data_6DPV # _model_server_result.job_id QVBy2n67i4NvFu8DHLhDhA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 15:59:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6dpv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6DPV # _exptl.entry_id 6DPV _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6DPV _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6DPV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 M N N ? 3 P N N ? 3 S N N ? 3 Y N N ? 3 AA N N ? 3 CA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 98 A ASP 98 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.964 ? metalc ? metalc2 M O1G GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc3 M O1B GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc4 C OD2 ASP 98 C ASP 98 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? metalc ? metalc5 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc6 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc7 E OD2 ASP 98 E ASP 98 1_555 T MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc8 S O1G GTP . E GTP 501 1_555 T MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc9 S O1B GTP . E GTP 501 1_555 T MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc10 J OD2 ASP 98 J ASP 98 1_555 Z MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? metalc ? metalc11 Y O1G GTP . J GTP 501 1_555 Z MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc12 Y O1B GTP . J GTP 501 1_555 Z MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc13 K OD2 ASP 98 K ASP 98 1_555 BA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? metalc ? metalc14 AA O1G GTP . K GTP 501 1_555 BA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc15 AA O1B GTP . K GTP 501 1_555 BA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc16 L OD2 ASP 98 L ASP 98 1_555 DA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? metalc ? metalc17 CA O1G GTP . L GTP 501 1_555 DA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc18 CA O1B GTP . L GTP 501 1_555 DA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 174 n n PG O2G GTP sing 175 n n PG O3G GTP sing 176 n n PG O3B GTP sing 177 n n O2G HOG2 GTP sing 178 n n O3G HOG3 GTP sing 179 n n O3B PB GTP sing 180 n n PB O1B GTP doub 181 n n PB O2B GTP sing 182 n n PB O3A GTP sing 183 n n O2B HOB2 GTP sing 184 n n O3A PA GTP sing 185 n n PA O1A GTP doub 186 n n PA O2A GTP sing 187 n n PA O5' GTP sing 188 n n O2A HOA2 GTP sing 189 n n O5' C5' GTP sing 190 n n C5' C4' GTP sing 191 n n C5' H5' GTP sing 192 n n C5' "H5''" GTP sing 193 n n C4' O4' GTP sing 194 n n C4' C3' GTP sing 195 n n C4' H4' GTP sing 196 n n O4' C1' GTP sing 197 n n C3' O3' GTP sing 198 n n C3' C2' GTP sing 199 n n C3' H3' GTP sing 200 n n O3' HO3' GTP sing 201 n n C2' O2' GTP sing 202 n n C2' C1' GTP sing 203 n n C2' H2' GTP sing 204 n n O2' HO2' GTP sing 205 n n C1' N9 GTP sing 206 n n C1' H1' GTP sing 207 n n N9 C8 GTP sing 208 n y N9 C4 GTP sing 209 n y C8 N7 GTP doub 210 n y C8 H8 GTP sing 211 n n N7 C5 GTP sing 212 n y C5 C6 GTP sing 213 n n C5 C4 GTP doub 214 n y C6 O6 GTP doub 215 n n C6 N1 GTP sing 216 n n N1 C2 GTP sing 217 n n N1 HN1 GTP sing 218 n n C2 N2 GTP sing 219 n n C2 N3 GTP doub 220 n n N2 HN21 GTP sing 221 n n N2 HN22 GTP sing 222 n n N3 C4 GTP sing 223 n n # _atom_sites.entry_id 6DPV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 GTP A 1 501 501 GTP GTP . N 4 MG A 1 502 502 MG MG . O 5 GDP B 1 501 501 GDP GDP . P 3 GTP C 1 501 501 GTP GTP . Q 4 MG C 1 502 502 MG MG . R 5 GDP D 1 501 501 GDP GDP . S 3 GTP E 1 501 501 GTP GTP . T 4 MG E 1 502 502 MG MG . U 5 GDP F 1 501 501 GDP GDP . V 5 GDP G 1 501 501 GDP GDP . W 5 GDP H 1 501 501 GDP GDP . X 5 GDP I 1 501 501 GDP GDP . Y 3 GTP J 1 501 501 GTP GTP . Z 4 MG J 1 502 502 MG MG . AA 3 GTP K 1 501 501 GTP GTP . BA 4 MG K 1 502 502 MG MG . CA 3 GTP L 1 501 501 GTP GTP . DA 4 MG L 1 502 502 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . Y 3 221.917 384.676 277.082 1 7.78 ? PG GTP 501 J 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . Y 3 222.795 383.652 276.425 1 7.86 ? O1G GTP 501 J 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . Y 3 220.522 384.146 277.235 1 7.9 ? O2G GTP 501 J 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . Y 3 222.019 386.036 276.456 1 7.87 ? O3G GTP 501 J 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . Y 3 222.402 384.934 278.585 1 7.74 ? O3B GTP 501 J 1 HETATM 6 P PB GTP . . . Y 3 223.48 384.026 279.34 1 7.66 ? PB GTP 501 J 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . Y 3 223.478 382.593 278.873 1 7.67 ? O1B GTP 501 J 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . Y 3 223.25 384.181 280.821 1 7.65 ? O2B GTP 501 J 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . Y 3 224.839 384.762 278.945 1 7.66 ? O3A GTP 501 J 1 HETATM 10 P PA GTP . . . Y 3 226.231 384.477 279.674 1 7.62 ? PA GTP 501 J 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . Y 3 227.082 383.782 278.634 1 7.6 ? O1A GTP 501 J 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . Y 3 226.004 383.76 280.985 1 7.65 ? O2A GTP 501 J 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . Y 3 226.734 385.962 280.014 1 7.53 ? O5' GTP 501 J 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . Y 3 227.991 386.461 279.581 1 7.48 ? C5' GTP 501 J 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . Y 3 228.732 386.966 280.8 1 7.41 ? C4' GTP 501 J 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . Y 3 228.967 385.87 281.686 1 7.31 ? O4' GTP 501 J 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . Y 3 230.095 387.514 280.407 1 7.4 ? C3' GTP 501 J 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . Y 3 230.463 388.564 281.308 1 7.42 ? O3' GTP 501 J 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . Y 3 230.976 386.306 280.56 1 7.31 ? C2' GTP 501 J 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . Y 3 232.337 386.675 280.786 1 7.34 ? O2' GTP 501 J 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . Y 3 230.371 385.637 281.778 1 7.24 ? C1' GTP 501 J 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . Y 3 230.594 384.179 281.816 1 7.07 ? N9 GTP 501 J 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . Y 3 230.096 383.274 280.97 1 6.99 ? C8 GTP 501 J 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . Y 3 230.47 382.029 281.35 1 6.95 ? N7 GTP 501 J 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . Y 3 231.196 382.126 282.472 1 6.91 ? C5 GTP 501 J 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . Y 3 231.892 381.202 283.405 1 6.88 ? C6 GTP 501 J 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . Y 3 231.893 379.97 283.224 1 6.83 ? O6 GTP 501 J 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . Y 3 232.524 381.731 284.458 1 6.91 ? N1 GTP 501 J 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . Y 3 232.547 383.063 284.676 1 6.93 ? C2 GTP 501 J 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . Y 3 233.197 383.547 285.757 1 6.98 ? N2 GTP 501 J 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . Y 3 231.925 383.957 283.873 1 6.92 ? N3 GTP 501 J 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . Y 3 231.25 383.553 282.781 1 6.95 ? C4 GTP 501 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 22 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 45 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 32 #