data_6CU0
#
_model_server_result.job_id            jigrLDN-jTVWT0k5hJ6IgA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 23:34:12' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6cu0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6CU0 
#
_exptl.entry_id    6CU0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          101.24 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6CU0 
_cell.length_a            72.961 
_cell.length_b            114.745 
_cell.length_c            126.039 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6CU0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,D,G,J,L,M,O,P,T,W,Y 1 1 
C,E,F,H,I,K,N,Q,R,S,U,V,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 M N N 
? 3 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 G SG CYS 6 G CYS 28 1_555 G SG CYS 15 G CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf2 G SG CYS 9 G CYS 31 1_555 G SG CYS 23 G CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
disulf ? disulf3 G SG CYS 26 G CYS 48 1_555 G SG CYS 40 G CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf4 G SG CYS 43 G CYS 65 1_555 G SG CYS 56 G CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf5 G SG CYS 46 G CYS 68 1_555 G SG CYS 64 G CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf6 G SG CYS 66 G CYS 88 1_555 G SG CYS 80 G CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
disulf ? disulf7 G SG CYS 72 G CYS 94 1_555 G SG CYS 77 G CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf8 G SG CYS 84 G CYS 106 1_555 G SG CYS 95 G CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf9 G SG CYS 98 G CYS 120 1_555 G SG CYS 111 G CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf10 G SG CYS 117 G CYS 139 1_555 G SG CYS 136 G CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf11 H SG CYS 6 H CYS 28 1_555 H SG CYS 15 H CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf12 H SG CYS 9 H CYS 31 1_555 H SG CYS 23 H CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf13 H SG CYS 26 H CYS 48 1_555 H SG CYS 40 H CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf14 H SG CYS 43 H CYS 65 1_555 H SG CYS 56 H CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf15 H SG CYS 46 H CYS 68 1_555 H SG CYS 64 H CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf16 H SG CYS 66 H CYS 88 1_555 H SG CYS 80 H CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf17 H SG CYS 72 H CYS 94 1_555 H SG CYS 77 H CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf18 H SG CYS 84 H CYS 106 1_555 H SG CYS 95 H CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf19 H SG CYS 98 H CYS 120 1_555 H SG CYS 111 H CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf20 H SG CYS 117 H CYS 139 1_555 H SG CYS 136 H CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
disulf ? disulf21 I SG CYS 6 J CYS 28 1_555 I SG CYS 15 J CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf22 I SG CYS 9 J CYS 31 1_555 I SG CYS 23 J CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf23 I SG CYS 26 J CYS 48 1_555 I SG CYS 40 J CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf24 I SG CYS 43 J CYS 65 1_555 I SG CYS 56 J CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf25 I SG CYS 46 J CYS 68 1_555 I SG CYS 64 J CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf26 I SG CYS 66 J CYS 88 1_555 I SG CYS 80 J CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
disulf ? disulf27 I SG CYS 72 J CYS 94 1_555 I SG CYS 77 J CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf28 I SG CYS 84 J CYS 106 1_555 I SG CYS 95 J CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf29 I SG CYS 98 J CYS 120 1_555 I SG CYS 111 J CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf30 I SG CYS 117 J CYS 139 1_555 I SG CYS 136 J CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
disulf ? disulf31 J SG CYS 6 K CYS 28 1_555 J SG CYS 15 K CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf32 J SG CYS 9 K CYS 31 1_555 J SG CYS 23 K CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
disulf ? disulf33 J SG CYS 26 K CYS 48 1_555 J SG CYS 40 K CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf34 J SG CYS 43 K CYS 65 1_555 J SG CYS 56 K CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf35 J SG CYS 46 K CYS 68 1_555 J SG CYS 64 K CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf36 J SG CYS 66 K CYS 88 1_555 J SG CYS 80 K CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf37 J SG CYS 72 K CYS 94 1_555 J SG CYS 77 K CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf38 J SG CYS 84 K CYS 106 1_555 J SG CYS 95 K CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf39 J SG CYS 98 K CYS 120 1_555 J SG CYS 111 K CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf40 J SG CYS 117 K CYS 139 1_555 J SG CYS 136 K CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf41 K SG CYS 9 L CYS 31 1_555 K SG CYS 23 L CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? 
disulf ? disulf42 K SG CYS 26 L CYS 48 1_555 K SG CYS 40 L CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf43 K SG CYS 43 L CYS 65 1_555 K SG CYS 56 L CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf44 K SG CYS 46 L CYS 68 1_555 K SG CYS 64 L CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf45 K SG CYS 66 L CYS 88 1_555 K SG CYS 80 L CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf46 K SG CYS 72 L CYS 94 1_555 K SG CYS 77 L CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf47 K SG CYS 84 L CYS 106 1_555 K SG CYS 95 L CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf48 K SG CYS 98 L CYS 120 1_555 K SG CYS 111 L CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf49 K SG CYS 117 L CYS 139 1_555 K SG CYS 136 L CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
disulf ? disulf50 L SG CYS 6 I CYS 28 1_555 L SG CYS 15 I CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf51 L SG CYS 9 I CYS 31 1_555 L SG CYS 23 I CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf52 L SG CYS 26 I CYS 48 1_555 L SG CYS 40 I CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf53 L SG CYS 43 I CYS 65 1_555 L SG CYS 56 I CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
disulf ? disulf54 L SG CYS 46 I CYS 68 1_555 L SG CYS 64 I CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf55 L SG CYS 66 I CYS 88 1_555 L SG CYS 80 I CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf56 L SG CYS 72 I CYS 94 1_555 L SG CYS 77 I CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf57 L SG CYS 84 I CYS 106 1_555 L SG CYS 95 I CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf58 L SG CYS 98 I CYS 120 1_555 L SG CYS 111 I CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf59 L SG CYS 117 I CYS 139 1_555 L SG CYS 136 I CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
covale ? covale1 G ND2 ASN 127 G ASN 149 1_555 M C1 NAG . G NAG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? 
covale ? covale2 H ND2 ASN 127 H ASN 149 1_555 N C1 NAG . H NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NAG sing 237 n n 
C1 O1 NAG sing 238 n n 
C1 O5 NAG sing 239 n n 
C1 H1 NAG sing 240 n n 
C2 C3 NAG sing 241 n n 
C2 N2 NAG sing 242 n n 
C2 H2 NAG sing 243 n n 
C3 C4 NAG sing 244 n n 
C3 O3 NAG sing 245 n n 
C3 H3 NAG sing 246 n n 
C4 C5 NAG sing 247 n n 
C4 O4 NAG sing 248 n n 
C4 H4 NAG sing 249 n n 
C5 C6 NAG sing 250 n n 
C5 O5 NAG sing 251 n n 
C5 H5 NAG sing 252 n n 
C6 O6 NAG sing 253 n n 
C6 H61 NAG sing 254 n n 
C6 H62 NAG sing 255 n n 
C7 C8 NAG sing 256 n n 
C7 N2 NAG sing 257 n n 
C7 O7 NAG doub 258 n n 
C8 H81 NAG sing 259 n n 
C8 H82 NAG sing 260 n n 
C8 H83 NAG sing 261 n n 
N2 HN2 NAG sing 262 n n 
O1 HO1 NAG sing 263 n n 
O3 HO3 NAG sing 264 n n 
O4 HO4 NAG sing 265 n n 
O6 HO6 NAG sing 266 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     6CU0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013706 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002725 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008715 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008089 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 NAG G 1 500 500 NAG NAG . 
N 3 NAG H 1 501 501 NAG NAG . 
O 4 HOH A 1 301 43 HOH HOH . 
O 4 HOH A 2 302 29 HOH HOH . 
O 4 HOH A 3 303 42 HOH HOH . 
O 4 HOH A 4 304 7 HOH HOH . 
O 4 HOH A 5 305 45 HOH HOH . 
P 4 HOH B 1 301 31 HOH HOH . 
P 4 HOH B 2 302 3 HOH HOH . 
Q 4 HOH C 1 301 49 HOH HOH . 
R 4 HOH E 1 301 21 HOH HOH . 
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