data_6FA3
#
_model_server_result.job_id            XR7eWhzmX3a-ewVqx_Hylg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 10:52:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6fa3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    6FA3 
#
_exptl.entry_id    6FA3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              522.196 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6FA3 
_cell.length_a            63.39 
_cell.length_b            118.48 
_cell.length_c            156.28 
_cell.Z_PDB               20 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6FA3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
? monomeric 1 author_defined_assembly 5 
? monomeric 1 author_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,G,H,I,X 1 1 
B,J,K,L,Y 2 1 
C,M,N,O,Z 3 1 
D,P,Q,AA 4 1 
E,R,S,BA 5 1 
F,T,U,V,W,CA 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 L N N 
? 4 N N N 
? 4 P N N 
? 4 S N N 
? 4 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C THR 54 B THR 50 1_555 A N CSO 55 B CSO 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale2 A C CSO 55 B CSO 51 1_555 A N LEU 56 B LEU 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale3 C C THR 54 C THR 50 1_555 C N CSO 55 C CSO 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale4 C C CSO 55 C CSO 51 1_555 C N LEU 56 C LEU 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale5 D C THR 54 D THR 50 1_555 D N CSO 55 D CSO 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale6 D C CSO 55 D CSO 51 1_555 D N LEU 56 D LEU 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? 
covale ? covale7 E C THR 54 E THR 50 1_555 E N CSO 55 E CSO 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale8 E C CSO 55 E CSO 51 1_555 E N LEU 56 E LEU 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale9 F C THR 54 F THR 50 1_555 F N CSO 55 F CSO 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale10 F C CSO 55 F CSO 51 1_555 F N LEU 56 F LEU 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
metalc ? metalc1 A OG SER 21 B SER 17 1_555 G MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 39 B THR 35 1_555 G MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc3 G MG MG . B MG 201 1_555 H O2B GNP . B GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc4 G MG MG . B MG 201 1_555 H O2G GNP . B GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . B MG 201 1_555 X O HOH . B HOH 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc6 G MG MG . B MG 201 1_555 X O HOH . B HOH 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc7 B OG SER 21 A SER 17 1_555 K MG MG . A MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc8 B OG1 THR 39 A THR 35 1_555 K MG MG . A MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc9 K MG MG . A MG 202 1_555 L O2B GNP . A GNP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . A MG 202 1_555 L O2G GNP . A GNP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . A MG 202 1_555 Y O HOH . A HOH 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . A MG 202 1_555 Y O HOH . A HOH 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc13 C OG SER 21 C SER 17 1_555 M MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc14 C OG1 THR 39 C THR 35 1_555 M MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc15 M MG MG . C MG 201 1_555 N O1G GNP . C GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? 
metalc ? metalc16 M MG MG . C MG 201 1_555 N O1B GNP . C GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc17 M MG MG . C MG 201 1_555 Z O HOH . C HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc18 M MG MG . C MG 201 1_555 Z O HOH . C HOH 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? 
metalc ? metalc19 D OG SER 21 D SER 17 1_555 Q MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc20 D OG1 THR 39 D THR 35 1_555 Q MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc21 P O2G GNP . D GNP 201 1_555 Q MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc22 P O2B GNP . D GNP 201 1_555 Q MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc23 Q MG MG . D MG 202 1_555 AA O HOH . D HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc24 Q MG MG . D MG 202 1_555 AA O HOH . D HOH 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc25 E OG SER 21 E SER 17 1_555 R MG MG . E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc26 E OG1 THR 39 E THR 35 1_555 R MG MG . E MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc27 R MG MG . E MG 201 1_555 S O1G GNP . E GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc28 R MG MG . E MG 201 1_555 S O1B GNP . E GNP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
metalc ? metalc29 R MG MG . E MG 201 1_555 BA O HOH . E HOH 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc30 R MG MG . E MG 201 1_555 BA O HOH . E HOH 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc31 F OG SER 21 F SER 17 1_555 U MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc32 F OG1 THR 39 F THR 35 1_555 U MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc33 U MG MG . F MG 202 1_555 V O1B GNP . F GNP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc34 U MG MG . F MG 202 1_555 V O1G GNP . F GNP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
metalc ? metalc35 U MG MG . F MG 202 1_555 CA O HOH . F HOH 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc36 U MG MG . F MG 202 1_555 CA O HOH . F HOH 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    522.196 
_chem_comp.id                GNP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GNP doub 231 n n 
PG O2G GNP sing 232 n n 
PG O3G GNP sing 233 n n 
PG N3B GNP sing 234 n n 
O2G HOG2 GNP sing 235 n n 
O3G HOG3 GNP sing 236 n n 
N3B PB GNP sing 237 n n 
N3B HNB3 GNP sing 238 n n 
PB O1B GNP doub 239 n n 
PB O2B GNP sing 240 n n 
PB O3A GNP sing 241 n n 
O2B HOB2 GNP sing 242 n n 
O3A PA GNP sing 243 n n 
PA O1A GNP doub 244 n n 
PA O2A GNP sing 245 n n 
PA O5' GNP sing 246 n n 
O2A HOA2 GNP sing 247 n n 
O5' C5' GNP sing 248 n n 
C5' C4' GNP sing 249 n n 
C5' "H5'2" GNP sing 250 n n 
C5' "H5'1" GNP sing 251 n n 
C4' O4' GNP sing 252 n n 
C4' C3' GNP sing 253 n n 
C4' H4' GNP sing 254 n n 
O4' C1' GNP sing 255 n n 
C3' O3' GNP sing 256 n n 
C3' C2' GNP sing 257 n n 
C3' H3' GNP sing 258 n n 
O3' HO3' GNP sing 259 n n 
C2' O2' GNP sing 260 n n 
C2' C1' GNP sing 261 n n 
C2' H2' GNP sing 262 n n 
O2' HO2' GNP sing 263 n n 
C1' N9 GNP sing 264 n n 
C1' H1' GNP sing 265 n n 
N9 C8 GNP sing 266 n y 
N9 C4 GNP sing 267 n y 
C8 N7 GNP doub 268 n y 
C8 H8 GNP sing 269 n n 
N7 C5 GNP sing 270 n y 
C5 C6 GNP sing 271 n y 
C5 C4 GNP doub 272 n y 
C6 O6 GNP doub 273 n n 
C6 N1 GNP sing 274 n y 
N1 C2 GNP sing 275 n y 
N1 HN1 GNP sing 276 n n 
C2 N2 GNP sing 277 n n 
C2 N3 GNP doub 278 n y 
N2 HN21 GNP sing 279 n n 
N2 HN22 GNP sing 280 n n 
N3 C4 GNP sing 281 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     6FA3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.015775 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00844 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006399 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 MG B 1 201 202 MG MG . 
H 4 GNP B 1 202 201 GNP GNP . 
I 5 D1Z B 1 203 203 D1Z Ab6 . 
J 5 D1Z A 1 201 203 D1Z Ab6 . 
K 3 MG A 1 202 202 MG MG . 
L 4 GNP A 1 203 201 GNP GNP . 
M 3 MG C 1 201 202 MG MG . 
N 4 GNP C 1 202 201 GNP GNP . 
O 5 D1Z C 1 203 203 D1Z Ab6 . 
P 4 GNP D 1 201 201 GNP GNP . 
Q 3 MG D 1 202 202 MG MG . 
R 3 MG E 1 201 202 MG MG . 
S 4 GNP E 1 202 201 GNP GNP . 
T 5 D1Z F 1 201 203 D1Z Ab6 . 
U 3 MG F 1 202 202 MG MG . 
V 4 GNP F 1 203 201 GNP GNP . 
W 6 DMS F 1 204 1 DMS DMS . 
X 7 HOH B 1 301 322 HOH HOH . 
X 7 HOH B 2 302 893 HOH HOH . 
X 7 HOH B 3 303 28 HOH HOH . 
X 7 HOH B 4 304 182 HOH HOH . 
X 7 HOH B 5 305 882 HOH HOH . 
X 7 HOH B 6 306 862 HOH HOH . 
X 7 HOH B 7 307 262 HOH HOH . 
X 7 HOH B 8 308 772 HOH HOH . 
X 7 HOH B 9 309 611 HOH HOH . 
X 7 HOH B 10 310 329 HOH HOH . 
X 7 HOH B 11 311 351 HOH HOH . 
X 7 HOH B 12 312 119 HOH HOH . 
X 7 HOH B 13 313 852 HOH HOH . 
X 7 HOH B 14 314 518 HOH HOH . 
X 7 HOH B 15 315 250 HOH HOH . 
X 7 HOH B 16 316 187 HOH HOH . 
X 7 HOH B 17 317 102 HOH HOH . 
X 7 HOH B 18 318 101 HOH HOH . 
X 7 HOH B 19 319 219 HOH HOH . 
X 7 HOH B 20 320 26 HOH HOH . 
X 7 HOH B 21 321 316 HOH HOH . 
X 7 HOH B 22 322 297 HOH HOH . 
X 7 HOH B 23 323 853 HOH HOH . 
X 7 HOH B 24 324 53 HOH HOH . 
X 7 HOH B 25 325 38 HOH HOH . 
X 7 HOH B 26 326 84 HOH HOH . 
X 7 HOH B 27 327 452 HOH HOH . 
X 7 HOH B 28 328 50 HOH HOH . 
X 7 HOH B 29 329 14 HOH HOH . 
X 7 HOH B 30 330 863 HOH HOH . 
X 7 HOH B 31 331 55 HOH HOH . 
X 7 HOH B 32 332 54 HOH HOH . 
X 7 HOH B 33 333 94 HOH HOH . 
X 7 HOH B 34 334 309 HOH HOH . 
X 7 HOH B 35 335 371 HOH HOH . 
X 7 HOH B 36 336 131 HOH HOH . 
X 7 HOH B 37 337 203 HOH HOH . 
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HETATM 5 N N3B GNP . . . S 4 37.927 99.37 58.788 1 33.84 ? N3B GNP 202 E 1 
HETATM 6 P PB GNP . . . S 4 39.324 99.548 57.766 1 29.38 ? PB GNP 202 E 1 
HETATM 7 O O1B GNP . . . S 4 38.911 99.992 56.406 1 25.67 ? O1B GNP 202 E 1 
HETATM 8 O O2B GNP . . . S 4 40.181 98.314 57.863 1 29.28 ? O2B GNP 202 E 1 
HETATM 9 O O3A GNP . . . S 4 40.139 100.724 58.548 1 30.67 ? O3A GNP 202 E 1 
HETATM 10 P PA GNP . . . S 4 40.304 102.277 58.142 1 31.38 ? PA GNP 202 E 1 
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HETATM 12 O O2A GNP . . . S 4 38.944 102.894 58.137 1 30.85 ? O2A GNP 202 E 1 
HETATM 13 O O5' GNP . . . S 4 41.212 102.779 59.307 1 28.34 ? O5' GNP 202 E 1 
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HETATM 19 C C2' GNP . . . S 4 42.702 105.291 60.299 1 31.6 ? C2' GNP 202 E 1 
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