data_6DW7
#
_model_server_result.job_id            EEzRsddBbZkbISNLEQc95A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 15:41:17' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6dw7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    6DW7 
#
_exptl.entry_id    6DW7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          113.67 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6DW7 
_cell.length_a            84.546 
_cell.length_b            146.372 
_cell.length_c            98.929 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6DW7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 L N N 
? 4 Q N N 
? 4 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O THR 38 A THR 114 1_555 J NA NA . A NA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 235 A ASP 311 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? 
metalc ? metalc3 E O1G DTP . A DTP 701 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc4 E O1B DTP . A DTP 701 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 702 1_555 G O1A GTP . A GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 702 1_555 G O1B GTP . A GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc7 F MG MG . A MG 702 1_555 G O1G GTP . A GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? 
metalc ? metalc8 F MG MG . A MG 702 1_555 M O1B DTP . B DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc9 F MG MG . A MG 702 1_555 M O3G DTP . B DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc10 I NA NA . A NA 705 1_555 W O HOH . A HOH 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc11 J NA NA . A NA 706 1_555 W O HOH . A HOH 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . B MG 701 1_555 L O2B GTP . B GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 701 1_555 L O2A GTP . B GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 701 1_555 L O2G GTP . B GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.65 sing 
metalc ? metalc15 C O GLN 434 C GLN 510 1_555 S NA NA . C NA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc16 C O LYS 436 C LYS 512 1_555 S NA NA . C NA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? 
metalc ? metalc17 N O3G DTP . C DTP 701 1_555 O MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc18 N O2B DTP . C DTP 701 1_555 O MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc19 O MG MG . C MG 702 1_555 T O1G GTP . D GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.814 ? 
metalc ? metalc20 O MG MG . C MG 702 1_555 T O1B GTP . D GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc21 O MG MG . C MG 702 1_555 T O3A GTP . D GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc22 P MG MG . C MG 703 1_555 Q O2A GTP . C GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc23 P MG MG . C MG 703 1_555 Q O2B GTP . C GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc24 P MG MG . C MG 703 1_555 Q O2G GTP . C GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.689 sing 
metalc ? metalc25 P MG MG . C MG 703 1_555 U O1G DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc26 P MG MG . C MG 703 1_555 U O2B DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 177 n n 
PG O2G GTP sing 178 n n 
PG O3G GTP sing 179 n n 
PG O3B GTP sing 180 n n 
O2G HOG2 GTP sing 181 n n 
O3G HOG3 GTP sing 182 n n 
O3B PB GTP sing 183 n n 
PB O1B GTP doub 184 n n 
PB O2B GTP sing 185 n n 
PB O3A GTP sing 186 n n 
O2B HOB2 GTP sing 187 n n 
O3A PA GTP sing 188 n n 
PA O1A GTP doub 189 n n 
PA O2A GTP sing 190 n n 
PA O5' GTP sing 191 n n 
O2A HOA2 GTP sing 192 n n 
O5' C5' GTP sing 193 n n 
C5' C4' GTP sing 194 n n 
C5' H5' GTP sing 195 n n 
C5' "H5''" GTP sing 196 n n 
C4' O4' GTP sing 197 n n 
C4' C3' GTP sing 198 n n 
C4' H4' GTP sing 199 n n 
O4' C1' GTP sing 200 n n 
C3' O3' GTP sing 201 n n 
C3' C2' GTP sing 202 n n 
C3' H3' GTP sing 203 n n 
O3' HO3' GTP sing 204 n n 
C2' O2' GTP sing 205 n n 
C2' C1' GTP sing 206 n n 
C2' H2' GTP sing 207 n n 
O2' HO2' GTP sing 208 n n 
C1' N9 GTP sing 209 n n 
C1' H1' GTP sing 210 n n 
N9 C8 GTP sing 211 n y 
N9 C4 GTP sing 212 n y 
C8 N7 GTP doub 213 n y 
C8 H8 GTP sing 214 n n 
N7 C5 GTP sing 215 n y 
C5 C6 GTP sing 216 n n 
C5 C4 GTP doub 217 n y 
C6 O6 GTP doub 218 n n 
C6 N1 GTP sing 219 n n 
N1 C2 GTP sing 220 n n 
N1 HN1 GTP sing 221 n n 
C2 N2 GTP sing 222 n n 
C2 N3 GTP doub 223 n n 
N2 HN21 GTP sing 224 n n 
N2 HN22 GTP sing 225 n n 
N3 C4 GTP sing 226 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6DW7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011828 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005186 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006832 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011037 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DTP A 1 701 800 DTP DTP . 
F 3 MG A 1 702 850 MG MG . 
G 4 GTP A 1 703 900 GTP GTP . 
H 5 GLY A 1 704 2 GLY GLY . 
I 6 NA A 1 705 2 NA NA . 
J 6 NA A 1 706 3 NA NA . 
K 3 MG B 1 701 850 MG MG . 
L 4 GTP B 1 702 900 GTP GTP . 
M 2 DTP B 1 703 800 DTP DTP . 
N 2 DTP C 1 701 800 DTP DTP . 
O 3 MG C 1 702 850 MG MG . 
P 3 MG C 1 703 850 MG MG . 
Q 4 GTP C 1 704 900 GTP GTP . 
R 5 GLY C 1 705 1 GLY GLY . 
S 6 NA C 1 706 1 NA NA . 
T 4 GTP D 1 701 900 GTP GTP . 
U 2 DTP D 1 702 800 DTP DTP . 
V 7 PO4 D 1 703 1 PO4 PO4 . 
W 8 HOH A 1 801 29 HOH HOH . 
W 8 HOH A 2 802 35 HOH HOH . 
W 8 HOH A 3 803 22 HOH HOH . 
W 8 HOH A 4 804 21 HOH HOH . 
W 8 HOH A 5 805 19 HOH HOH . 
W 8 HOH A 6 806 53 HOH HOH . 
W 8 HOH A 7 807 20 HOH HOH . 
W 8 HOH A 8 808 31 HOH HOH . 
W 8 HOH A 9 809 56 HOH HOH . 
W 8 HOH A 10 810 7 HOH HOH . 
W 8 HOH A 11 811 54 HOH HOH . 
W 8 HOH A 12 812 55 HOH HOH . 
W 8 HOH A 13 813 3 HOH HOH . 
W 8 HOH A 14 814 52 HOH HOH . 
X 8 HOH B 1 801 14 HOH HOH . 
X 8 HOH B 2 802 9 HOH HOH . 
X 8 HOH B 3 803 38 HOH HOH . 
X 8 HOH B 4 804 2 HOH HOH . 
X 8 HOH B 5 805 8 HOH HOH . 
X 8 HOH B 6 806 15 HOH HOH . 
X 8 HOH B 7 807 30 HOH HOH . 
X 8 HOH B 8 808 28 HOH HOH . 
X 8 HOH B 9 809 37 HOH HOH . 
X 8 HOH B 10 810 25 HOH HOH . 
X 8 HOH B 11 811 42 HOH HOH . 
X 8 HOH B 12 812 12 HOH HOH . 
X 8 HOH B 13 813 57 HOH HOH . 
X 8 HOH B 14 814 1 HOH HOH . 
X 8 HOH B 15 815 48 HOH HOH . 
X 8 HOH B 16 816 44 HOH HOH . 
X 8 HOH B 17 817 46 HOH HOH . 
X 8 HOH B 18 818 16 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 1 801 4 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 2 802 43 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 3 803 18 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 4 804 34 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 5 805 32 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 6 806 11 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 7 807 13 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 8 808 50 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 9 809 17 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 10 810 26 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 11 811 24 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 12 812 45 HOH HOH . 
Y 8 HOH C 13 813 49 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 1 801 39 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 2 802 40 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 3 803 36 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 4 804 51 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 5 805 33 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 6 806 27 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 7 807 58 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 8 808 60 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 9 809 47 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 10 810 41 HOH HOH . 
Z 8 HOH D 11 811 59 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . G 4 27.871 19.991 -0.422 1 45.17 ? PG GTP 703 A 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . G 4 27.862 19.25 -1.727 1 52.75 ? O1G GTP 703 A 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . G 4 26.527 20.684 -0.166 1 40.81 ? O2G GTP 703 A 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . G 4 29.193 20.673 -0.172 1 44.65 ? O3G GTP 703 A 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . G 4 27.937 18.931 0.79 1 44.23 ? O3B GTP 703 A 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . G 4 28.729 17.531 0.813 1 40.57 ? PB GTP 703 A 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . G 4 29.171 17.07 -0.568 1 36.06 ? O1B GTP 703 A 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . G 4 29.651 17.537 1.984 1 39.25 ? O2B GTP 703 A 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . G 4 27.409 16.759 1.296 1 42.13 ? O3A GTP 703 A 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . G 4 26.144 16.464 0.32 1 39.05 ? PA GTP 703 A 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . G 4 26.557 16.76 -1.113 1 37.99 ? O1A GTP 703 A 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . G 4 24.871 17.039 0.844 1 33.96 ? O2A GTP 703 A 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . G 4 26.056 14.864 0.581 1 40.91 ? O5' GTP 703 A 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . G 4 26.609 13.96 -0.396 1 39.57 ? C5' GTP 703 A 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . G 4 25.576 13.439 -1.378 1 35.16 ? C4' GTP 703 A 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . G 4 24.606 12.664 -0.692 1 36.31 ? O4' GTP 703 A 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . G 4 24.77 14.531 -2.112 1 36.09 ? C3' GTP 703 A 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . G 4 25.525 14.994 -3.22 1 29.01 ? O3' GTP 703 A 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . G 4 23.476 13.83 -2.513 1 40.13 ? C2' GTP 703 A 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . G 4 23.489 13.314 -3.871 1 40.1 ? O2' GTP 703 A 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . G 4 23.43 12.655 -1.509 1 41.23 ? C1' GTP 703 A 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . G 4 22.252 12.705 -0.628 1 38.2 ? N9 GTP 703 A 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . G 4 21.496 11.659 -0.36 1 40.53 ? C8 GTP 703 A 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . G 4 20.46 12.006 0.439 1 46.82 ? N7 GTP 703 A 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . G 4 20.56 13.299 0.7 1 46.05 ? C5 GTP 703 A 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . G 4 19.809 14.277 1.497 1 45.49 ? C6 GTP 703 A 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . G 4 18.816 13.935 2.154 1 44.92 ? O6 GTP 703 A 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . G 4 20.252 15.534 1.493 1 46.43 ? N1 GTP 703 A 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . G 4 21.34 15.908 0.803 1 45.03 ? C2 GTP 703 A 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . G 4 21.747 17.172 0.809 1 47.92 ? N2 GTP 703 A 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . G 4 22.092 15.074 0.081 1 50.29 ? N3 GTP 703 A 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . G 4 21.751 13.762 -0.018 1 46.49 ? C4 GTP 703 A 1 
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