data_6DPW # _model_server_result.job_id y9BV-T9n13voX4WRe3vfQA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 16:12:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6dpw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6DPW # _exptl.entry_id 6DPW _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6DPW _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6DPW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 M N N ? 3 P N N ? 3 S N N ? 3 Y N N ? 3 AA N N ? 3 CA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 71 A GLU 71 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc2 M O1G GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? metalc ? metalc3 M O1B GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc4 C OE2 GLU 71 C GLU 71 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc5 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc6 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc7 E OE2 GLU 71 E GLU 71 1_555 T MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? metalc ? metalc8 S O1G GTP . E GTP 501 1_555 T MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc9 S O1B GTP . E GTP 501 1_555 T MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc10 J OE2 GLU 71 J GLU 71 1_555 Z MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc11 Y O1G GTP . J GTP 501 1_555 Z MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc12 Y O1B GTP . J GTP 501 1_555 Z MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc13 K OE2 GLU 71 K GLU 71 1_555 BA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc14 AA O1G GTP . K GTP 501 1_555 BA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc15 AA O1B GTP . K GTP 501 1_555 BA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc16 L OE2 GLU 71 L GLU 71 1_555 DA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc17 CA O1G GTP . L GTP 501 1_555 DA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc18 CA O1B GTP . L GTP 501 1_555 DA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 179 n n PG O2G GTP sing 180 n n PG O3G GTP sing 181 n n PG O3B GTP sing 182 n n O2G HOG2 GTP sing 183 n n O3G HOG3 GTP sing 184 n n O3B PB GTP sing 185 n n PB O1B GTP doub 186 n n PB O2B GTP sing 187 n n PB O3A GTP sing 188 n n O2B HOB2 GTP sing 189 n n O3A PA GTP sing 190 n n PA O1A GTP doub 191 n n PA O2A GTP sing 192 n n PA O5' GTP sing 193 n n O2A HOA2 GTP sing 194 n n O5' C5' GTP sing 195 n n C5' C4' GTP sing 196 n n C5' H5' GTP sing 197 n n C5' "H5''" GTP sing 198 n n C4' O4' GTP sing 199 n n C4' C3' GTP sing 200 n n C4' H4' GTP sing 201 n n O4' C1' GTP sing 202 n n C3' O3' GTP sing 203 n n C3' C2' GTP sing 204 n n C3' H3' GTP sing 205 n n O3' HO3' GTP sing 206 n n C2' O2' GTP sing 207 n n C2' C1' GTP sing 208 n n C2' H2' GTP sing 209 n n O2' HO2' GTP sing 210 n n C1' N9 GTP sing 211 n n C1' H1' GTP sing 212 n n N9 C8 GTP sing 213 n y N9 C4 GTP sing 214 n y C8 N7 GTP doub 215 n y C8 H8 GTP sing 216 n n N7 C5 GTP sing 217 n y C5 C6 GTP sing 218 n n C5 C4 GTP doub 219 n y C6 O6 GTP doub 220 n n C6 N1 GTP sing 221 n n N1 C2 GTP sing 222 n n N1 HN1 GTP sing 223 n n C2 N2 GTP sing 224 n n C2 N3 GTP doub 225 n n N2 HN21 GTP sing 226 n n N2 HN22 GTP sing 227 n n N3 C4 GTP sing 228 n n # _atom_sites.entry_id 6DPW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 GTP A 1 501 501 GTP GTP . N 4 MG A 1 502 502 MG MG . O 5 GSP B 1 501 501 GSP GSP . P 3 GTP C 1 501 501 GTP GTP . Q 4 MG C 1 502 502 MG MG . R 5 GSP D 1 501 501 GSP GSP . S 3 GTP E 1 501 501 GTP GTP . T 4 MG E 1 502 502 MG MG . U 5 GSP F 1 501 501 GSP GSP . V 5 GSP G 1 501 501 GSP GSP . W 5 GSP H 1 501 501 GSP GSP . X 5 GSP I 1 501 501 GSP GSP . Y 3 GTP J 1 501 501 GTP GTP . Z 4 MG J 1 502 502 MG MG . AA 3 GTP K 1 501 501 GTP GTP . BA 4 MG K 1 502 502 MG MG . CA 3 GTP L 1 501 501 GTP GTP . DA 4 MG L 1 502 502 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . Y 3 287.597 448.921 422.952 1 31.56 ? PG GTP 501 J 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . Y 3 288.521 447.898 422.333 1 31.63 ? O1G GTP 501 J 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . Y 3 286.191 448.387 423 1 32.34 ? O2G GTP 501 J 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . Y 3 287.704 450.309 422.385 1 31.38 ? O3G GTP 501 J 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . Y 3 287.968 449.173 424.499 1 30.83 ? O3B GTP 501 J 1 HETATM 6 P PB GTP . . . Y 3 288.963 448.266 425.372 1 30.49 ? PB GTP 501 J 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . Y 3 288.956 446.819 424.939 1 31.15 ? O1B GTP 501 J 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . Y 3 288.611 448.475 426.821 1 30.77 ? O2B GTP 501 J 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . Y 3 290.409 448.862 425.045 1 30.42 ? O3A GTP 501 J 1 HETATM 10 P PA GTP . . . Y 3 291.733 448.501 425.877 1 30.45 ? PA GTP 501 J 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . Y 3 292.576 447.674 424.932 1 30.34 ? O1A GTP 501 J 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . Y 3 291.404 447.879 427.216 1 30.17 ? O2A GTP 501 J 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . Y 3 292.33 449.986 426.075 1 29.32 ? O5' GTP 501 J 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . Y 3 293.615 450.425 425.638 1 28.26 ? C5' GTP 501 J 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . Y 3 294.366 451 426.824 1 27.55 ? C4' GTP 501 J 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . Y 3 294.592 449.952 427.779 1 26.3 ? O4' GTP 501 J 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . Y 3 295.725 451.536 426.396 1 27.12 ? C3' GTP 501 J 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . Y 3 296.09 452.644 427.229 1 27.08 ? O3' GTP 501 J 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . Y 3 296.604 450.329 426.626 1 26.59 ? C2' GTP 501 J 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . Y 3 297.971 450.7 426.831 1 26.74 ? O2' GTP 501 J 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . Y 3 295.999 449.721 427.882 1 25.67 ? C1' GTP 501 J 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . Y 3 296.254 448.27 427.942 1 24.21 ? N9 GTP 501 J 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . Y 3 295.775 447.344 427.101 1 23.75 ? C8 GTP 501 J 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . Y 3 296.166 446.105 427.489 1 23.27 ? N7 GTP 501 J 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . Y 3 296.881 446.228 428.615 1 22.95 ? C5 GTP 501 J 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . Y 3 297.582 445.322 429.556 1 22.64 ? C6 GTP 501 J 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . Y 3 297.601 444.095 429.382 1 22.7 ? O6 GTP 501 J 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . Y 3 298.198 445.85 430.611 1 22.87 ? N1 GTP 501 J 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . Y 3 298.209 447.18 430.829 1 23.34 ? C2 GTP 501 J 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . Y 3 298.85 447.657 431.923 1 23.7 ? N2 GTP 501 J 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . Y 3 297.579 448.073 430.017 1 23.41 ? N3 GTP 501 J 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . Y 3 296.912 447.661 428.918 1 23.43 ? C4 GTP 501 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 54 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 32 #