data_6EX0
#
_model_server_result.job_id            NtfBiiDy2tqNB7ZITCSprw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 10:01:12' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6ex0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    6EX0 
#
_exptl.entry_id    6EX0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              683.14 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6EX0 
_cell.length_a            124.33 
_cell.length_b            124.33 
_cell.length_c            213.15 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6EX0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        98 
_symmetry.space_group_name_Hall    'I 4bw 2bw' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 41 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 5_655 -x+3/2,y,-z+3/4 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 186.495 0 159.8625 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F O HOH . A HOH 407 1_555 E FE FE2 . B FE2 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc2 B OE1 GLU 51 B GLU 51 1_555 E FE FE2 . B FE2 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc3 E FE FE2 . B FE2 302 1_555 G O HOH . B HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H18 N5 O20 P5' 
_chem_comp.formula_weight    683.14 
_chem_comp.id                0O2 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1G PG 0O2 doub 1 n n 
O2A PA 0O2 doub 2 n n 
PG O3B 0O2 sing 3 n n 
PG O2G 0O2 sing 4 n n 
PG O3G 0O2 sing 5 n n 
O3B PB 0O2 sing 6 n n 
O3A PA 0O2 sing 7 n n 
O3A PB 0O2 sing 8 n n 
O2B PB 0O2 doub 9 n n 
O1A PA 0O2 sing 10 n n 
PA O5' 0O2 sing 11 n n 
PB O1B 0O2 sing 12 n n 
O5' C5' 0O2 sing 13 n n 
C5' C4' 0O2 sing 14 n n 
C4' O4' 0O2 sing 15 n n 
C4' C3' 0O2 sing 16 n n 
O4' C1' 0O2 sing 17 n n 
O2C PC 0O2 doub 18 n n 
C8 N7 0O2 doub 19 n y 
C8 N9 0O2 sing 20 n y 
C3' C2' 0O2 sing 21 n n 
C3' O3' 0O2 sing 22 n n 
N7 C5 0O2 sing 23 n y 
C1' N9 0O2 sing 24 n n 
C1' C2' 0O2 sing 25 n n 
N9 C4 0O2 sing 26 n y 
C2' O2' 0O2 sing 27 n n 
O2D PD 0O2 doub 28 n n 
C5 C4 0O2 doub 29 n y 
C5 C6 0O2 sing 30 n n 
PC O3' 0O2 sing 31 n n 
PC O3C 0O2 sing 32 n n 
PC O1C 0O2 sing 33 n n 
C4 N3 0O2 sing 34 n n 
O6 C6 0O2 doub 35 n n 
C6 N1 0O2 sing 36 n n 
O1D PD 0O2 sing 37 n n 
O3C PD 0O2 sing 38 n n 
N3 C2 0O2 doub 39 n n 
PD O3D 0O2 sing 40 n n 
N1 C2 0O2 sing 41 n n 
C2 N2 0O2 sing 42 n n 
O1D H1 0O2 sing 43 n n 
O3D H2 0O2 sing 44 n n 
O2G H3 0O2 sing 45 n n 
O3G H4 0O2 sing 46 n n 
O1B H5 0O2 sing 47 n n 
O1A H6 0O2 sing 48 n n 
C5' H7 0O2 sing 49 n n 
C5' H8 0O2 sing 50 n n 
C4' H9 0O2 sing 51 n n 
C3' H10 0O2 sing 52 n n 
C2' H11 0O2 sing 53 n n 
O2' H12 0O2 sing 54 n n 
C1' H13 0O2 sing 55 n n 
C8 H14 0O2 sing 56 n n 
N2 H15 0O2 sing 57 n n 
N2 H16 0O2 sing 58 n n 
O1C H18 0O2 sing 59 n n 
N1 H19 0O2 sing 60 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6EX0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008043 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008043 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004692 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 0O2 A 1 301 231 0O2 PGP . 
D 2 0O2 B 1 301 231 0O2 PGP . 
E 3 FE2 B 1 302 1 FE2 FE2 . 
F 4 HOH A 1 401 17 HOH HOH . 
F 4 HOH A 2 402 22 HOH HOH . 
F 4 HOH A 3 403 25 HOH HOH . 
F 4 HOH A 4 404 11 HOH HOH . 
F 4 HOH A 5 405 24 HOH HOH . 
F 4 HOH A 6 406 10 HOH HOH . 
F 4 HOH A 7 407 2 HOH HOH . 
F 4 HOH A 8 408 3 HOH HOH . 
F 4 HOH A 9 409 26 HOH HOH . 
F 4 HOH A 10 410 1 HOH HOH . 
F 4 HOH A 11 411 18 HOH HOH . 
F 4 HOH A 12 412 5 HOH HOH . 
F 4 HOH A 13 413 8 HOH HOH . 
F 4 HOH A 14 414 14 HOH HOH . 
F 4 HOH A 15 415 13 HOH HOH . 
F 4 HOH A 16 416 19 HOH HOH . 
G 4 HOH B 1 401 9 HOH HOH . 
G 4 HOH B 2 402 6 HOH HOH . 
G 4 HOH B 3 403 7 HOH HOH . 
G 4 HOH B 4 404 16 HOH HOH . 
G 4 HOH B 5 405 4 HOH HOH . 
G 4 HOH B 6 406 23 HOH HOH . 
G 4 HOH B 7 407 20 HOH HOH . 
G 4 HOH B 8 408 12 HOH HOH . 
G 4 HOH B 9 409 15 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PD 0O2 . . . D 2 77.004 -17.437 91.804 1 212.23 ? PD 0O2 301 B 1 
HETATM 2 O O1D 0O2 . . . D 2 76.206 -17.517 93.029 1 216.66 ? O1D 0O2 301 B 1 
HETATM 3 O O2D 0O2 . . . D 2 76.014 -17.385 90.726 1 217.55 -1 O2D 0O2 301 B 1 
HETATM 4 O O3D 0O2 . . . D 2 77.617 -18.768 91.671 1 217.78 -1 O3D 0O2 301 B 1 
HETATM 5 P PG 0O2 . . . D 2 74.263 -19.762 89.913 1 181.29 ? PG 0O2 301 B 1 
HETATM 6 O O1G 0O2 . . . D 2 75.15 -20.916 90.034 1 181.16 -1 O1G 0O2 301 B 1 
HETATM 7 O O2G 0O2 . . . D 2 74.882 -18.904 88.909 1 182.42 -1 O2G 0O2 301 B 1 
HETATM 8 O O3G 0O2 . . . D 2 74.4 -19.016 91.159 1 183.27 ? O3G 0O2 301 B 1 
HETATM 9 P PB 0O2 . . . D 2 71.56 -18.958 89.586 1 171.45 ? PB 0O2 301 B 1 
HETATM 10 O O1B 0O2 . . . D 2 72.035 -17.793 88.846 1 173.49 ? O1B 0O2 301 B 1 
HETATM 11 O O2B 0O2 . . . D 2 70.419 -19.394 88.805 1 171.6 -1 O2B 0O2 301 B 1 
HETATM 12 O O3B 0O2 . . . D 2 72.694 -20.139 89.595 1 176.27 ? O3B 0O2 301 B 1 
HETATM 13 O O3A 0O2 . . . D 2 71.116 -18.514 91.133 1 167.86 ? O3A 0O2 301 B 1 
HETATM 14 P PA 0O2 . . . D 2 71.141 -16.928 91.694 1 160.63 ? PA 0O2 301 B 1 
HETATM 15 O O1A 0O2 . . . D 2 70.28 -16.711 92.869 1 157.38 -1 O1A 0O2 301 B 1 
HETATM 16 O O2A 0O2 . . . D 2 70.531 -15.997 90.733 1 163.57 ? O2A 0O2 301 B 1 
HETATM 17 O O5' 0O2 . . . D 2 72.744 -16.519 91.994 1 156.06 ? O5' 0O2 301 B 1 
HETATM 18 C C5' 0O2 . . . D 2 73.435 -15.967 90.878 1 155.67 ? C5' 0O2 301 B 1 
HETATM 19 C C4' 0O2 . . . D 2 73.99 -14.638 91.271 1 151.85 ? C4' 0O2 301 B 1 
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HETATM 23 C C2' 0O2 . . . D 2 75.415 -14.2 93.136 1 149.04 ? C2' 0O2 301 B 1 
HETATM 24 O O2' 0O2 . . . D 2 76.433 -13.131 93.093 1 155.63 ? O2' 0O2 301 B 1 
HETATM 25 C C1' 0O2 . . . D 2 74.098 -13.603 93.415 1 139.42 ? C1' 0O2 301 B 1 
HETATM 26 N N9 0O2 . . . D 2 73.582 -14.072 94.661 1 127.44 ? N9 0O2 301 B 1 
HETATM 27 C C8 0O2 . . . D 2 72.432 -14.491 94.711 1 126.65 ? C8 0O2 301 B 1 
HETATM 28 N N7 0O2 . . . D 2 72.149 -14.872 95.983 1 124.56 ? N7 0O2 301 B 1 
HETATM 29 C C5 0O2 . . . D 2 73.482 -14.55 96.683 1 122.03 ? C5 0O2 301 B 1 
HETATM 30 C C6 0O2 . . . D 2 73.973 -14.675 98.074 1 111.35 ? C6 0O2 301 B 1 
HETATM 31 O O6 0O2 . . . D 2 73.113 -15.19 99.06 1 100.72 ? O6 0O2 301 B 1 
HETATM 32 N N1 0O2 . . . D 2 75.357 -14.246 98.383 1 113.73 ? N1 0O2 301 B 1 
HETATM 33 C C2 0O2 . . . D 2 76.151 -13.759 97.432 1 112.07 ? C2 0O2 301 B 1 
HETATM 34 N N2 0O2 . . . D 2 77.528 -13.327 97.726 1 108.51 ? N2 0O2 301 B 1 
HETATM 35 N N3 0O2 . . . D 2 75.647 -13.624 95.979 1 119.54 ? N3 0O2 301 B 1 
HETATM 36 C C4 0O2 . . . D 2 74.301 -14.038 95.683 1 124.49 ? C4 0O2 301 B 1 
HETATM 37 P PC 0O2 . . . D 2 77.855 -14.644 91.197 1 173.36 ? PC 0O2 301 B 1 
HETATM 38 O O1C 0O2 . . . D 2 78.297 -13.691 92.219 1 164.92 ? O1C 0O2 301 B 1 
HETATM 39 O O2C 0O2 . . . D 2 78.65 -14.313 90.017 1 172.48 -1 O2C 0O2 301 B 1 
HETATM 40 O O3C 0O2 . . . D 2 78.117 -16.192 91.763 1 193.04 ? O3C 0O2 301 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
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_model_server_stats.query_time_ms           276 
_model_server_stats.encode_time_ms          11 
_model_server_stats.element_count           40 
#