data_6EB5 # _model_server_result.job_id -vyeQSCS9Gdrhm1Ei7C7PQ _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 04:55:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6eb5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":402}' # _entry.id 6EB5 # _exptl.entry_id 6EB5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 106.4 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6EB5 _cell.length_a 77.184 _cell.length_b 31.945 _cell.length_c 115.955 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6EB5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,I 1 1 B,F,G,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 129 B CYS 247 1_555 A SG CYS 138 B CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 129 A CYS 247 1_555 B SG CYS 138 A CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 19 B GLU 137 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 19 B GLU 137 1_555 E CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 82 B ASN 200 1_555 E CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 84 B GLU 202 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 84 B GLU 202 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 84 B GLU 202 1_555 E CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 118 B ASP 236 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc8 A O GLY 119 B GLY 237 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 120 B ASP 238 1_555 D CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 121 B ASP 239 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 121 B ASP 239 1_555 E CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc12 A O LEU 122 B LEU 240 1_555 D CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 169 B ASP 287 1_555 D CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 169 B ASP 287 1_555 D CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 171 B ASP 289 1_555 C CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc16 A OD2 ASP 171 B ASP 289 1_555 D CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLN 230 B GLN 348 1_555 D CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 19 A GLU 137 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 19 A GLU 137 1_555 H CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASN 82 A ASN 200 1_555 H CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc21 B OE1 GLU 84 A GLU 202 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 84 A GLU 202 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc23 B OE1 GLU 84 A GLU 202 1_555 H CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 118 A ASP 236 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc25 B O GLY 119 A GLY 237 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 120 A ASP 238 1_555 G CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 121 A ASP 239 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 121 A ASP 239 1_555 H CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc29 B O LEU 122 A LEU 240 1_555 G CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASP 169 A ASP 287 1_555 G CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc31 B OD2 ASP 169 A ASP 287 1_555 G CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 171 A ASP 289 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc33 B OD2 ASP 171 A ASP 289 1_555 G CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc34 B OE1 GLN 230 A GLN 348 1_555 G CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc35 G CA CA . A CA 402 1_555 J O HOH . A HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc36 H CA CA . A CA 403 1_555 J O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6EB5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012956 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003813 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.031304 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00899 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA B 1 401 4 CA CA . D 2 CA B 1 402 5 CA CA . E 2 CA B 1 403 8 CA CA . F 2 CA A 1 401 2 CA CA . G 2 CA A 1 402 3 CA CA . H 2 CA A 1 403 7 CA CA . I 3 HOH B 1 501 48 HOH HOH . I 3 HOH B 2 502 31 HOH HOH . I 3 HOH B 3 503 12 HOH HOH . I 3 HOH B 4 504 47 HOH HOH . I 3 HOH B 5 505 35 HOH HOH . I 3 HOH B 6 506 10 HOH HOH . I 3 HOH B 7 507 45 HOH HOH . I 3 HOH B 8 508 46 HOH HOH . I 3 HOH B 9 509 9 HOH HOH . I 3 HOH B 10 510 14 HOH HOH . I 3 HOH B 11 511 8 HOH HOH . I 3 HOH B 12 512 18 HOH HOH . I 3 HOH B 13 513 44 HOH HOH . I 3 HOH B 14 514 40 HOH HOH . I 3 HOH B 15 515 11 HOH HOH . J 3 HOH A 1 501 50 HOH HOH . J 3 HOH A 2 502 43 HOH HOH . J 3 HOH A 3 503 27 HOH HOH . J 3 HOH A 4 504 6 HOH HOH . J 3 HOH A 5 505 37 HOH HOH . J 3 HOH A 6 506 22 HOH HOH . J 3 HOH A 7 507 26 HOH HOH . J 3 HOH A 8 508 4 HOH HOH . J 3 HOH A 9 509 28 HOH HOH . J 3 HOH A 10 510 38 HOH HOH . J 3 HOH A 11 511 5 HOH HOH . J 3 HOH A 12 512 1 HOH HOH . J 3 HOH A 13 513 49 HOH HOH . J 3 HOH A 14 514 42 HOH HOH . J 3 HOH A 15 515 23 HOH HOH . J 3 HOH A 16 516 24 HOH HOH . J 3 HOH A 17 517 29 HOH HOH . J 3 HOH A 18 518 36 HOH HOH . J 3 HOH A 19 519 41 HOH HOH . J 3 HOH A 20 520 30 HOH HOH . J 3 HOH A 21 521 21 HOH HOH . J 3 HOH A 22 522 51 HOH HOH . J 3 HOH A 23 523 19 HOH HOH . J 3 HOH A 24 524 39 HOH HOH . J 3 HOH A 25 525 25 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 55.521 _atom_site.Cartn_y -12.065 _atom_site.Cartn_z 22.294 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 33.01 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 402 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 31 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 451 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #