data_6FDI
#
_model_server_result.job_id            Qj7CnG3ZzxKOwicVh8eN2g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 08:38:31' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6fdi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"PB","auth_seq_id":505}' 
#
_entry.id    6FDI 
#
_exptl.entry_id    6FDI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    59 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6FDI 
_cell.length_a            98.804 
_cell.length_b            111.042 
_cell.length_c            161.089 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6FDI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,FC 1 1 
B,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,GC 2 1 
C,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,HC 3 1 
D,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,IC 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 P N N 
? 4 S N N 
? 4 T N N 
? 4 U N N 
? 4 V N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 Y N N 
? 4 Z N N 
? 4 AA N N 
? 4 BA N N 
? 4 CA N N 
? 4 FA N N 
? 4 GA N N 
? 4 HA N N 
? 4 IA N N 
? 4 JA N N 
? 4 KA N N 
? 4 NA N N 
? 4 PA N N 
? 4 QA N N 
? 4 RA N N 
? 4 SA N N 
? 4 TA N N 
? 4 UA N N 
? 4 VA N N 
? 4 YA N N 
? 4 ZA N N 
? 4 AB N N 
? 4 BB N N 
? 4 CB N N 
? 4 DB N N 
? 4 GB N N 
? 4 HB N N 
? 4 IB N N 
? 4 JB N N 
? 4 KB N N 
? 4 LB N N 
? 4 MB N N 
? 4 PB N N 
? 4 QB N N 
? 4 RB N N 
? 4 SB N N 
? 4 XB N N 
? 4 YB N N 
? 4 ZB N N 
? 4 AC N N 
? 4 BC N N 
? 4 DC N N 
? 4 EC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 90 A HIS 164 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc2 A NE2 HIS 126 A HIS 200 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 127 A ASP 201 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 127 A ASP 201 1_555 F MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 244 A ASP 318 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc6 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 FC O HOH . A HOH 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc7 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 FC O HOH . A HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc8 F MG MG . A MG 502 1_555 FC O HOH . A HOH 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc9 F MG MG . A MG 502 1_555 FC O HOH . A HOH 636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 502 1_555 FC O HOH . A HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc11 F MG MG . A MG 502 1_555 FC O HOH . A HOH 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc12 F MG MG . A MG 502 1_555 FC O HOH . A HOH 755 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc13 B NE2 HIS 90 B HIS 164 1_555 DA ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc14 B NE2 HIS 126 B HIS 200 1_555 DA ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 127 B ASP 201 1_555 DA ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 127 B ASP 201 1_555 EA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc17 B OD1 ASP 244 B ASP 318 1_555 DA ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc18 DA ZN ZN . B ZN 501 1_555 GC O HOH . B HOH 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
metalc ? metalc19 DA ZN ZN . B ZN 501 1_555 GC O HOH . B HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc20 EA MG MG . B MG 502 1_555 GC O HOH . B HOH 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc21 EA MG MG . B MG 502 1_555 GC O HOH . B HOH 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc22 EA MG MG . B MG 502 1_555 GC O HOH . B HOH 660 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc23 EA MG MG . B MG 502 1_555 GC O HOH . B HOH 676 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc24 EA MG MG . B MG 502 1_555 GC O HOH . B HOH 738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc25 C NE2 HIS 90 C HIS 164 1_555 WA ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc26 C NE2 HIS 126 C HIS 200 1_555 WA ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc27 C OD2 ASP 127 C ASP 201 1_555 WA ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc28 C OD1 ASP 127 C ASP 201 1_555 XA MG MG . C MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASP 244 C ASP 318 1_555 WA ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc30 WA ZN ZN . C ZN 504 1_555 HC O HOH . C HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc31 WA ZN ZN . C ZN 504 1_555 HC O HOH . C HOH 680 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc32 XA MG MG . C MG 505 1_555 HC O HOH . C HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc33 XA MG MG . C MG 505 1_555 HC O HOH . C HOH 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc34 XA MG MG . C MG 505 1_555 HC O HOH . C HOH 643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc35 XA MG MG . C MG 505 1_555 HC O HOH . C HOH 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc36 XA MG MG . C MG 505 1_555 HC O HOH . C HOH 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc37 D NE2 HIS 90 D HIS 164 1_555 NB ZN ZN . D ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc38 D NE2 HIS 126 D HIS 200 1_555 NB ZN ZN . D ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc39 D OD2 ASP 127 D ASP 201 1_555 NB ZN ZN . D ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc40 D OD1 ASP 127 D ASP 201 1_555 OB MG MG . D MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc41 D OD1 ASP 244 D ASP 318 1_555 NB ZN ZN . D ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc42 NB ZN ZN . D ZN 503 1_555 IC O HOH . D HOH 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc43 NB ZN ZN . D ZN 503 1_555 IC O HOH . D HOH 762 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc44 OB MG MG . D MG 504 1_555 IC O HOH . D HOH 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc45 OB MG MG . D MG 504 1_555 IC O HOH . D HOH 661 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc46 OB MG MG . D MG 504 1_555 IC O HOH . D HOH 677 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc47 OB MG MG . D MG 504 1_555 IC O HOH . D HOH 746 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc48 OB MG MG . D MG 504 1_555 IC O HOH . D HOH 776 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 165 n n 
C1 C2 EDO sing 166 n n 
C1 H11 EDO sing 167 n n 
C1 H12 EDO sing 168 n n 
O1 HO1 EDO sing 169 n n 
C2 O2 EDO sing 170 n n 
C2 H21 EDO sing 171 n n 
C2 H22 EDO sing 172 n n 
O2 HO2 EDO sing 173 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6FDI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010121 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009006 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006208 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ZN A 1 501 412 ZN ZN . 
F 3 MG A 1 502 413 MG MG . 
G 4 EDO A 1 503 414 EDO EDO . 
H 4 EDO A 1 504 415 EDO EDO . 
I 4 EDO A 1 505 416 EDO EDO . 
J 4 EDO A 1 506 417 EDO EDO . 
K 4 EDO A 1 507 418 EDO EDO . 
L 4 EDO A 1 508 419 EDO EDO . 
M 4 EDO A 1 509 420 EDO EDO . 
N 4 EDO A 1 510 421 EDO EDO . 
O 4 EDO A 1 511 422 EDO EDO . 
P 4 EDO A 1 512 423 EDO EDO . 
Q 5 PEG A 1 513 424 PEG PEG . 
R 6 D5T A 1 514 425 D5T 226 . 
S 4 EDO A 1 515 426 EDO EDO . 
T 4 EDO A 1 516 427 EDO EDO . 
U 4 EDO A 1 517 428 EDO EDO . 
V 4 EDO A 1 518 429 EDO EDO . 
W 4 EDO A 1 519 430 EDO EDO . 
X 4 EDO A 1 520 431 EDO EDO . 
Y 4 EDO A 1 521 432 EDO EDO . 
Z 4 EDO A 1 522 433 EDO EDO . 
AA 4 EDO A 1 523 434 EDO EDO . 
BA 4 EDO A 1 524 435 EDO EDO . 
CA 4 EDO A 1 525 430 EDO EDO . 
DA 2 ZN B 1 501 412 ZN ZN . 
EA 3 MG B 1 502 413 MG MG . 
FA 4 EDO B 1 503 414 EDO EDO . 
GA 4 EDO B 1 504 415 EDO EDO . 
HA 4 EDO B 1 505 416 EDO EDO . 
IA 4 EDO B 1 506 417 EDO EDO . 
JA 4 EDO B 1 507 418 EDO EDO . 
KA 4 EDO B 1 508 419 EDO EDO . 
LA 5 PEG B 1 509 420 PEG PEG . 
MA 7 EPE B 1 510 421 EPE EPE . 
NA 4 EDO B 1 511 422 EDO EDO . 
OA 6 D5T B 1 512 423 D5T 226 . 
PA 4 EDO B 1 513 424 EDO EDO . 
QA 4 EDO B 1 514 425 EDO EDO . 
RA 4 EDO B 1 515 426 EDO EDO . 
SA 4 EDO B 1 516 428 EDO EDO . 
TA 4 EDO C 1 501 412 EDO EDO . 
UA 4 EDO C 1 502 413 EDO EDO . 
VA 4 EDO C 1 503 414 EDO EDO . 
WA 2 ZN C 1 504 415 ZN ZN . 
XA 3 MG C 1 505 416 MG MG . 
YA 4 EDO C 1 506 417 EDO EDO . 
ZA 4 EDO C 1 507 418 EDO EDO . 
AB 4 EDO C 1 508 419 EDO EDO . 
BB 4 EDO C 1 509 420 EDO EDO . 
CB 4 EDO C 1 510 421 EDO EDO . 
DB 4 EDO C 1 511 422 EDO EDO . 
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GB 4 EDO C 1 514 425 EDO EDO . 
HB 4 EDO C 1 515 426 EDO EDO . 
IB 4 EDO C 1 516 427 EDO EDO . 
JB 4 EDO C 1 517 428 EDO EDO . 
KB 4 EDO C 1 518 429 EDO EDO . 
LB 4 EDO D 1 501 427 EDO EDO . 
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SB 4 EDO D 1 508 418 EDO EDO . 
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