data_6DAF # _model_server_result.job_id Yu682pDC7-msTckX58dJfw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 15:31:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6daf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6DAF # _exptl.entry_id 6DAF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6DAF _cell.length_a 34.355 _cell.length_b 121.309 _cell.length_c 125.897 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6DAF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,M 1 1 C,D,I,J,K,L,N,O 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 20 A ASP 20 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 22 A ASP 22 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 22 A ASP 22 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 24 A ASP 24 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc5 A O THR 26 A THR 26 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 31 A GLU 31 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 31 A GLU 31 1_555 E CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 56 A ASP 56 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 58 A ASP 58 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASN 60 A ASN 60 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc11 A O THR 62 A THR 62 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc12 A OE1 GLU 67 A GLU 67 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 67 A GLU 67 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 93 A ASP 93 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 95 A ASP 95 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASN 97 A ASN 97 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc17 A O TYR 99 A TYR 99 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc18 A OE1 GLU 104 A GLU 104 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc19 A OE2 GLU 104 A GLU 104 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 129 A ASP 129 1_555 H CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 131 A ASP 131 1_555 H CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 133 A ASP 133 1_555 H CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc23 A O GLN 135 A GLN 135 1_555 H CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc24 A OE1 GLU 140 A GLU 140 1_555 H CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc25 A OE2 GLU 140 A GLU 140 1_555 H CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc26 G CA CA . A CA 503 1_555 M O HOH . A HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc27 H CA CA . A CA 504 1_555 M O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc28 C OD1 ASP 20 B ASP 20 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 22 B ASP 22 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc30 C OD1 ASP 24 B ASP 24 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc31 C O THR 26 B THR 26 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc32 C OE1 GLU 31 B GLU 31 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc33 C OE2 GLU 31 B GLU 31 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASP 56 B ASP 56 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc35 C OD1 ASP 58 B ASP 58 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? metalc ? metalc36 C OD1 ASN 60 B ASN 60 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc37 C O THR 62 B THR 62 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc38 C OE1 GLU 67 B GLU 67 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc39 C OE2 GLU 67 B GLU 67 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc40 C OD1 ASP 93 B ASP 93 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc41 C OD1 ASP 95 B ASP 95 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc42 C OD1 ASN 97 B ASN 97 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc43 C O TYR 99 B TYR 99 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc44 C OE1 GLU 104 B GLU 104 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc45 C OE2 GLU 104 B GLU 104 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc46 C OD1 ASP 129 B ASP 129 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc47 C OD1 ASP 131 B ASP 131 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc48 C OD1 ASP 133 B ASP 133 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc49 C O GLN 135 B GLN 135 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc50 C OE1 GLU 140 B GLU 140 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc51 C OE2 GLU 140 B GLU 140 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc52 K CA CA . B CA 503 1_555 N O HOH . B HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc53 L CA CA . B CA 504 1_555 N O HOH . B HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6DAF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.029108 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008243 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007943 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 501 501 CA CA . F 3 CA A 1 502 502 CA CA . G 3 CA A 1 503 503 CA CA . H 3 CA A 1 504 504 CA CA . I 3 CA B 1 501 501 CA CA . J 3 CA B 1 502 502 CA CA . K 3 CA B 1 503 503 CA CA . L 3 CA B 1 504 504 CA CA . M 4 HOH A 1 601 557 HOH HOH . M 4 HOH A 2 602 523 HOH HOH . M 4 HOH A 3 603 519 HOH HOH . M 4 HOH A 4 604 529 HOH HOH . M 4 HOH A 5 605 514 HOH HOH . M 4 HOH A 6 606 509 HOH HOH . M 4 HOH A 7 607 515 HOH HOH . M 4 HOH A 8 608 555 HOH HOH . N 4 HOH B 1 601 517 HOH HOH . N 4 HOH B 2 602 545 HOH HOH . N 4 HOH B 3 603 548 HOH HOH . N 4 HOH B 4 604 536 HOH HOH . N 4 HOH B 5 605 521 HOH HOH . N 4 HOH B 6 606 532 HOH HOH . N 4 HOH B 7 607 531 HOH HOH . N 4 HOH B 8 608 518 HOH HOH . N 4 HOH B 9 609 544 HOH HOH . N 4 HOH B 10 610 546 HOH HOH . O 4 HOH D 1 1701 550 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 13.865 _atom_site.Cartn_y 10.803 _atom_site.Cartn_z 46.516 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 87.57 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 256 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #