data_6CNO # _model_server_result.job_id CLXEKFEqpVd4AMa7BtSmzA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 07:36:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6cno # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":203}' # _entry.id 6CNO # _exptl.entry_id 6CNO _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6CNO _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6CNO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 E OD1 ASP 21 E ASP 20 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc2 E OD1 ASP 23 E ASP 22 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc3 E OD1 ASP 25 E ASP 24 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc4 E OD2 ASP 25 E ASP 24 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc5 E O THR 27 E THR 26 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc6 E OE1 GLU 32 E GLU 31 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc7 E OE2 GLU 32 E GLU 31 1_555 I CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc8 E OD1 ASP 57 E ASP 56 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc9 E OD1 ASP 59 E ASP 58 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc10 E OD2 ASP 59 E ASP 58 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc11 E OD1 ASN 61 E ASN 60 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc12 E O THR 63 E THR 62 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc13 E OE1 GLU 68 E GLU 67 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc14 E OE2 GLU 68 E GLU 67 1_555 J CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc15 E OD1 ASP 94 E ASP 93 1_555 K CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc16 E OD1 ASP 96 E ASP 95 1_555 K CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc17 E OD1 ASN 98 E ASN 97 1_555 K CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc18 E O TYR 100 E TYR 99 1_555 K CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc19 E OE1 GLU 105 E GLU 104 1_555 K CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc20 E OE2 GLU 105 E GLU 104 1_555 K CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc21 F OD1 ASP 21 F ASP 20 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc22 F OD1 ASP 23 F ASP 22 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc23 F OD1 ASP 25 F ASP 24 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc24 F OD2 ASP 25 F ASP 24 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc25 F O THR 27 F THR 26 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc26 F OE1 GLU 32 F GLU 31 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 32 F GLU 31 1_555 L CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc28 F OD1 ASP 57 F ASP 56 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc29 F OD1 ASP 59 F ASP 58 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc30 F OD2 ASP 59 F ASP 58 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc31 F OD1 ASN 61 F ASN 60 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc32 F O THR 63 F THR 62 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc33 F OE1 GLU 68 F GLU 67 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc34 F OE2 GLU 68 F GLU 67 1_555 M CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc35 F OD1 ASP 94 F ASP 93 1_555 N CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc36 F OD1 ASP 96 F ASP 95 1_555 N CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc37 F OD1 ASN 98 F ASN 97 1_555 N CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc38 F O TYR 100 F TYR 99 1_555 N CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc39 F OE1 GLU 105 F GLU 104 1_555 N CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc40 F OE2 GLU 105 F GLU 104 1_555 N CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc41 G OD1 ASP 21 G ASP 20 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc42 G OD1 ASP 23 G ASP 22 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc43 G OD1 ASP 25 G ASP 24 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc44 G OD2 ASP 25 G ASP 24 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? metalc ? metalc45 G O THR 27 G THR 26 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc46 G OE1 GLU 32 G GLU 31 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc47 G OE2 GLU 32 G GLU 31 1_555 O CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc48 G OD1 ASP 57 G ASP 56 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc49 G OD1 ASP 59 G ASP 58 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc50 G OD2 ASP 59 G ASP 58 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc51 G OD1 ASN 61 G ASN 60 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc52 G O THR 63 G THR 62 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc53 G OE1 GLU 68 G GLU 67 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc54 G OE2 GLU 68 G GLU 67 1_555 P CA CA . G CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc55 G OD1 ASP 94 G ASP 93 1_555 Q CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc56 G OD1 ASP 96 G ASP 95 1_555 Q CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc57 G OD1 ASN 98 G ASN 97 1_555 Q CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc58 G O TYR 100 G TYR 99 1_555 Q CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc59 G OE1 GLU 105 G GLU 104 1_555 Q CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc60 G OE2 GLU 105 G GLU 104 1_555 Q CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc61 H OD1 ASP 21 H ASP 20 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc62 H OD1 ASP 23 H ASP 22 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc63 H OD1 ASP 25 H ASP 24 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc64 H OD2 ASP 25 H ASP 24 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc65 H O THR 27 H THR 26 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc66 H OE1 GLU 32 H GLU 31 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc67 H OE2 GLU 32 H GLU 31 1_555 R CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc68 H OD1 ASP 57 H ASP 56 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc69 H OD1 ASP 59 H ASP 58 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc70 H OD2 ASP 59 H ASP 58 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc71 H OD1 ASN 61 H ASN 60 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc72 H O THR 63 H THR 62 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc73 H OE1 GLU 68 H GLU 67 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc74 H OE2 GLU 68 H GLU 67 1_555 S CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc75 H OD1 ASP 94 H ASP 93 1_555 T CA CA . H CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc76 H OD1 ASP 96 H ASP 95 1_555 T CA CA . H CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc77 H OD1 ASN 98 H ASN 97 1_555 T CA CA . H CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc78 H O TYR 100 H TYR 99 1_555 T CA CA . H CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc79 H OE1 GLU 105 H GLU 104 1_555 T CA CA . H CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc80 H OE2 GLU 105 H GLU 104 1_555 T CA CA . H CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6CNO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 CA E 1 201 201 CA CA . J 3 CA E 1 202 202 CA CA . K 3 CA E 1 203 203 CA CA . L 3 CA F 1 201 201 CA CA . M 3 CA F 1 202 202 CA CA . N 3 CA F 1 203 203 CA CA . O 3 CA G 1 201 201 CA CA . P 3 CA G 1 202 202 CA CA . Q 3 CA G 1 203 203 CA CA . R 3 CA H 1 201 201 CA CA . S 3 CA H 1 202 202 CA CA . T 3 CA H 1 203 203 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 120.841 _atom_site.Cartn_y 131.357 _atom_site.Cartn_z 193.399 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 223.54 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 203 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 25 _model_server_stats.query_time_ms 309 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #