data_6DPU
#
_model_server_result.job_id            D7hdSJ335YM8xFQj0mtCPw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 20:16:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6dpu 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    6DPU 
#
_exptl.entry_id    6DPU 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6DPU 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6DPU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 N N N 
? 4 P N N 
? 4 R N N 
? 4 T N N 
? 4 V N N 
? 4 X N N 
? 4 Z N N 
? 4 BA N N 
? 4 DA N N 
? 4 FA N N 
? 4 HA N N 
? 4 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 M O3G GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc2 M O1B GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc3 O O2G G2P . B G2P 501 1_555 P MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc4 O O2B G2P . B G2P 501 1_555 P MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc5 Q O3G GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc6 Q O1B GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? 
metalc ? metalc7 S O2G G2P . D G2P 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc8 S O2B G2P . D G2P 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc9 U O3G GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc10 U O1B GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? 
metalc ? metalc11 W O2G G2P . F G2P 501 1_555 X MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc12 W O2B G2P . F G2P 501 1_555 X MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? 
metalc ? metalc13 Y O2G G2P . G G2P 501 1_555 Z MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc14 Y O2B G2P . G G2P 501 1_555 Z MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc15 AA O2G G2P . H G2P 501 1_555 BA MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc16 AA O2B G2P . H G2P 501 1_555 BA MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc17 CA O2G G2P . I G2P 501 1_555 DA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc18 CA O2B G2P . I G2P 501 1_555 DA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc19 EA O3G GTP . J GTP 501 1_555 FA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.913 ? 
metalc ? metalc20 EA O1B GTP . J GTP 501 1_555 FA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? 
metalc ? metalc21 GA O3G GTP . K GTP 501 1_555 HA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc22 GA O1B GTP . K GTP 501 1_555 HA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc23 IA O3G GTP . L GTP 501 1_555 JA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc24 IA O1B GTP . L GTP 501 1_555 JA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6DPU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
N 4 MG A 1 502 502 MG MG . 
O 5 G2P B 1 501 501 G2P G2P . 
P 4 MG B 1 502 502 MG MG . 
Q 3 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
R 4 MG C 1 502 502 MG MG . 
S 5 G2P D 1 501 501 G2P G2P . 
T 4 MG D 1 502 502 MG MG . 
U 3 GTP E 1 501 501 GTP GTP . 
V 4 MG E 1 502 502 MG MG . 
W 5 G2P F 1 501 501 G2P G2P . 
X 4 MG F 1 502 502 MG MG . 
Y 5 G2P G 1 501 501 G2P G2P . 
Z 4 MG G 1 502 502 MG MG . 
AA 5 G2P H 1 501 501 G2P G2P . 
BA 4 MG H 1 502 502 MG MG . 
CA 5 G2P I 1 501 501 G2P G2P . 
DA 4 MG I 1 502 502 MG MG . 
EA 3 GTP J 1 501 501 GTP GTP . 
FA 4 MG J 1 502 502 MG MG . 
GA 3 GTP K 1 501 501 GTP GTP . 
HA 4 MG K 1 502 502 MG MG . 
IA 3 GTP L 1 501 501 GTP GTP . 
JA 4 MG L 1 502 502 MG MG . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         R 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               329.204 
_atom_site.Cartn_y               387.384 
_atom_site.Cartn_z               215.419 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        7.08 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              121 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    73 
_model_server_stats.query_time_ms           314 
_model_server_stats.encode_time_ms          11 
_model_server_stats.element_count           1 
#