data_6E1O # _model_server_result.job_id XCxlCqGLVlh7E9bzB_Xa4Q _model_server_result.datetime_utc '2024-10-28 02:40:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6e1o # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":805}' # _entry.id 6E1O # _exptl.entry_id 6E1O _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 170.335 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description DODECANE _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6E1O _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6E1O _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 1' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 445 B GLU 445 1_555 C CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 445 B GLU 445 1_555 C CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.068 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 445 B GLU 445 1_555 D CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 511 B ASP 511 1_555 C CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 514 B GLU 514 1_555 C CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 514 B GLU 514 1_555 D CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.061 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 547 B ASP 547 1_555 C CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc8 B OE1 GLU 445 A GLU 445 1_555 L CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc9 B OE2 GLU 445 A GLU 445 1_555 L CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.068 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 445 A GLU 445 1_555 M CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASP 511 A ASP 511 1_555 L CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? metalc ? metalc12 B OE2 GLU 514 A GLU 514 1_555 L CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc13 B OE1 GLU 514 A GLU 514 1_555 M CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.061 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 547 A ASP 547 1_555 L CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? # _chem_comp.formula 'C12 H26' _chem_comp.formula_weight 170.335 _chem_comp.id D12 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name DODECANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 D12 sing 169 n n C1 H11 D12 sing 170 n n C1 H12 D12 sing 171 n n C1 H13 D12 sing 172 n n C2 C3 D12 sing 173 n n C2 H21 D12 sing 174 n n C2 H22 D12 sing 175 n n C3 C4 D12 sing 176 n n C3 H31 D12 sing 177 n n C3 H32 D12 sing 178 n n C4 C5 D12 sing 179 n n C4 H41 D12 sing 180 n n C4 H42 D12 sing 181 n n C5 C6 D12 sing 182 n n C5 H51 D12 sing 183 n n C5 H52 D12 sing 184 n n C6 C7 D12 sing 185 n n C6 H61 D12 sing 186 n n C6 H62 D12 sing 187 n n C7 C8 D12 sing 188 n n C7 H71 D12 sing 189 n n C7 H72 D12 sing 190 n n C8 C9 D12 sing 191 n n C8 H81 D12 sing 192 n n C8 H82 D12 sing 193 n n C9 C10 D12 sing 194 n n C9 H91 D12 sing 195 n n C9 H92 D12 sing 196 n n C10 C11 D12 sing 197 n n C10 H101 D12 sing 198 n n C10 H102 D12 sing 199 n n C11 C12 D12 sing 200 n n C11 H111 D12 sing 201 n n C11 H112 D12 sing 202 n n C12 H121 D12 sing 203 n n C12 H122 D12 sing 204 n n C12 H123 D12 sing 205 n n # _atom_sites.entry_id 6E1O _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA B 1 801 801 CA CA . D 2 CA B 1 802 802 CA CA . E 3 D12 B 1 803 803 D12 D12 . F 3 D12 B 1 804 804 D12 D12 . G 3 D12 B 1 805 805 D12 D12 . H 3 D12 B 1 806 806 D12 D12 . I 4 D10 B 1 807 807 D10 D10 . J 5 8K6 B 1 808 808 8K6 8K6 . K 6 HEX B 1 809 809 HEX HEX . L 2 CA A 1 801 801 CA CA . M 2 CA A 1 802 802 CA CA . N 3 D12 A 1 803 803 D12 D12 . O 3 D12 A 1 804 804 D12 D12 . P 3 D12 A 1 805 805 D12 D12 . Q 3 D12 A 1 806 806 D12 D12 . R 4 D10 A 1 807 807 D10 D10 . S 5 8K6 A 1 808 808 8K6 8K6 . T 6 HEX A 1 809 809 HEX HEX . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 D12 . . . P 3 132.922 160.47 138.855 1 61.76 ? C1 D12 805 A 1 HETATM 2 C C2 D12 . . . P 3 133.14 160.793 140.309 1 61.76 ? C2 D12 805 A 1 HETATM 3 C C3 D12 . . . P 3 131.837 160.683 141.059 1 61.76 ? C3 D12 805 A 1 HETATM 4 C C4 D12 . . . P 3 130.994 161.877 140.709 1 61.76 ? C4 D12 805 A 1 HETATM 5 C C5 D12 . . . P 3 129.984 162.029 141.808 1 61.76 ? C5 D12 805 A 1 HETATM 6 C C6 D12 . . . P 3 130.693 162.764 142.898 1 61.76 ? C6 D12 805 A 1 HETATM 7 C C7 D12 . . . P 3 129.853 162.611 144.127 1 61.76 ? C7 D12 805 A 1 HETATM 8 C C8 D12 . . . P 3 130.802 162.537 145.291 1 61.76 ? C8 D12 805 A 1 HETATM 9 C C9 D12 . . . P 3 129.965 162.735 146.518 1 61.76 ? C9 D12 805 A 1 HETATM 10 C C10 D12 . . . P 3 130.675 162.08 147.668 1 61.76 ? C10 D12 805 A 1 HETATM 11 C C11 D12 . . . P 3 129.606 161.581 148.604 1 61.76 ? C11 D12 805 A 1 HETATM 12 C C12 D12 . . . P 3 130.193 161.472 149.978 1 61.76 ? C12 D12 805 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 338 _model_server_stats.encode_time_ms 17 _model_server_stats.element_count 12 #