data_6CQ6 # _model_server_result.job_id pCmx5QzZKrjUBdWnMqwYiQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 00:35:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6cq6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":410}' # _entry.id 6CQ6 # _exptl.entry_id 6CQ6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 142.282 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description DECANE _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6CQ6 _cell.length_a 66.718 _cell.length_b 120.417 _cell.length_c 126.44 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6CQ6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 M N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.49 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.143 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 O CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc18 A NE2 HIS 294 A HIS 313 1_555 O CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc19 E K K . A K 403 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? metalc ? metalc20 E K K . A K 403 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? metalc ? metalc21 E K K . A K 403 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.014 ? metalc ? metalc22 E K K . A K 403 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc23 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc24 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc25 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? metalc ? metalc26 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc27 G K K . A K 405 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc28 G K K . A K 405 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc29 G K K . A K 405 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc30 G K K . A K 405 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? metalc ? metalc31 B O THR 123 B THR 142 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.27 ? metalc ? metalc32 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc33 B O THR 232 B THR 251 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc34 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 N K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc35 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 O CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? # _chem_comp.formula 'C10 H22' _chem_comp.formula_weight 142.282 _chem_comp.id D10 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name DECANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 D10 sing 83 n n C1 H11 D10 sing 84 n n C1 H12 D10 sing 85 n n C1 H13 D10 sing 86 n n C2 C3 D10 sing 87 n n C2 H21 D10 sing 88 n n C2 H22 D10 sing 89 n n C3 C4 D10 sing 90 n n C3 H31 D10 sing 91 n n C3 H32 D10 sing 92 n n C4 C5 D10 sing 93 n n C4 H41 D10 sing 94 n n C4 H42 D10 sing 95 n n C5 C6 D10 sing 96 n n C5 H51 D10 sing 97 n n C5 H52 D10 sing 98 n n C6 C7 D10 sing 99 n n C6 H61 D10 sing 100 n n C6 H62 D10 sing 101 n n C7 C8 D10 sing 102 n n C7 H71 D10 sing 103 n n C7 H72 D10 sing 104 n n C8 C9 D10 sing 105 n n C8 H81 D10 sing 106 n n C8 H82 D10 sing 107 n n C9 C10 D10 sing 108 n n C9 H91 D10 sing 109 n n C9 H92 D10 sing 110 n n C10 H101 D10 sing 111 n n C10 H102 D10 sing 112 n n C10 H103 D10 sing 113 n n # _atom_sites.entry_id 6CQ6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014988 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008304 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007909 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CD A 1 401 401 CD CD . D 3 K A 1 402 402 K K . E 3 K A 1 403 403 K K . F 3 K A 1 404 404 K K . G 3 K A 1 405 405 K K . H 3 K A 1 406 406 K K . I 4 D10 A 1 407 407 D10 R16 . J 4 D10 A 1 408 408 D10 R16 . K 4 D10 A 1 409 409 D10 R16 . L 4 D10 A 1 410 410 D10 R16 . M 4 D10 A 1 411 411 D10 R16 . N 3 K B 1 401 412 K K . O 2 CD B 1 402 401 CD CD . P 2 CD B 1 403 402 CD CD . Q 4 D10 B 1 404 403 D10 R16 . R 4 D10 B 1 405 404 D10 R16 . S 4 D10 B 1 406 405 D10 R16 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 D10 . . . L 4 14.454 -21.439 -8.541 1 100.78 ? C1 D10 410 A 1 HETATM 2 C C2 D10 . . . L 4 15.907 -21.597 -8.987 1 141.92 ? C2 D10 410 A 1 HETATM 3 C C3 D10 . . . L 4 16.774 -20.534 -8.313 1 146.26 ? C3 D10 410 A 1 HETATM 4 C C4 D10 . . . L 4 18.244 -20.921 -8.451 1 133.58 ? C4 D10 410 A 1 HETATM 5 C C5 D10 . . . L 4 19.133 -19.73 -8.097 1 149.02 ? C5 D10 410 A 1 HETATM 6 C C6 D10 . . . L 4 20.57 -20.043 -8.511 1 135.09 ? C6 D10 410 A 1 HETATM 7 C C7 D10 . . . L 4 21.482 -18.87 -8.161 1 128.67 ? C7 D10 410 A 1 HETATM 8 C C8 D10 . . . L 4 22.894 -19.171 -8.659 1 145.04 ? C8 D10 410 A 1 HETATM 9 C C9 D10 . . . L 4 23.826 -18.011 -8.311 1 156.44 ? C9 D10 410 A 1 HETATM 10 C C10 D10 . . . L 4 24.141 -17.209 -9.572 1 132.4 ? C10 D10 410 A 1 HETATM 11 H H11 D10 . . . L 4 14.397 -21.549 -7.579 1 120.93 ? H11 D10 410 A 1 HETATM 12 H H12 D10 . . . L 4 14.136 -20.555 -8.785 1 120.93 ? H12 D10 410 A 1 HETATM 13 H H21 D10 . . . L 4 16.226 -22.478 -8.738 1 170.3 ? H21 D10 410 A 1 HETATM 14 H H22 D10 . . . L 4 15.962 -21.494 -9.95 1 170.3 ? H22 D10 410 A 1 HETATM 15 H H31 D10 . . . L 4 16.541 -20.475 -7.373 1 175.52 ? H31 D10 410 A 1 HETATM 16 H H32 D10 . . . L 4 16.623 -19.676 -8.739 1 175.52 ? H32 D10 410 A 1 HETATM 17 H H41 D10 . . . L 4 18.421 -21.194 -9.365 1 160.29 ? H41 D10 410 A 1 HETATM 18 H H42 D10 . . . L 4 18.441 -21.658 -7.852 1 160.29 ? H42 D10 410 A 1 HETATM 19 H H51 D10 . . . L 4 19.098 -19.571 -7.141 1 178.83 ? H51 D10 410 A 1 HETATM 20 H H52 D10 . . . L 4 18.824 -18.942 -8.57 1 178.83 ? H52 D10 410 A 1 HETATM 21 H H61 D10 . . . L 4 20.602 -20.201 -9.468 1 162.11 ? H61 D10 410 A 1 HETATM 22 H H62 D10 . . . L 4 20.873 -20.838 -8.044 1 162.11 ? H62 D10 410 A 1 HETATM 23 H H71 D10 . . . L 4 21.497 -18.747 -7.199 1 154.41 ? H71 D10 410 A 1 HETATM 24 H H72 D10 . . . L 4 21.152 -18.064 -8.586 1 154.41 ? H72 D10 410 A 1 HETATM 25 H H81 D10 . . . L 4 23.219 -19.982 -8.238 1 174.05 ? H81 D10 410 A 1 HETATM 26 H H82 D10 . . . L 4 22.877 -19.292 -9.621 1 174.05 ? H82 D10 410 A 1 HETATM 27 H H91 D10 . . . L 4 24.65 -18.361 -7.936 1 187.73 ? H91 D10 410 A 1 HETATM 28 H H92 D10 . . . L 4 23.395 -17.435 -7.661 1 187.73 ? H92 D10 410 A 1 HETATM 29 H H101 D10 . . . L 4 24.572 -17.785 -10.223 1 158.88 ? H101 D10 410 A 1 HETATM 30 H H102 D10 . . . L 4 24.734 -16.474 -9.348 1 158.88 ? H102 D10 410 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 30 #