data_6FA2
#
_model_server_result.job_id            QtR00lDRXuD05QW3T8GoVQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 15:05:33' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6fa2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":203}' 
#
_entry.id    6FA2 
#
_exptl.entry_id    6FA2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              463.526 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6FA2 
_cell.length_a            63.23 
_cell.length_b            117.215 
_cell.length_c            156.446 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6FA2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
? monomeric 1 author_defined_assembly 5 
? monomeric 1 author_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,G,H,I,Y 1 1 
B,J,K,L,Z 2 1 
C,M,N,O,AA 3 1 
D,P,Q,R,BA 4 1 
E,S,T,U,CA 5 1 
F,V,W,X,DA 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 I N N 
? 6 L N N 
? 6 O N N 
? 6 R N N 
? 6 U N N 
? 6 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG SER 17 A SER 17 1_555 G MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 35 A THR 35 1_555 G MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc3 G MG MG . A MG 201 1_555 H O2B GNP . A GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 201 1_555 H O2G GNP . A GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 201 1_555 Y O HOH . A HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 201 1_555 Y O HOH . A HOH 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc7 B OG SER 20 B SER 17 1_555 J MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc8 B OG1 THR 38 B THR 35 1_555 J MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc9 J MG MG . B MG 201 1_555 K O2G GNP . B GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc10 J MG MG . B MG 201 1_555 K O2B GNP . B GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc11 J MG MG . B MG 201 1_555 Z O HOH . B HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc12 J MG MG . B MG 201 1_555 Z O HOH . B HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc13 C OG SER 21 C SER 17 1_555 M MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc14 C OG1 THR 39 C THR 35 1_555 M MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc15 M MG MG . C MG 201 1_555 N O1G GNP . C GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc16 M MG MG . C MG 201 1_555 N O1B GNP . C GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc17 D OG SER 20 D SER 17 1_555 P MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? 
metalc ? metalc18 P MG MG . D MG 201 1_555 Q O2G GNP . D GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc19 P MG MG . D MG 201 1_555 Q O2B GNP . D GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc20 E OG SER 20 E SER 17 1_555 S MG MG . E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc21 E OG1 THR 38 E THR 35 1_555 S MG MG . E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc22 S MG MG . E MG 201 1_555 T O1G GNP . E GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? 
metalc ? metalc23 S MG MG . E MG 201 1_555 T O1B GNP . E GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc24 F OG SER 20 F SER 17 1_555 V MG MG . F MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc25 V MG MG . F MG 201 1_555 W O1B GNP . F GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? 
metalc ? metalc26 V MG MG . F MG 201 1_555 W O1G GNP . F GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
#
_chem_comp.formula           'C26 H29 N3 O5' 
_chem_comp.formula_weight    463.526 
_chem_comp.id                D2W 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C3 C2 D2W doub 83 n y 
C3 C6 D2W sing 84 n y 
C2 C1 D2W sing 85 n y 
O7 C6 D2W sing 86 n n 
O7 C8 D2W sing 87 n n 
C6 C5 D2W doub 88 n y 
C25 C24 D2W doub 89 n y 
C25 C26 D2W sing 90 n y 
C8 C9 D2W sing 91 n n 
C1 C4 D2W doub 92 n y 
C24 C15 D2W sing 93 n y 
O29 C26 D2W sing 94 n n 
O29 C30 D2W sing 95 n n 
C5 C4 D2W sing 96 n y 
C5 O10 D2W sing 97 n n 
C26 C27 D2W doub 98 n y 
C4 C16 D2W sing 99 n n 
C30 C31 D2W sing 100 n n 
C33 N32 D2W sing 101 n n 
O14 C13 D2W doub 102 n n 
C15 C13 D2W sing 103 n n 
C15 C28 D2W doub 104 n y 
O10 C9 D2W sing 105 n n 
C13 N12 D2W sing 106 n n 
C9 C11 D2W sing 107 n n 
C31 N32 D2W sing 108 n n 
C17 C16 D2W doub 109 n y 
C17 C18 D2W sing 110 n y 
C27 C28 D2W sing 111 n y 
C16 N21 D2W sing 112 n y 
N12 C11 D2W sing 113 n n 
N32 C34 D2W sing 114 n n 
C18 C19 D2W doub 115 n y 
N21 C20 D2W doub 116 n y 
C19 C20 D2W sing 117 n y 
C20 O22 D2W sing 118 n n 
O22 C23 D2W sing 119 n n 
C28 H1 D2W sing 120 n n 
C27 H2 D2W sing 121 n n 
C30 H3 D2W sing 122 n n 
C30 H4 D2W sing 123 n n 
C31 H5 D2W sing 124 n n 
C31 H6 D2W sing 125 n n 
C34 H8 D2W sing 126 n n 
C34 H9 D2W sing 127 n n 
C34 H10 D2W sing 128 n n 
C33 H11 D2W sing 129 n n 
C33 H12 D2W sing 130 n n 
C33 H13 D2W sing 131 n n 
C25 H14 D2W sing 132 n n 
C24 H15 D2W sing 133 n n 
N12 H16 D2W sing 134 n n 
C11 H17 D2W sing 135 n n 
C11 H18 D2W sing 136 n n 
C9 H19 D2W sing 137 n n 
C8 H20 D2W sing 138 n n 
C8 H21 D2W sing 139 n n 
C3 H22 D2W sing 140 n n 
C2 H23 D2W sing 141 n n 
C1 H24 D2W sing 142 n n 
C23 H25 D2W sing 143 n n 
C23 H26 D2W sing 144 n n 
C23 H27 D2W sing 145 n n 
C19 H28 D2W sing 146 n n 
C18 H29 D2W sing 147 n n 
C17 H30 D2W sing 148 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6FA2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.015815 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008531 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006392 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 MG A 1 201 202 MG MG . 
H 5 GNP A 1 202 201 GNP GNP . 
I 6 D2W A 1 203 205 D2W Ab5 . 
J 4 MG B 1 201 202 MG MG . 
K 5 GNP B 1 202 201 GNP GNP . 
L 6 D2W B 1 203 205 D2W Ab5 . 
M 4 MG C 1 201 202 MG MG . 
N 5 GNP C 1 202 201 GNP GNP . 
O 6 D2W C 1 203 205 D2W Ab5 . 
P 4 MG D 1 201 202 MG MG . 
Q 5 GNP D 1 202 201 GNP GNP . 
R 6 D2W D 1 203 205 D2W Ab5 . 
S 4 MG E 1 201 202 MG MG . 
T 5 GNP E 1 202 201 GNP GNP . 
U 6 D2W E 1 203 1 D2W Ab5 . 
V 4 MG F 1 201 202 MG MG . 
W 5 GNP F 1 202 201 GNP GNP . 
X 6 D2W F 1 203 205 D2W Ab5 . 
Y 7 HOH A 1 301 20 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 2 302 4 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 3 303 17 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 4 304 7 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 5 305 24 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 6 306 27 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 7 307 26 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 8 308 25 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 9 309 13 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 10 310 2 HOH HOH . 
Y 7 HOH A 11 311 8 HOH HOH . 
Z 7 HOH B 1 301 9 HOH HOH . 
Z 7 HOH B 2 302 12 HOH HOH . 
Z 7 HOH B 3 303 19 HOH HOH . 
Z 7 HOH B 4 304 1 HOH HOH . 
AA 7 HOH C 1 301 14 HOH HOH . 
AA 7 HOH C 2 302 23 HOH HOH . 
BA 7 HOH D 1 301 15 HOH HOH . 
BA 7 HOH D 2 302 10 HOH HOH . 
CA 7 HOH E 1 301 22 HOH HOH . 
CA 7 HOH E 2 302 18 HOH HOH . 
CA 7 HOH E 3 303 28 HOH HOH . 
CA 7 HOH E 4 304 6 HOH HOH . 
DA 7 HOH F 1 301 16 HOH HOH . 
DA 7 HOH F 2 302 21 HOH HOH . 
DA 7 HOH F 3 303 11 HOH HOH . 
DA 7 HOH F 4 304 3 HOH HOH . 
DA 7 HOH F 5 305 5 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O14 D2W . . . L 6 30.854 91.552 25.798 1 142.52 ? O14 D2W 203 B 1 
HETATM 2 C C13 D2W . . . L 6 30.777 91.311 26.996 1 165.44 ? C13 D2W 203 B 1 
HETATM 3 C C15 D2W . . . L 6 31.68 90.281 27.65 1 189.59 ? C15 D2W 203 B 1 
HETATM 4 C C28 D2W . . . L 6 32.188 89.192 26.913 1 189.54 ? C28 D2W 203 B 1 
HETATM 5 C C27 D2W . . . L 6 32.97 88.215 27.55 1 185.42 ? C27 D2W 203 B 1 
HETATM 6 C C26 D2W . . . L 6 33.232 88.302 28.93 1 189.33 ? C26 D2W 203 B 1 
HETATM 7 O O29 D2W . . . L 6 33.972 87.344 29.597 1 191.28 ? O29 D2W 203 B 1 
HETATM 8 C C30 D2W . . . L 6 33.337 86.574 30.652 1 180.85 ? C30 D2W 203 B 1 
HETATM 9 C C31 D2W . . . L 6 33.698 85.069 30.633 1 169.34 ? C31 D2W 203 B 1 
HETATM 10 N N32 D2W . . . L 6 33.378 84.29 31.867 1 154.23 ? N32 D2W 203 B 1 
HETATM 11 C C34 D2W . . . L 6 31.932 84.027 32.006 1 137.07 ? C34 D2W 203 B 1 
HETATM 12 C C33 D2W . . . L 6 33.923 84.903 33.103 1 145.43 ? C33 D2W 203 B 1 
HETATM 13 C C25 D2W . . . L 6 32.705 89.366 29.666 1 180.41 ? C25 D2W 203 B 1 
HETATM 14 C C24 D2W . . . L 6 31.931 90.339 29.039 1 185.06 ? C24 D2W 203 B 1 
HETATM 15 N N12 D2W . . . L 6 29.924 91.798 27.817 1 136.79 ? N12 D2W 203 B 1 
HETATM 16 C C11 D2W . . . L 6 28.752 92.67 27.942 1 112.6 ? C11 D2W 203 B 1 
HETATM 17 C C9 D2W . . . L 6 28.79 94.198 27.674 1 100.12 ? C9 D2W 203 B 1 
HETATM 18 C C8 D2W . . . L 6 27.673 94.512 26.644 1 87.68 ? C8 D2W 203 B 1 
HETATM 19 O O7 D2W . . . L 6 27.659 95.871 26.198 1 68.24 ? O7 D2W 203 B 1 
HETATM 20 C C6 D2W . . . L 6 28.783 96.651 26.278 1 69.59 ? C6 D2W 203 B 1 
HETATM 21 C C3 D2W . . . L 6 28.69 97.947 25.821 1 63.47 ? C3 D2W 203 B 1 
HETATM 22 C C2 D2W . . . L 6 29.797 98.767 25.874 1 69.73 ? C2 D2W 203 B 1 
HETATM 23 O O10 D2W . . . L 6 30.027 94.826 27.268 1 96.45 ? O10 D2W 203 B 1 
HETATM 24 C C5 D2W . . . L 6 29.985 96.149 26.813 1 82.82 ? C5 D2W 203 B 1 
HETATM 25 C C4 D2W . . . L 6 31.105 96.987 26.885 1 82.31 ? C4 D2W 203 B 1 
HETATM 26 C C1 D2W . . . L 6 30.997 98.285 26.4 1 76.3 ? C1 D2W 203 B 1 
HETATM 27 C C16 D2W . . . L 6 32.409 96.51 27.443 1 91.08 ? C16 D2W 203 B 1 
HETATM 28 N N21 D2W . . . L 6 32.447 95.908 28.666 1 99.79 ? N21 D2W 203 B 1 
HETATM 29 C C20 D2W . . . L 6 33.62 95.457 29.188 1 113.89 ? C20 D2W 203 B 1 
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