data_6FD2
#
_model_server_result.job_id            bzYh2HbNZe3MtAbYnuyENQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 22:53:19' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6fd2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6FD2 
#
_exptl.entry_id    6FD2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              323.343 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  nat 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            paromamine 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            6FD2 
_cell.length_a            121.82 
_cell.length_b            121.82 
_cell.length_c            233.78 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6FD2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,K 1 1 
B,G,H,I,J,L 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 G N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 206 B CYS 206 1_555 D FE2 SF4 . B SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 210 B CYS 210 1_555 D FE3 SF4 . B SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 214 B CYS 214 1_555 D FE1 SF4 . B SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? 
metalc ? metalc4 D FE4 SF4 . B SF4 502 1_555 E O MET . B MET 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc5 D FE4 SF4 . B SF4 502 1_555 E N MET . B MET 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 206 A CYS 206 1_555 H FE2 SF4 . A SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 210 A CYS 210 1_555 H FE3 SF4 . A SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 214 A CYS 214 1_555 H FE1 SF4 . A SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc9 H FE4 SF4 . A SF4 502 1_555 I N MET . A MET 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc10 H FE4 SF4 . A SF4 502 1_555 I O MET . A MET 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H25 N3 O7' 
_chem_comp.formula_weight    323.343 
_chem_comp.id                D5E 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              paromamine 
_chem_comp.type              d-saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O3 C3 D5E sing 116 n n 
N2 C2 D5E sing 117 n n 
C3 C2 D5E sing 118 n n 
C3 C4 D5E sing 119 n n 
C2 C1 D5E sing 120 n n 
O4 C4 D5E sing 121 n n 
C4 C5 D5E sing 122 n n 
C1 O1 D5E sing 123 n n 
C1 O5 D5E sing 124 n n 
O1 C4A D5E sing 125 n n 
C5 O5 D5E sing 126 n n 
C5 C6 D5E sing 127 n n 
C6 O6 D5E sing 128 n n 
C4A C5A D5E sing 129 n n 
C4A C3A D5E sing 130 n n 
N3 C3A D5E sing 131 n n 
O5A C5A D5E sing 132 n n 
C5A C6A D5E sing 133 n n 
C3A C2A D5E sing 134 n n 
C6A O6A D5E sing 135 n n 
C6A C1A D5E sing 136 n n 
C2A C1A D5E sing 137 n n 
C1A N1 D5E sing 138 n n 
C4A H1A D5E sing 139 n n 
C5A H2A D5E sing 140 n n 
C6A H3A D5E sing 141 n n 
N1 H4A D5E sing 142 n n 
N1 H5A D5E sing 143 n n 
O5A H7 D5E sing 144 n n 
O6A H8 D5E sing 145 n n 
N3 H9 D5E sing 146 n n 
N3 H10 D5E sing 147 n n 
C1A H12 D5E sing 148 n n 
C2A H13 D5E sing 149 n n 
C2A H14 D5E sing 150 n n 
C3A H15 D5E sing 151 n n 
C1 H1 D5E sing 152 n n 
C2 H2 D5E sing 153 n n 
N2 HN21 D5E sing 154 n n 
N2 HN22 D5E sing 155 n n 
C3 H3 D5E sing 156 n n 
O3 HO3 D5E sing 157 n n 
C4 H4 D5E sing 158 n n 
O4 HO4 D5E sing 159 n n 
C5 H5 D5E sing 160 n n 
C6 H61 D5E sing 161 n n 
C6 H62 D5E sing 162 n n 
O6 HO6 D5E sing 163 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6FD2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008209 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004739 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009479 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004278 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 D5E B 1 501 800 D5E XXX . 
D 3 SF4 B 1 502 1401 SF4 FS4 . 
E 4 MET B 1 503 1408 MET MET . 
F 5 5AD B 1 504 1418 5AD 5AD . 
G 2 D5E A 1 501 800 D5E XXX . 
H 3 SF4 A 1 502 1401 SF4 FS4 . 
I 4 MET A 1 503 1408 MET MET . 
J 5 5AD A 1 504 1418 5AD 5AD . 
K 6 HOH B 1 601 4 HOH HOH . 
K 6 HOH B 2 602 27 HOH HOH . 
K 6 HOH B 3 603 8 HOH HOH . 
K 6 HOH B 4 604 10 HOH HOH . 
K 6 HOH B 5 605 9 HOH HOH . 
K 6 HOH B 6 606 6 HOH HOH . 
K 6 HOH B 7 607 13 HOH HOH . 
K 6 HOH B 8 608 23 HOH HOH . 
K 6 HOH B 9 609 16 HOH HOH . 
K 6 HOH B 10 610 31 HOH HOH . 
K 6 HOH B 11 611 33 HOH HOH . 
K 6 HOH B 12 612 32 HOH HOH . 
K 6 HOH B 13 613 26 HOH HOH . 
K 6 HOH B 14 614 15 HOH HOH . 
K 6 HOH B 15 615 12 HOH HOH . 
K 6 HOH B 16 616 25 HOH HOH . 
K 6 HOH B 17 617 7 HOH HOH . 
K 6 HOH B 18 618 17 HOH HOH . 
K 6 HOH B 19 619 24 HOH HOH . 
K 6 HOH B 20 620 22 HOH HOH . 
K 6 HOH B 21 621 30 HOH HOH . 
K 6 HOH B 22 622 18 HOH HOH . 
K 6 HOH B 23 623 14 HOH HOH . 
K 6 HOH B 24 624 11 HOH HOH . 
L 6 HOH A 1 601 39 HOH HOH . 
L 6 HOH A 2 602 40 HOH HOH . 
L 6 HOH A 3 603 1 HOH HOH . 
L 6 HOH A 4 604 2 HOH HOH . 
L 6 HOH A 5 605 3 HOH HOH . 
L 6 HOH A 6 606 37 HOH HOH . 
L 6 HOH A 7 607 5 HOH HOH . 
L 6 HOH A 8 608 42 HOH HOH . 
L 6 HOH A 9 609 19 HOH HOH . 
L 6 HOH A 10 610 41 HOH HOH . 
L 6 HOH A 11 611 36 HOH HOH . 
L 6 HOH A 12 612 43 HOH HOH . 
L 6 HOH A 13 613 34 HOH HOH . 
L 6 HOH A 14 614 35 HOH HOH . 
L 6 HOH A 15 615 38 HOH HOH . 
L 6 HOH A 16 616 21 HOH HOH . 
L 6 HOH A 17 617 20 HOH HOH . 
L 6 HOH A 18 618 29 HOH HOH . 
L 6 HOH A 19 619 28 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C4A D5E . . . C 2 50.583 -24.507 -39.265 1 78.03 ? C4A D5E 501 B 1 
HETATM 2 C C5A D5E . . . C 2 50.082 -24.365 -37.786 1 75.02 ? C5A D5E 501 B 1 
HETATM 3 O O1 D5E . . . C 2 50.285 -25.824 -39.815 1 76.36 ? O1 D5E 501 B 1 
HETATM 4 C C6A D5E . . . C 2 50.46 -23.013 -37.238 1 65.98 ? C6A D5E 501 B 1 
HETATM 5 N N1 D5E . . . C 2 52.314 -21.463 -36.757 1 71.06 ? N1 D5E 501 B 1 
HETATM 6 O O5A D5E . . . C 2 48.649 -24.547 -37.668 1 82.52 ? O5A D5E 501 B 1 
HETATM 7 O O6A D5E . . . C 2 49.997 -22.907 -35.884 1 76.56 ? O6A D5E 501 B 1 
HETATM 8 N N3 D5E . . . C 2 52.495 -24.338 -40.769 1 88.92 ? N3 D5E 501 B 1 
HETATM 9 C C1A D5E . . . C 2 51.972 -22.768 -37.335 1 69.93 ? C1A D5E 501 B 1 
HETATM 10 C C2A D5E . . . C 2 52.39 -22.845 -38.794 1 79.68 ? C2A D5E 501 B 1 
HETATM 11 C C3A D5E . . . C 2 52.062 -24.233 -39.367 1 83.71 ? C3A D5E 501 B 1 
HETATM 12 C C1 D5E . . . C 2 48.918 -26.15 -40.105 1 76.91 ? C1 D5E 501 B 1 
HETATM 13 C C2 D5E . . . C 2 48.851 -27.604 -40.518 1 74.51 ? C2 D5E 501 B 1 
HETATM 14 N N2 D5E . . . C 2 49.343 -28.457 -39.433 1 71.87 ? N2 D5E 501 B 1 
HETATM 15 C C3 D5E . . . C 2 49.694 -27.825 -41.753 1 73.39 ? C3 D5E 501 B 1 
HETATM 16 O O3 D5E . . . C 2 49.561 -29.194 -42.154 1 68.13 ? O3 D5E 501 B 1 
HETATM 17 C C4 D5E . . . C 2 49.185 -26.95 -42.86 1 69.93 ? C4 D5E 501 B 1 
HETATM 18 O O4 D5E . . . C 2 50.041 -27.138 -43.974 1 73.98 ? O4 D5E 501 B 1 
HETATM 19 C C5 D5E . . . C 2 49.287 -25.504 -42.405 1 80.24 ? C5 D5E 501 B 1 
HETATM 20 O O5 D5E . . . C 2 48.473 -25.301 -41.193 1 83.17 ? O5 D5E 501 B 1 
HETATM 21 C C6 D5E . . . C 2 48.876 -24.581 -43.564 1 69.65 ? C6 D5E 501 B 1 
HETATM 22 O O6 D5E . . . C 2 49.032 -23.209 -43.182 1 84.98 ? O6 D5E 501 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    39 
_model_server_stats.query_time_ms           332 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           22 
#