data_6EVZ
#
_model_server_result.job_id            gXOnmVYDhPxrbul56ZIbXQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-04 16:03:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6evz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6EVZ 
#
_exptl.entry_id    6EVZ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6EVZ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6EVZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 Q N N 
? 4 U N N 
? 4 W N N 
? 4 Y N N 
? 4 AA N N 
? 4 CA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 Q O2G GTP . A GTP 501 1_555 R MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc2 Q O3B GTP . A GTP 501 1_555 R MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc3 Q O2B GTP . A GTP 501 1_555 R MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc4 Q O3A GTP . A GTP 501 1_555 R MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc5 Q O2A GTP . A GTP 501 1_555 R MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc6 U O2G GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc7 U O3B GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? 
metalc ? metalc8 U O2B GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc9 U O3A GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc10 U O2A GTP . E GTP 501 1_555 V MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? 
metalc ? metalc11 W O2G GTP . J GTP 501 1_555 X MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc12 W O3B GTP . J GTP 501 1_555 X MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? 
metalc ? metalc13 W O2B GTP . J GTP 501 1_555 X MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc14 W O3A GTP . J GTP 501 1_555 X MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc15 W O2A GTP . J GTP 501 1_555 X MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? 
metalc ? metalc16 Y O2G GTP . C GTP 501 1_555 Z MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc17 Y O3B GTP . C GTP 501 1_555 Z MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc18 Y O2B GTP . C GTP 501 1_555 Z MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc19 Y O3A GTP . C GTP 501 1_555 Z MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc20 AA O2G GTP . L GTP 501 1_555 BA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc21 AA O3B GTP . L GTP 501 1_555 BA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? 
metalc ? metalc22 AA O2B GTP . L GTP 501 1_555 BA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc23 AA O3A GTP . L GTP 501 1_555 BA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc24 AA O2A GTP . L GTP 501 1_555 BA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc25 CA O2G GTP . K GTP 501 1_555 DA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc26 CA O3B GTP . K GTP 501 1_555 DA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc27 CA O2B GTP . K GTP 501 1_555 DA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc28 CA O3A GTP . K GTP 501 1_555 DA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc29 CA O2A GTP . K GTP 501 1_555 DA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 174 n n 
PG O2G GTP sing 175 n n 
PG O3G GTP sing 176 n n 
PG O3B GTP sing 177 n n 
O2G HOG2 GTP sing 178 n n 
O3G HOG3 GTP sing 179 n n 
O3B PB GTP sing 180 n n 
PB O1B GTP doub 181 n n 
PB O2B GTP sing 182 n n 
PB O3A GTP sing 183 n n 
O2B HOB2 GTP sing 184 n n 
O3A PA GTP sing 185 n n 
PA O1A GTP doub 186 n n 
PA O2A GTP sing 187 n n 
PA O5' GTP sing 188 n n 
O2A HOA2 GTP sing 189 n n 
O5' C5' GTP sing 190 n n 
C5' C4' GTP sing 191 n n 
C5' H5' GTP sing 192 n n 
C5' "H5''" GTP sing 193 n n 
C4' O4' GTP sing 194 n n 
C4' C3' GTP sing 195 n n 
C4' H4' GTP sing 196 n n 
O4' C1' GTP sing 197 n n 
C3' O3' GTP sing 198 n n 
C3' C2' GTP sing 199 n n 
C3' H3' GTP sing 200 n n 
O3' HO3' GTP sing 201 n n 
C2' O2' GTP sing 202 n n 
C2' C1' GTP sing 203 n n 
C2' H2' GTP sing 204 n n 
O2' HO2' GTP sing 205 n n 
C1' N9 GTP sing 206 n n 
C1' H1' GTP sing 207 n n 
N9 C8 GTP sing 208 n y 
N9 C4 GTP sing 209 n y 
C8 N7 GTP doub 210 n y 
C8 H8 GTP sing 211 n n 
N7 C5 GTP sing 212 n y 
C5 C6 GTP sing 213 n n 
C5 C4 GTP doub 214 n y 
C6 O6 GTP doub 215 n n 
C6 N1 GTP sing 216 n n 
N1 C2 GTP sing 217 n n 
N1 HN1 GTP sing 218 n n 
C2 N2 GTP sing 219 n n 
C2 N3 GTP doub 220 n n 
N2 HN21 GTP sing 221 n n 
N2 HN22 GTP sing 222 n n 
N3 C4 GTP sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6EVZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 GDP F 1 501 430 GDP GDP . 
N 3 GDP G 1 501 430 GDP GDP . 
O 3 GDP D 1 501 430 GDP GDP . 
P 3 GDP I 1 501 430 GDP GDP . 
Q 4 GTP A 1 501 442 GTP GTP . 
R 5 MG A 1 502 443 MG MG . 
S 3 GDP B 1 501 430 GDP GDP . 
T 3 GDP H 1 501 430 GDP GDP . 
U 4 GTP E 1 501 442 GTP GTP . 
V 5 MG E 1 502 443 MG MG . 
W 4 GTP J 1 501 442 GTP GTP . 
X 5 MG J 1 502 443 MG MG . 
Y 4 GTP C 1 501 442 GTP GTP . 
Z 5 MG C 1 502 443 MG MG . 
AA 4 GTP L 1 501 442 GTP GTP . 
BA 5 MG L 1 502 443 MG MG . 
CA 4 GTP K 1 501 442 GTP GTP . 
DA 5 MG K 1 502 443 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . Y 4 75.351 48.131 143.764 1 60.39 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . Y 4 75.691 46.713 144.012 1 60.39 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . Y 4 76.38 49.115 144.301 1 60.39 ? O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . Y 4 73.982 48.531 144.296 1 60.39 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . Y 4 75.297 48.377 142.195 1 60.39 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . Y 4 76.381 48.183 141.047 1 60.39 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . Y 4 75.688 47.761 139.768 1 60.39 ? O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . Y 4 77.132 49.435 140.834 1 60.39 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . Y 4 77.382 47.023 141.47 1 60.39 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . Y 4 78.744 46.596 140.771 1 60.39 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . Y 4 78.596 46.928 139.3 1 60.39 ? O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . Y 4 79.85 47.378 141.347 1 60.39 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . Y 4 78.917 45.03 140.893 1 60.39 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . Y 4 80.159 44.348 141.15 1 60.39 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . Y 4 80.644 43.722 139.868 1 60.39 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . Y 4 81.278 44.728 139.044 1 60.39 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . Y 4 81.669 42.603 140.038 1 60.39 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . Y 4 81.441 41.566 139.092 1 60.39 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . Y 4 82.995 43.321 139.789 1 60.39 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . Y 4 83.991 42.433 139.299 1 60.39 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . Y 4 82.583 44.307 138.704 1 60.39 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . Y 4 83.45 45.491 138.623 1 60.39 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . Y 4 83.658 46.436 139.589 1 60.39 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . Y 4 84.496 47.375 139.222 1 60.39 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . Y 4 84.861 47.022 137.934 1 60.39 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . Y 4 85.752 47.643 137.009 1 60.39 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . Y 4 86.409 48.666 137.181 1 60.39 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . Y 4 85.836 46.95 135.821 1 60.39 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . Y 4 85.162 45.798 135.535 1 60.39 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . Y 4 85.377 45.25 134.339 1 60.39 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . Y 4 84.327 45.209 136.387 1 60.39 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . Y 4 84.225 45.867 137.554 1 60.39 ? C4 GTP 501 C 1 
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