data_6FA2 # _model_server_result.job_id Cwz6v7OY7RKaANPvVSkoDQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 14:46:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6fa2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":203}' # _entry.id 6FA2 # _exptl.entry_id 6FA2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 463.526 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6FA2 _cell.length_a 63.23 _cell.length_b 117.215 _cell.length_c 156.446 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6FA2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 ? monomeric 1 author_defined_assembly 5 ? monomeric 1 author_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,G,H,I,Y 1 1 B,J,K,L,Z 2 1 C,M,N,O,AA 3 1 D,P,Q,R,BA 4 1 E,S,T,U,CA 5 1 F,V,W,X,DA 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 I N N ? 6 L N N ? 6 O N N ? 6 R N N ? 6 U N N ? 6 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG SER 17 A SER 17 1_555 G MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 35 A THR 35 1_555 G MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc3 G MG MG . A MG 201 1_555 H O2B GNP . A GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 201 1_555 H O2G GNP . A GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 201 1_555 Y O HOH . A HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 201 1_555 Y O HOH . A HOH 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc7 B OG SER 20 B SER 17 1_555 J MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc8 B OG1 THR 38 B THR 35 1_555 J MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc9 J MG MG . B MG 201 1_555 K O2G GNP . B GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? metalc ? metalc10 J MG MG . B MG 201 1_555 K O2B GNP . B GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc11 J MG MG . B MG 201 1_555 Z O HOH . B HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc12 J MG MG . B MG 201 1_555 Z O HOH . B HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc13 C OG SER 21 C SER 17 1_555 M MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc14 C OG1 THR 39 C THR 35 1_555 M MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc15 M MG MG . C MG 201 1_555 N O1G GNP . C GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc16 M MG MG . C MG 201 1_555 N O1B GNP . C GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc17 D OG SER 20 D SER 17 1_555 P MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc18 P MG MG . D MG 201 1_555 Q O2G GNP . D GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc19 P MG MG . D MG 201 1_555 Q O2B GNP . D GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc20 E OG SER 20 E SER 17 1_555 S MG MG . E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc21 E OG1 THR 38 E THR 35 1_555 S MG MG . E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc22 S MG MG . E MG 201 1_555 T O1G GNP . E GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc23 S MG MG . E MG 201 1_555 T O1B GNP . E GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc24 F OG SER 20 F SER 17 1_555 V MG MG . F MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc25 V MG MG . F MG 201 1_555 W O1B GNP . F GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc26 V MG MG . F MG 201 1_555 W O1G GNP . F GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? # _chem_comp.formula 'C26 H29 N3 O5' _chem_comp.formula_weight 463.526 _chem_comp.id D2W _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C3 C2 D2W doub 83 n y C3 C6 D2W sing 84 n y C2 C1 D2W sing 85 n y O7 C6 D2W sing 86 n n O7 C8 D2W sing 87 n n C6 C5 D2W doub 88 n y C25 C24 D2W doub 89 n y C25 C26 D2W sing 90 n y C8 C9 D2W sing 91 n n C1 C4 D2W doub 92 n y C24 C15 D2W sing 93 n y O29 C26 D2W sing 94 n n O29 C30 D2W sing 95 n n C5 C4 D2W sing 96 n y C5 O10 D2W sing 97 n n C26 C27 D2W doub 98 n y C4 C16 D2W sing 99 n n C30 C31 D2W sing 100 n n C33 N32 D2W sing 101 n n O14 C13 D2W doub 102 n n C15 C13 D2W sing 103 n n C15 C28 D2W doub 104 n y O10 C9 D2W sing 105 n n C13 N12 D2W sing 106 n n C9 C11 D2W sing 107 n n C31 N32 D2W sing 108 n n C17 C16 D2W doub 109 n y C17 C18 D2W sing 110 n y C27 C28 D2W sing 111 n y C16 N21 D2W sing 112 n y N12 C11 D2W sing 113 n n N32 C34 D2W sing 114 n n C18 C19 D2W doub 115 n y N21 C20 D2W doub 116 n y C19 C20 D2W sing 117 n y C20 O22 D2W sing 118 n n O22 C23 D2W sing 119 n n C28 H1 D2W sing 120 n n C27 H2 D2W sing 121 n n C30 H3 D2W sing 122 n n C30 H4 D2W sing 123 n n C31 H5 D2W sing 124 n n C31 H6 D2W sing 125 n n C34 H8 D2W sing 126 n n C34 H9 D2W sing 127 n n C34 H10 D2W sing 128 n n C33 H11 D2W sing 129 n n C33 H12 D2W sing 130 n n C33 H13 D2W sing 131 n n C25 H14 D2W sing 132 n n C24 H15 D2W sing 133 n n N12 H16 D2W sing 134 n n C11 H17 D2W sing 135 n n C11 H18 D2W sing 136 n n C9 H19 D2W sing 137 n n C8 H20 D2W sing 138 n n C8 H21 D2W sing 139 n n C3 H22 D2W sing 140 n n C2 H23 D2W sing 141 n n C1 H24 D2W sing 142 n n C23 H25 D2W sing 143 n n C23 H26 D2W sing 144 n n C23 H27 D2W sing 145 n n C19 H28 D2W sing 146 n n C18 H29 D2W sing 147 n n C17 H30 D2W sing 148 n n # _atom_sites.entry_id 6FA2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015815 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008531 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006392 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 MG A 1 201 202 MG MG . H 5 GNP A 1 202 201 GNP GNP . I 6 D2W A 1 203 205 D2W Ab5 . J 4 MG B 1 201 202 MG MG . K 5 GNP B 1 202 201 GNP GNP . L 6 D2W B 1 203 205 D2W Ab5 . M 4 MG C 1 201 202 MG MG . N 5 GNP C 1 202 201 GNP GNP . O 6 D2W C 1 203 205 D2W Ab5 . P 4 MG D 1 201 202 MG MG . Q 5 GNP D 1 202 201 GNP GNP . R 6 D2W D 1 203 205 D2W Ab5 . S 4 MG E 1 201 202 MG MG . T 5 GNP E 1 202 201 GNP GNP . U 6 D2W E 1 203 1 D2W Ab5 . V 4 MG F 1 201 202 MG MG . W 5 GNP F 1 202 201 GNP GNP . X 6 D2W F 1 203 205 D2W Ab5 . Y 7 HOH A 1 301 20 HOH HOH . Y 7 HOH A 2 302 4 HOH HOH . Y 7 HOH A 3 303 17 HOH HOH . Y 7 HOH A 4 304 7 HOH HOH . Y 7 HOH A 5 305 24 HOH HOH . Y 7 HOH A 6 306 27 HOH HOH . Y 7 HOH A 7 307 26 HOH HOH . Y 7 HOH A 8 308 25 HOH HOH . Y 7 HOH A 9 309 13 HOH HOH . Y 7 HOH A 10 310 2 HOH HOH . Y 7 HOH A 11 311 8 HOH HOH . Z 7 HOH B 1 301 9 HOH HOH . Z 7 HOH B 2 302 12 HOH HOH . Z 7 HOH B 3 303 19 HOH HOH . Z 7 HOH B 4 304 1 HOH HOH . AA 7 HOH C 1 301 14 HOH HOH . AA 7 HOH C 2 302 23 HOH HOH . BA 7 HOH D 1 301 15 HOH HOH . BA 7 HOH D 2 302 10 HOH HOH . CA 7 HOH E 1 301 22 HOH HOH . CA 7 HOH E 2 302 18 HOH HOH . CA 7 HOH E 3 303 28 HOH HOH . CA 7 HOH E 4 304 6 HOH HOH . DA 7 HOH F 1 301 16 HOH HOH . DA 7 HOH F 2 302 21 HOH HOH . DA 7 HOH F 3 303 11 HOH HOH . DA 7 HOH F 4 304 3 HOH HOH . DA 7 HOH F 5 305 5 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O14 D2W . . . O 6 78.92 94.743 29.762 1 192.32 ? O14 D2W 203 C 1 HETATM 2 C C13 D2W . . . O 6 77.7 94.799 29.738 1 180.21 ? C13 D2W 203 C 1 HETATM 3 C C15 D2W . . . O 6 77.016 94.401 28.467 1 187.58 ? C15 D2W 203 C 1 HETATM 4 C C28 D2W . . . O 6 76.481 93.114 28.366 1 181.51 ? C28 D2W 203 C 1 HETATM 5 C C27 D2W . . . O 6 75.856 92.714 27.182 1 182.34 ? C27 D2W 203 C 1 HETATM 6 C C26 D2W . . . O 6 75.772 93.592 26.09 1 189.36 ? C26 D2W 203 C 1 HETATM 7 O O29 D2W . . . O 6 75.137 93.156 24.944 1 186.58 ? O29 D2W 203 C 1 HETATM 8 C C30 D2W . . . O 6 75.575 93.458 23.608 1 177.7 ? C30 D2W 203 C 1 HETATM 9 C C31 D2W . . . O 6 74.781 92.631 22.578 1 168.35 ? C31 D2W 203 C 1 HETATM 10 N N32 D2W . . . O 6 75.358 91.311 22.204 1 158.23 ? N32 D2W 203 C 1 HETATM 11 C C34 D2W . . . O 6 76.662 91.43 21.513 1 154.39 ? C34 D2W 203 C 1 HETATM 12 C C33 D2W . . . O 6 74.402 90.57 21.353 1 138.14 ? C33 D2W 203 C 1 HETATM 13 C C25 D2W . . . O 6 76.316 94.885 26.196 1 189.19 ? C25 D2W 203 C 1 HETATM 14 C C24 D2W . . . O 6 76.94 95.286 27.384 1 187.2 ? C24 D2W 203 C 1 HETATM 15 N N12 D2W . . . O 6 77.039 95.174 30.748 1 162.29 ? N12 D2W 203 C 1 HETATM 16 C C11 D2W . . . O 6 77.59 95.581 32.046 1 146.9 ? C11 D2W 203 C 1 HETATM 17 C C9 D2W . . . O 6 78.359 96.908 31.858 1 138 ? C9 D2W 203 C 1 HETATM 18 C C8 D2W . . . O 6 79.666 96.952 32.671 1 119.68 ? C8 D2W 203 C 1 HETATM 19 O O7 D2W . . . O 6 80.009 98.298 33.082 1 108.95 ? O7 D2W 203 C 1 HETATM 20 C C6 D2W . . . O 6 79.065 99.266 33.39 1 104.01 ? C6 D2W 203 C 1 HETATM 21 C C3 D2W . . . O 6 79.349 100.415 34.144 1 97.78 ? C3 D2W 203 C 1 HETATM 22 C C2 D2W . . . O 6 78.346 101.363 34.425 1 94.99 ? C2 D2W 203 C 1 HETATM 23 O O10 D2W . . . O 6 77.457 97.964 32.206 1 140.73 ? O10 D2W 203 C 1 HETATM 24 C C5 D2W . . . O 6 77.769 99.089 32.939 1 115.69 ? C5 D2W 203 C 1 HETATM 25 C C4 D2W . . . O 6 76.759 100.016 33.207 1 108.55 ? C4 D2W 203 C 1 HETATM 26 C C1 D2W . . . O 6 77.039 101.163 33.964 1 96.78 ? C1 D2W 203 C 1 HETATM 27 C C16 D2W . . . O 6 75.422 99.646 32.644 1 113.04 ? C16 D2W 203 C 1 HETATM 28 N N21 D2W . . . O 6 75.26 99.559 31.293 1 115.53 ? N21 D2W 203 C 1 HETATM 29 C C20 D2W . . . O 6 74.083 99.179 30.732 1 112.03 ? C20 D2W 203 C 1 HETATM 30 O O22 D2W . . . O 6 73.985 99.125 29.372 1 102.24 ? O22 D2W 203 C 1 HETATM 31 C C23 D2W . . . O 6 73.572 97.903 28.745 1 107.22 ? C23 D2W 203 C 1 HETATM 32 C C19 D2W . . . O 6 72.988 98.848 31.538 1 111.56 ? C19 D2W 203 C 1 HETATM 33 C C18 D2W . . . O 6 73.128 98.916 32.923 1 110.45 ? C18 D2W 203 C 1 HETATM 34 C C17 D2W . . . O 6 74.357 99.299 33.483 1 114.06 ? C17 D2W 203 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 34 #