6A EQ1 . B . I 3 16.32 -7.454 79.861 0.4 39.45 ? O6A EQ1 102 B 1 HETATM 46 O O6B EQ1 . B . I 3 15.906 -4.827 82.495 0.4 28.54 ? O6B EQ1 102 B 1 HETATM 47 N N7A EQ1 . B . I 3 16.773 -10.197 80.154 0.4 38.67 ? N7A EQ1 102 B 1 HETATM 48 N N7B EQ1 . B . I 3 17.211 -7.242 83.103 0.4 28.8 ? N7B EQ1 102 B 1 HETATM 49 C C8A EQ1 . B . I 3 17.433 -11.344 80.167 0.4 39.51 ? C8A EQ1 102 B 1 HETATM 50 C C8B EQ1 . B . I 3 18.222 -8.083 83.255 0.4 31.08 ? C8B EQ1 102 B 1 HETATM 51 N N9A EQ1 . B . I 3 18.7 -11.095 79.852 0.4 39.3 ? N9A EQ1 102 B 1 HETATM 52 N N9B EQ1 . B . I 3 19.362 -7.452 83 0.4 30.54 ? N9B EQ1 102 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 52 #