data_6E5B
#
_model_server_result.job_id            Y5ZrDk2BiO9yu5DMiF_z0w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 10:48:13' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6e5b 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"OA","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    6E5B 
#
_exptl.entry_id    6E5B 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          16 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          106.82 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6E5B 
_cell.length_a            118.573 
_cell.length_b            203.142 
_cell.length_c            161.487 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6E5B 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    28-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      28 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 16 DA N N 
? 16 EA N N 
? 16 FA N N 
? 16 GA N N 
? 16 IA N N 
? 16 KA N N 
? 16 LA N N 
? 16 NA N N 
? 16 OA N N 
? 16 PA N N 
? 16 SA N N 
? 16 UA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 K OG1 THR 73 K THR 1 1_555 HA B HUJ . K HUJ 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? 
covale ? covale2 N OG1 THR 21 N THR 1 1_555 MA B HUJ . N HUJ 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? 
covale ? covale3 Y OG1 THR 73 Y THR 1 1_555 QA B HUJ . Y HUJ 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? 
covale ? covale4 BA OG1 THR 21 b THR 1 1_555 TA B HUJ . b HUJ 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? 
metalc ? metalc1 G OG1 THR 14 G THR 14 1_555 DA NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc2 G O TYR 125 G TYR 125 1_555 DA NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc3 G O ASN 128 G ASN 128 1_555 DA NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc4 G O MET 131 G MET 131 1_555 DA NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc5 H O ILE 202 H ILE 163 1_555 EA NA NA . H NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc6 H O ASP 205 H ASP 166 1_555 EA NA NA . H NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc7 H O SER 208 H SER 169 1_555 EA NA NA . H NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc8 EA NA NA . H NA 301 1_555 Z OXT ASP 241 Z ASP 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc9 I O VAL 175 I VAL 175 1_555 FA NA NA . I NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc10 I O ASP 178 I ASP 178 1_555 FA NA NA . I NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc11 I O SER 181 I SER 181 1_555 FA NA NA . I NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc12 I O ASP 205 I ASP 205 1_555 GA NA NA . I NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc13 GA NA NA . I NA 302 1_555 Y O THR 236 Y THR 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc14 GA NA NA . I NA 302 1_555 Y O ASP 239 Y ASP 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc15 GA NA NA . I NA 302 1_555 Y O SER 242 Y SER 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc16 K O THR 236 K THR 164 1_555 IA NA NA . K NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc17 K O ASP 239 K ASP 167 1_555 IA NA NA . K NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc18 K O SER 242 K SER 170 1_555 IA NA NA . K NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc19 IA NA NA . K NA 902 1_555 CB O HOH . K HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc20 IA NA NA . K NA 902 1_555 W O ASP 205 W ASP 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc21 L O ALA 211 L ALA 183 1_555 KA NA NA . L NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc22 L O ASP 214 L ASP 186 1_555 KA NA NA . L NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc23 L O THR 217 L THR 189 1_555 KA NA NA . L NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc24 L OXT ASP 241 L ASP 213 1_555 LA NA NA . L NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc25 LA NA NA . L NA 303 1_555 V O ILE 202 V ILE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc26 LA NA NA . L NA 303 1_555 V O ASP 205 V ASP 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc27 LA NA NA . L NA 303 1_555 V O SER 208 V SER 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc28 N O MET 183 N MET 163 1_555 NA NA NA . N NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc29 N O ASP 186 N ASP 166 1_555 NA NA NA . N NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc30 N O SER 189 N SER 169 1_555 NA NA NA . N NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc31 U OG1 THR 14 U THR 14 1_555 OA NA NA . U NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc32 U O TYR 125 U TYR 125 1_555 OA NA NA . U NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc33 U O ASN 128 U ASN 128 1_555 OA NA NA . U NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc34 U O MET 131 U MET 131 1_555 OA NA NA . U NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc35 W O VAL 175 W VAL 175 1_555 PA NA NA . W NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc36 W O ASP 178 W ASP 178 1_555 PA NA NA . W NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc37 W O SER 181 W SER 181 1_555 PA NA NA . W NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc38 Z O ALA 211 Z ALA 183 1_555 SA NA NA . Z NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc39 Z O ASP 214 Z ASP 186 1_555 SA NA NA . Z NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc40 Z O THR 217 Z THR 189 1_555 SA NA NA . Z NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc41 BA O MET 183 b MET 163 1_555 UA NA NA . b NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc42 BA O ASP 186 b ASP 166 1_555 UA NA NA . b NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc43 BA O SER 189 b SER 169 1_555 UA NA NA . b NA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc44 UA NA NA . b NA 902 1_555 TB O HOH . b HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6E5B 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008434 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002549 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004923 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006469 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
CA 15 SCN E 1 301 1 SCN SCN . 
DA 16 NA G 1 301 21 NA NA . 
EA 16 NA H 1 301 19 NA NA . 
FA 16 NA I 1 301 5 NA NA . 
GA 16 NA I 1 302 3 NA NA . 
HA 17 HUJ K 1 901 901 HUJ INX . 
IA 16 NA K 1 902 4 NA NA . 
JA 15 SCN L 1 301 10 SCN SCN . 
KA 16 NA L 1 302 7 NA NA . 
LA 16 NA L 1 303 20 NA NA . 
MA 17 HUJ N 1 901 901 HUJ INX . 
NA 16 NA N 1 902 1 NA NA . 
OA 16 NA U 1 301 26 NA NA . 
PA 16 NA W 1 301 6 NA NA . 
QA 17 HUJ Y 1 901 901 HUJ INX . 
RA 15 SCN Z 1 301 9 SCN SCN . 
SA 16 NA Z 1 302 8 NA NA . 
TA 17 HUJ b 1 901 901 HUJ INX . 
UA 16 NA b 1 902 2 NA NA . 
VA 18 HOH B 1 301 466 HOH HOH . 
VA 18 HOH B 2 302 484 HOH HOH . 
WA 18 HOH C 1 301 43 HOH HOH . 
XA 18 HOH E 1 401 475 HOH HOH . 
YA 18 HOH F 1 301 481 HOH HOH . 
ZA 18 HOH H 1 401 25 HOH HOH . 
ZA 18 HOH H 2 402 9 HOH HOH . 
AB 18 HOH I 1 401 450 HOH HOH . 
AB 18 HOH I 2 402 90 HOH HOH . 
AB 18 HOH I 3 403 269 HOH HOH . 
AB 18 HOH I 4 404 482 HOH HOH . 
BB 18 HOH J 1 301 254 HOH HOH . 
CB 18 HOH K 1 1001 452 HOH HOH . 
CB 18 HOH K 2 1002 245 HOH HOH . 
CB 18 HOH K 3 1003 474 HOH HOH . 
CB 18 HOH K 4 1004 453 HOH HOH . 
DB 18 HOH L 1 401 454 HOH HOH . 
DB 18 HOH L 2 402 483 HOH HOH . 
EB 18 HOH M 1 301 137 HOH HOH . 
EB 18 HOH M 2 302 478 HOH HOH . 
EB 18 HOH M 3 303 149 HOH HOH . 
EB 18 HOH M 4 304 79 HOH HOH . 
FB 18 HOH N 1 1001 460 HOH HOH . 
FB 18 HOH N 2 1002 469 HOH HOH . 
FB 18 HOH N 3 1003 457 HOH HOH . 
GB 18 HOH O 1 301 28 HOH HOH . 
HB 18 HOH P 1 301 317 HOH HOH . 
HB 18 HOH P 2 302 473 HOH HOH . 
IB 18 HOH Q 1 301 468 HOH HOH . 
JB 18 HOH R 1 301 148 HOH HOH . 
JB 18 HOH R 2 302 480 HOH HOH . 
JB 18 HOH R 3 303 476 HOH HOH . 
JB 18 HOH R 4 304 479 HOH HOH . 
KB 18 HOH S 1 301 389 HOH HOH . 
KB 18 HOH S 2 302 383 HOH HOH . 
KB 18 HOH S 3 303 464 HOH HOH . 
KB 18 HOH S 4 304 472 HOH HOH . 
LB 18 HOH T 1 301 23 HOH HOH . 
LB 18 HOH T 2 302 467 HOH HOH . 
MB 18 HOH U 1 401 268 HOH HOH . 
NB 18 HOH V 1 401 458 HOH HOH . 
NB 18 HOH V 2 402 447 HOH HOH . 
NB 18 HOH V 3 403 471 HOH HOH . 
NB 18 HOH V 4 404 100 HOH HOH . 
NB 18 HOH V 5 405 456 HOH HOH . 
OB 18 HOH W 1 401 477 HOH HOH . 
OB 18 HOH W 2 402 57 HOH HOH . 
OB 18 HOH W 3 403 470 HOH HOH . 
PB 18 HOH X 1 301 465 HOH HOH . 
PB 18 HOH X 2 302 45 HOH HOH . 
PB 18 HOH X 3 303 174 HOH HOH . 
QB 18 HOH Y 1 1001 451 HOH HOH . 
QB 18 HOH Y 2 1002 459 HOH HOH . 
QB 18 HOH Y 3 1003 5 HOH HOH . 
QB 18 HOH Y 4 1004 461 HOH HOH . 
QB 18 HOH Y 5 1005 8 HOH HOH . 
RB 18 HOH Z 1 401 462 HOH HOH . 
RB 18 HOH Z 2 402 463 HOH HOH . 
RB 18 HOH Z 3 403 108 HOH HOH . 
RB 18 HOH Z 4 404 455 HOH HOH . 
SB 18 HOH a 1 301 238 HOH HOH . 
SB 18 HOH a 2 302 324 HOH HOH . 
TB 18 HOH b 1 1001 1 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         OA 
_atom_site.label_entity_id       16 
_atom_site.Cartn_x               -35.674 
_atom_site.Cartn_y               -14.462 
_atom_site.Cartn_z               65.202 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        60.75 
_atom_site.pdbx_formal_charge    1 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           301 
_atom_site.auth_asym_id          U 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              27 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    69 
_model_server_stats.query_time_ms           284 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#