data_6D06 # _model_server_result.job_id yKZn7XAMrpV28NdN5C8TkA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 08:44:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6d06 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":802}' # _entry.id 6D06 # _exptl.entry_id 6D06 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 126.64 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6D06 _cell.length_a 174.68 _cell.length_b 63.44 _cell.length_c 132.06 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6D06 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,E,F,I,J,K 1 1 D,G,H,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 F N N ? 5 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' U 12 B U 12 1_555 B P 8AZ 13 B 8AZ 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.592 ? covale ? covale2 B O3' 8AZ 13 B 8AZ 13 1_555 B P G 14 B G 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.591 ? covale ? covale3 C O3' C 10 C C 10 1_555 C P N 11 C N 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.589 ? covale ? covale4 C O3' N 11 C N 11 1_555 C P A 12 C A 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.553 ? metalc ? metalc1 A ND1 HIS 96 A HIS 394 1_555 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 153 A CYS 451 1_555 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 218 A CYS 516 1_555 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc4 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 B O6 8AZ 13 B 8AZ 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc5 D ND1 HIS 96 D HIS 394 1_555 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? metalc ? metalc6 D SG CYS 153 D CYS 451 1_555 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc7 D SG CYS 218 D CYS 516 1_555 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc8 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 L O HOH . D HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 G 1 B G 1 1_555 C N3 C 23 C C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 G 1 B G 1 1_555 C O2 C 23 C C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 G 1 B G 1 1_555 C N4 C 23 C C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N3 C 2 B C 2 1_555 C N1 G 22 C G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N4 C 2 B C 2 1_555 C O6 G 22 C G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O2 C 2 B C 2 1_555 C N2 G 22 C G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 U 3 B U 3 1_555 C N1 A 21 C A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O4 U 3 B U 3 1_555 C N6 A 21 C A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N3 C 4 B C 4 1_555 C N1 G 20 C G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N4 C 4 B C 4 1_555 C O6 G 20 C G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O2 C 4 B C 4 1_555 C N2 G 20 C G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N1 G 5 B G 5 1_555 C N3 C 19 C C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N2 G 5 B G 5 1_555 C O2 C 19 C C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B O6 G 5 B G 5 1_555 C N4 C 19 C C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N3 C 6 B C 6 1_555 C N1 G 18 C G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N4 C 6 B C 6 1_555 C O6 G 18 C G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O2 C 6 B C 6 1_555 C N2 G 18 C G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N1 G 7 B G 7 1_555 C N3 C 17 C C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N2 G 7 B G 7 1_555 C O2 C 17 C C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B O6 G 7 B G 7 1_555 C N4 C 17 C C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N1 A 8 B A 8 1_555 C N3 U 16 C U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N6 A 8 B A 8 1_555 C O4 U 16 C U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 U 9 B U 9 1_555 C N1 A 15 C A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B O4 U 9 B U 9 1_555 C N6 A 15 C A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B N1 G 10 B G 10 1_555 C N3 C 14 C C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N2 G 10 B G 10 1_555 C O2 C 14 C C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B O6 G 10 B G 10 1_555 C N4 C 14 C C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B N3 C 11 B C 11 1_555 C N1 G 13 C G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N4 C 11 B C 11 1_555 C O6 G 13 C G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B O2 C 11 B C 11 1_555 C N2 G 13 C G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N3 U 12 B U 12 1_555 C N1 A 12 C A 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B O4 U 12 B U 12 1_555 C N6 A 12 C A 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N1 G 14 B G 14 1_555 C N3 C 10 C C 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N2 G 14 B G 14 1_555 C O2 C 10 C C 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B O6 G 14 B G 14 1_555 C N4 C 10 C C 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog36 B N6 A 15 B A 15 1_555 C N3 C 9 C C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B N1 G 16 B G 16 1_555 C N3 C 8 C C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N2 G 16 B G 16 1_555 C O2 C 8 C C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B O6 G 16 B G 16 1_555 C N4 C 8 C C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N1 G 17 B G 17 1_555 C N3 C 7 C C 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N2 G 17 B G 17 1_555 C O2 C 7 C C 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B O6 G 17 B G 17 1_555 C N4 C 7 C C 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 B N1 G 18 B G 18 1_555 C N3 C 6 C C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B N2 G 18 B G 18 1_555 C O2 C 6 C C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 B O6 G 18 B G 18 1_555 C N4 C 6 C C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 B N3 C 19 B C 19 1_555 C N1 G 5 C G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 B N4 C 19 B C 19 1_555 C O6 G 5 C G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B O2 C 19 B C 19 1_555 C N2 G 5 C G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 B N3 U 20 B U 20 1_555 C N1 A 4 C A 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 B O4 U 20 B U 20 1_555 C N6 A 4 C A 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B N3 C 21 B C 21 1_555 C N1 G 3 C G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 B N4 C 21 B C 21 1_555 C O6 G 3 C G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 B O2 C 21 B C 21 1_555 C N2 G 3 C G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B N3 U 22 B U 22 1_555 C N1 A 2 C A 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B O4 U 22 B U 22 1_555 C N6 A 2 C A 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B N1 G 23 B G 23 1_555 C N3 C 1 C C 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B N2 G 23 B G 23 1_555 C O2 C 1 C C 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B O6 G 23 B G 23 1_555 C N4 C 1 C C 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6D06 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005725 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004258 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015763 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009437 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 IHP A 1 801 801 IHP IHP . F 5 ZN A 1 802 802 ZN ZN . G 4 IHP D 1 801 801 IHP IHP . H 5 ZN D 1 802 802 ZN ZN . I 6 HOH A 1 901 928 HOH HOH . I 6 HOH A 2 902 916 HOH HOH . I 6 HOH A 3 903 906 HOH HOH . I 6 HOH A 4 904 908 HOH HOH . I 6 HOH A 5 905 902 HOH HOH . I 6 HOH A 6 906 907 HOH HOH . I 6 HOH A 7 907 919 HOH HOH . I 6 HOH A 8 908 929 HOH HOH . I 6 HOH A 9 909 923 HOH HOH . I 6 HOH A 10 910 912 HOH HOH . I 6 HOH A 11 911 918 HOH HOH . I 6 HOH A 12 912 910 HOH HOH . I 6 HOH A 13 913 903 HOH HOH . I 6 HOH A 14 914 921 HOH HOH . I 6 HOH A 15 915 922 HOH HOH . I 6 HOH A 16 916 905 HOH HOH . I 6 HOH A 17 917 911 HOH HOH . I 6 HOH A 18 918 913 HOH HOH . I 6 HOH A 19 919 920 HOH HOH . I 6 HOH A 20 920 927 HOH HOH . I 6 HOH A 21 921 915 HOH HOH . I 6 HOH A 22 922 909 HOH HOH . I 6 HOH A 23 923 926 HOH HOH . I 6 HOH A 24 924 925 HOH HOH . I 6 HOH A 25 925 917 HOH HOH . I 6 HOH A 26 926 924 HOH HOH . I 6 HOH A 27 927 904 HOH HOH . I 6 HOH A 28 928 914 HOH HOH . I 6 HOH A 29 929 902 HOH HOH . J 6 HOH B 1 101 907 HOH HOH . J 6 HOH B 2 102 902 HOH HOH . J 6 HOH B 3 103 910 HOH HOH . J 6 HOH B 4 104 905 HOH HOH . J 6 HOH B 5 105 904 HOH HOH . J 6 HOH B 6 106 909 HOH HOH . J 6 HOH B 7 107 903 HOH HOH . J 6 HOH B 8 108 911 HOH HOH . J 6 HOH B 9 109 906 HOH HOH . J 6 HOH B 10 110 908 HOH HOH . J 6 HOH B 11 111 912 HOH HOH . J 6 HOH B 12 112 913 HOH HOH . K 6 HOH C 1 101 904 HOH HOH . K 6 HOH C 2 102 902 HOH HOH . K 6 HOH C 3 103 905 HOH HOH . K 6 HOH C 4 104 903 HOH HOH . L 6 HOH D 1 901 901 HOH HOH . L 6 HOH D 2 902 903 HOH HOH . L 6 HOH D 3 903 904 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -45.54 _atom_site.Cartn_y 10.218 _atom_site.Cartn_z 23.618 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.61 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 802 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 50 _model_server_stats.parse_time_ms 21 _model_server_stats.create_model_time_ms 29 _model_server_stats.query_time_ms 250 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #